华夏族群的母系mt-DNA，最大支为D类型，这是从线粒体DNA单倍群测试出来的，D系占了汉族的最大支。其中D系下属的D4比较耀眼，D4占汉族的13%，遥遥领先，而D5仅占5%。需要注意的是，线粒体DNA主要反映的是母系状况，Y染色体单倍群是反映父系的，二者都有一个D类型，但不是一回事。
经过科研测试发现，母系D类型（不含D5）的神奇之处，在于她分布在陕西、山西，同时她也是东亚最古老的母系基因。这为我们推断黄帝部落的轨迹提供了一点证据，黄帝部落在史料上也是记载为发源于陕西一带。更确切地说，黄帝部落可能就是陕北发源，因为石峁遗址可能是属于黄帝的，根据考古发现，石峁遗址是西北方位的巨无霸势力，可能存在部落联盟。
从陶寺文化（尧都）里面，测试出的母系基因有D4、D5，还有M（含M10、M7）等，M10是古老的北方类型，这反映了陶寺人的属性——文献资料见《陶寺中晚期人骨的种系分析》。今天的山西人比陶寺人多了南方的元素，例如多了N系、R系。陶寺人比较北方一些。
而陶寺的女性更多的是M系，而且体质上是古中原类型。大M系下属的M7可能即代表古中原的女性了——M7占汉族的10%，M10占汉族的2%左右。那么可以推测出，M7是黄帝部落打败了中原部落后，从他们那里掠夺的女性。
黄帝部落到陕西之前，来自什么地方？在附近找找，青海的喇家遗址测出有D、以及M10类型，D/M10都见于陶寺，可见二者可能是同一批人。青海在中原的西北方，印证了黄帝的西北起源。Y染色体的突变推演也说明华夏族群的主体O3（现称O2）是西北方向起源的，所以母系基因更进一步作证了Y染色体的说法。
石峁对应的可能就是黄帝部落，也可能是黄帝的后人。毕竟这是夏朝之前的建筑，不能排除就是黄帝的军事基地。
传说中的黄帝形象，见下图，历史上肯定和这相差很大。
如果按石峁就是黄帝基地来看，当时黄帝部落可能正处于半游牧半农耕，在向农耕过渡。到了夏朝，夏人还是居无定所，国都经常变换。从考古已经能看出，很多文化遗址是半游牧半渔猎的，生活方式还比较原始，作风也比较野蛮。可见黄帝时代并非儒家典籍所记载的上古盛世，因为考古的准确性远大于史料，二者相冲突的时候，肯定以考古优先。而且上古的史料记载，是互相冲突的，不可尽信。
我们还可以推断，黄帝应该是一个个体英雄，并不是氏族。这是小编个人总结出来的一个规律：凡是带帝字的人物，都是指个体。例如帝舜就是指舜（帝舜的儿子另有名号），望帝就是指杜宇。当然了，黄帝的事迹很多，又互相冲突。不排除是因为后人把一些其他人事迹、一些神化后的事迹，都附会到黄帝身上。
而带氏字的名词才可能是指非个体，例如轩辕氏，可能是指整个氏族。
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