國民黨的軍統和中統都是特務機構，在漫長的歷史時期扮演了不同的角色，行使不同的職能，主要區別大致如下：
1.隸屬關係不同。軍統全稱“國民政府軍事委員會調查統計局”。因其屬於軍隊序列，所以一般稱其為軍統。1931年“九一八”事變後，國民政府和蔣介石為了進一步加強中央政府的集權，組織了一個以軍人為主體的“復興社(也稱藍衣社)”，1932年又在復興社內設核心組織“力行社”，設有一個專門進行諜報活動的特務處，戴笠為處長。戴笠去世後，1946年，由毛人鳳繼任。
1937年底， 力行社特務處與特工總部（1927年成立的“國民政府軍事委員會密查組”）合併，成立“國民政府軍事委員會調查統計局”。下轄兩個處，第一處負責黨務，第二處則負責情報，表面隸屬於國防部，而實際局長是戴笠，他直接向蔣介石彙報。
戴笠近照
軍統的特務頭子毛人鳳
中統的全稱是“中國國民黨中央執行委員會調查統計局”，隸屬於國民黨中央組織部，故稱其為“中統”。 中統，1927年以蔣介石CC派分子為骨幹，在中央組織部下成立了一個調查科，這是“中統局”的最前身。
1938年8月，蔣介石對軍事委員會調查局進行改組，調查局第一處擴為國民黨中央執行委員會調查統計局，第二處擴為軍事委員會調查統計局也即後來的新軍統系統。這樣中統局就正式成立了。中統在向蔣介石負責的同時，還要向陳立夫、陳果夫兄弟黨部負責。
蔣介石與陳立夫、陳果夫兄弟
晚年陳立夫
總之，軍統屬於軍隊序列，而中統屬於黨組織序列。因隸屬部門不同，其工作權限和工作內容也各有側重。據諸多史料看來，軍統和中統有合作，更有諸多的明爭暗鬥。如1939年“魯東行轅事件”等等。
2. 中統與軍統在不同歷史時期對國民黨特務工作的主導權及工作內容不同。 在四十年代以前，中統的勢力更大些，國民黨的各級基層黨組織，可以說都是中統的特務網延伸。許多基層黨部的負責人，本身就是中統的基層負責人。 中統的情報系統為上層及時提供各級黨員的思想動態和意識傾向。
全面抗戰開始後，中統地方組織遭到戰火破壞，修復相當困難，而軍統因對日軍事鬥爭的需要，在敵後開展情報收集、潛伏破壞、刺殺策反等具體工作，其地位逐步上升。中統逐漸在與軍統的競爭中失勢。
國名黨軍統頭目“花名冊”
蔣經國與父親蔣介石
3·人員所屬編制不同。軍統隸屬軍隊，內部人員是軍人，被授以軍銜。名義上隸屬於不同機關的正規武裝部隊，如忠義救國軍、別動隊、稅警團等等。且裝備精良。
中統則是地方工作人員，無軍銜。
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