曹操藉著袁紹的勢力，打敗數十萬青州黃巾殘部，隨即被迎入兗州，繼任為刺史。他南下打敗袁術，又因私忿進攻徐州，結果兗州大部被四處輾轉的呂布襲取。興平二年（195），曹操趕走呂布，重新站穩腳跟，就派部將曹洪領兵東去，迎接獻帝。
曹操與其他許多割據軍閥不同，他有政治頭腦，更懂得發展經濟，兩條重要策略推動他走上了統一中國的道路。
一是任人唯賢，而不管出身和道德品質，這就部分打破了舊的門閥體制，同時也顛覆了東漢以儒家道德治國的根本方針。
二是大力開展屯田，既讓投降的青州黃巾軍屯，也招募流亡百姓民屯。所謂屯田，就是把大批田地收歸政府所有，以軍事方法組織人力開墾耕作，政府提供牲畜、農具和種子，秋收後徵收五到六成的賦稅。剝削是相當嚴重的，但在亂世中有地可耕，有糧可吃，百姓們也就心滿意足了。
曹洪領兵東進，遭到董承部隊的攔阻。董昭說服了楊奉，讓他放曹操前來雒陽。隨即董昭給曹操出主意說：“最好把天子迎去許縣（今河南許昌市東），脫離西北軍的掌控。”曹操非常讚賞他的建議，假做請獻帝出巡魯陽，離開了楊奉等人的勢力範圍。於是定都許縣，改名為許昌，又稱許都。
當時關東最大的割據勢力還是袁紹，曹操暫時不敢與其抗衡，於是請獻帝加封袁紹為大將軍，自己做司空，行（代理）車騎將軍事。他挾天子以令諸侯，從此可以名正言順地討伐不肯順從自己的割據勢力了。
建安三年（198），曹操聯合劉備攻滅了佔據徐州的呂布，隨即消滅在淮南僭號稱帝的袁術。關中諸將互攻，李傕被殺，曹操不費一兵一卒奪取了
雒陽和長安。第二年（199），袁紹消滅公孫瓚，基本統一冀、青、幽、並四州。在消除了來自北方的威脅以後，袁紹和曹操正式翻臉，指揮大軍南下，想要劫持天子。著名的官渡大戰，一觸即發。此時，經過多年顛沛流離生活的獻帝已經成年了，他不願繼續看曹操的臉色行事，當一個傀儡皇帝，就密詔車騎將軍董承、左將軍劉備等人，要他們尋機誅殺曹操，至於因此自己會重新落入董承，或者落入劉備、袁紹的掌握中，他大概根本就沒有考慮過。建安五年（200），事情洩露，董承被殺，而事先逃往徐州割據的劉備也被曹操擊破，孤身走投袁紹。
袁紹大軍進攻黎陽（今河南浚縣東北），但先鋒部隊兩次在黃河岸邊被曹操擊敗，大將顏良、文丑被殺，挫動了銳氣。隨即兩軍在官渡地區長時間對峙，曹操處於弱勢，軍糧也十分緊張，想要後撤退守許昌。
他的重要謀臣、尚書令荀彧寫信勸阻說：“您現在用弱勢兵力，對抗強大的敵人，如果不能取勝，定然一敗塗地……可是要說眾寡懸殊，還不如高祖在滎陽、成皋間對抗項羽，當時高祖所以不肯先退，是因為一退就會為人所制。您現在以不足敵人一成的兵力，扼守咽喉要道，已經守了快半年了，相信轉機很快就會到來。”
荀彧的話有點誇大了，曹軍雖處弱勢，也不會只有袁軍十分之一的數量。但時機真的很快來到了，袁紹陣營發生內訌，謀士許攸投靠曹操，向他洩露了袁軍大部分糧草都屯積在烏巢的重要消息。於是曹操親自率兵奇襲烏巢，斷了袁紹的糧道。袁軍士氣浮動，大將張郃、高覽等紛紛投降，曹操趁勝進擊，袁軍一潰千里。
袁紹逃回河北，憂憤而死，他的幾個兒子袁譚、袁熙、袁尚為爭奪繼承人的資格內鬥不休，被曹操逐一擊破。建安十一年（206），曹操最後殺死袁紹的外甥高幹，基本平定了袁氏家族舊日的領地。建安十三年（208），漢獻帝拜曹操為丞相，名實相符地執掌朝政——彷彿第二個董卓。
然而曹操和董卓不可同日而語，經過董承等人的叛亂，他知道必須牢牢將天子捏在手心裡，一刻也不能放鬆。漢獻帝因此遭受到他前任諸帝都沒有嘗試過的高壓控制。獻帝實在受不了了，就在某次曹操覲見的時候，開門見山地說道：“你如果願意輔佐我，就對我好一點，不願意輔佐我，乾脆廢了我吧！”曹操驚得汗流浹背，從此再不敢獨自一人面對皇帝。
建安十三年（208），曹操率大軍南下征討荊州牧劉表。還沒等到荊州，劉表先就去世了，他的繼承人、次子劉琮開城投降。前此依附劉表的劉備被打敗，投奔駐守江夏（今湖北新洲西）的劉表長子劉琦。
曹操約同割據江東的孫權勢力共同進攻劉備，孫權怕劉備滅亡後，下一個就輪到自己了，反而聯合劉備，在長江岸邊的赤壁擊敗曹軍。從此曹操的勢力再也無法越過長江，向南方深入。
建安十五年（210），曹操在他的大本營鄴城（今河北磁縣南）建造了巨大的銅雀臺，以顯示自己的威儀。他還作了一篇《讓縣自明本令志》，內中寫道：“民間議論我有篡權之心，因此很多人建議我解除兵權，退隱山林。我知道這樣有助於挽救自己的名聲，然而天下還未平定，如果沒有我，不知道會有幾個人稱王，幾個人稱帝……
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