行政机关使用的是行政编制，是公务员身份，这是确定无疑的。但是，在行政机关中，同样也会有一部分非公务员身份的人员，有的是领导干部，有的是一般人员，也有工人。
1、行政机关中非公务员身份的领导干部。在行政部门中，有个别不能登记为公务员身份的领导干部，其原因有四个：一是没有编制，尤其是基层部门，行政编制非常紧缺，如果原任导免职后，继续在原单位工作，担任更高级别的领导职务，或者担任非领导职务，或者临退人员只享受待遇，甚至因违纪免职成为一般干部，都会造成新任领导人员没有编制可用。二是超职数配备领导人员，行政部门的“三定方案”明确核定了该部门的领导职数，设置一正两副，如果按一正三副配备领导人员，超配人员是不能登记为公务员的。三是身份问题，以聘干、代干身份提拔为领导干部的工人，是不能登记为公务员的。四是其他问题，比如直接从事业单位提拔的，或者年龄不符合规定的（事业人员提拔实习期满，调任行政部门不得超过40岁），等等。
2、行政机关中非公务员身份的一般干部。在行政部门中，不能登记为公务员身份的一般干部，原因有三：一是非在编，超编人员，或者因其他原因没有编制可用的。二是违规调动，超编调动，2007年以后非经考试直接从事业单位调入行政部门的。三是其他原因，身份、学历等。
3、工人。《公务员法》规定，行政机关的工勤人员，是不能登记为公务员的。即使是过去以聘干、代干身份提拔为领导干部的工勤人员，也不能过渡为公务员。参公事业单位也是一样的，工勤人员无法登记为参公人员。个别省份按照国家公务员管理机关的《解释》，将长期在管理岗位工作的工勤人员登记为参公人员，也是符合规定的。
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