阿塞拜疆與亞美尼亞為爭奪納戈爾諾—卡拉巴赫自治州，從1986年7萬多亞美尼亞人簽名上書蘇共中央，要求將該州劃歸亞美尼亞共和國管轄開始，就一直高潮迭起，衝突不斷。雙方捲入人數均超過了百萬。1988年11月22日和1989年9月2日在阿塞拜疆首府巴庫舉行的兩次抗議亞美尼亞人要求改變納戈爾諾—卡拉巴赫自治州歸屬的遊行示威的參與者都多達50萬，四分之一的巴庫人參與了示威抗議。
1989年11月28日，蘇聯最高蘇維埃通過了結束對納戈爾諾—卡拉巴赫自治州特別管理的決議，決定把它交還給阿塞拜疆管轄。莫斯科當時這樣做是為了迫使兩個加盟共和國通過談判解決相互間的爭端。事實證明莫斯科這樣做是一個悲劇性的失誤。
這使阿塞拜疆和亞美尼亞兩國民眾的騷動情緒不斷髮展。1990年1月11日巴庫再次舉行了大規模群眾集會，1月13日阿塞拜疆發生了史上最為嚴重及殘酷的騷亂。阿塞拜疆極端民族主義者向亞美尼亞人居住的公寓發起攻擊，並屠殺了住在大樓裡的亞美尼亞人。還將婦女和兒童從窗口摔下，慘死在大街上。阿塞拜疆人針對亞美尼亞人的打、砸、搶、奸、燒、殺遍地皆是。
阿塞拜疆人洗劫並燒燬亞美尼亞居民的房屋,驅趕屠殺亞美尼亞人。在愈演愈烈的破壞和殺戮面前,大多數亞美尼亞人逃離巴庫,造成嚴重的難民問題。
1月16日,阿塞拜疆和亞美尼亞為爭奪納戈爾諾一卡拉巴赫州的民族矛盾再度激化。至使蘇維埃最高主席團宣佈在該地區實行緊急狀態,並派遣陸軍、海軍陸戰隊和安全保衛部隊進駐部分地區。
1月21日，蘇聯軍隊完全控制了巴庫，但是這座城市並不平靜。阿塞拜疆最高蘇維埃一致通過了一項決議：如果蘇聯軍隊繼續佔領該城市，那麼阿塞拜疆將就退出蘇聯一事舉行全民公決。
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