国民党的军统和中统都是特务机构，在漫长的历史时期扮演了不同的角色，行使不同的职能，主要区别大致如下：
1.隶属关系不同。军统全称“国民政府军事委员会调查统计局”。因其属于军队序列，所以一般称其为军统。1931年“九一八”事变后，国民政府和蒋介石为了进一步加强中央政府的集权，组织了一个以军人为主体的“复兴社(也称蓝衣社)”，1932年又在复兴社内设核心组织“力行社”，设有一个专门进行谍报活动的特务处，戴笠为处长。戴笠去世后，1946年，由毛人凤继任。
1937年底， 力行社特务处与特工总部（1927年成立的“国民政府军事委员会密查组”）合并，成立“国民政府军事委员会调查统计局”。下辖两个处，第一处负责党务，第二处则负责情报，表面隶属于国防部，而实际局长是戴笠，他直接向蒋介石汇报。
戴笠近照
军统的特务头子毛人凤
中统的全称是“中国国民党中央执行委员会调查统计局”，隶属于国民党中央组织部，故称其为“中统”。 中统，1927年以蒋介石CC派分子为骨干，在中央组织部下成立了一个调查科，这是“中统局”的最前身。
1938年8月，蒋介石对军事委员会调查局进行改组，调查局第一处扩为国民党中央执行委员会调查统计局，第二处扩为军事委员会调查统计局也即后来的新军统系统。这样中统局就正式成立了。中统在向蒋介石负责的同时，还要向陈立夫、陈果夫兄弟党部负责。
蒋介石与陈立夫、陈果夫兄弟
晚年陈立夫
总之，军统属于军队序列，而中统属于党组织序列。因隶属部门不同，其工作权限和工作内容也各有侧重。据诸多史料看来，军统和中统有合作，更有诸多的明争暗斗。如1939年“鲁东行辕事件”等等。
2. 中统与军统在不同历史时期对国民党特务工作的主导权及工作内容不同。 在四十年代以前，中统的势力更大些，国民党的各级基层党组织，可以说都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。 中统的情报系统为上层及时提供各级党员的思想动态和意识倾向。
全面抗战开始后，中统地方组织遭到战火破坏，修复相当困难，而军统因对日军事斗争的需要，在敌后开展情报收集、潜伏破坏、刺杀策反等具体工作，其地位逐步上升。中统逐渐在与军统的竞争中失势。
国名党军统头目“花名册”
蒋经国与父亲蒋介石
3·人员所属编制不同。军统隶属军队，内部人员是军人，被授以军衔。名义上隶属于不同机关的正规武装部队，如忠义救国军、别动队、税警团等等。且装备精良。
中统则是地方工作人员，无军衔。
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