1945年，龍雲被迫飛抵重慶， 他一見蔣介石就指責說“我自問對你、對國家、對地方都沒有什麼對不起的。改組一個地方政府，調換職務，這原是很普通的事情，但採用這種非常手段，未免過分。”蔣介石難堪地回答：“我的指示不是這樣的，這是杜聿明搞錯了，要處罰！” 然後，當著龍雲的面，撤了杜聿明的職。
蔣介石和龍雲
當時正值國共兩黨和平談判時期。龍雲私底下說，蔣介石連我都容不下，還容得下中共嗎？事實很快就印證了龍雲的預料。1945年10月10日，國共雙方在重慶簽署了避免內戰、建立民主政權的《雙十協定》。但這一協定很快被蔣介石撕毀了，全面內戰隨後爆發。
這裡是南京中央路156號，國民政府回到南京後，龍雲就被蔣介石安排住在了這裡。同時，蔣介石對他的監視更加嚴密了。特務們專門在他的宅邸對面搭建了一個房子，表面上賣茶點和冷飲，還掛上了“修理汽車”的招牌，實際上是要在龍雲外出時步步跟蹤。
龍雲失去了自由，他一手創造的滇軍也無法再掌控自己的命運。他的老部下盧漢雖然接任了雲南省主席一職，卻是個連省政府的衛兵都由蔣介石來安排的空頭主席。而在越南的滇軍，在接受完日軍投降之後，立刻被蔣介石調往東北內戰的戰場。
1948年，國民黨敗局已定，蔣介石開始做撤往臺灣的準備，這時龍雲聽到蔣介石要把自己挾持到臺灣的消息，決心逃出虎口，並立即著手自救行動。
1948年12月8日上午9點多，龍雲乘坐一輛吉普車悄悄離開龍公館。這個時候，監視龍雲的特務們在他家對面呆了兩年多，並沒有發現什麼異常，於是放鬆了警惕，讓龍雲得以順利脫身。
十分鐘以後，龍雲在和接應人員碰頭後，換乘民航系統的汽車並且換上民航的皮大衣直奔機場，登上了飛往廣州的飛機，在廣州稍作停留後，龍雲當晚就乘船來到了香港。而這次安排龍雲逃離南京的，正是和他素有交情的“飛虎隊”創始人陳納德。
幾天後，蔣介石才得知龍雲已經出逃了。盛怒之下，他槍斃了監視龍雲的幾個特務。又讓中央社發了一條消息，說“蔣總統批准龍雲代主任前往香港養病”，以維護自己的面子。而在龍雲抵達香港後不久，三大戰役宣告結束，國民黨敗局已定。
1949年4月，龍雲在香港召開記者會，公開支持解放戰爭，蔣介石氣得發抖。但龍雲已經完全不理會自己的“舊上司”，他不但派人把送信到昆明，甚至派了夫人顧映秋返回昆明策動起義。
1949年12月9日下午，龍雲的老部下盧漢終於完成了起義準備。這天晚上10點，盧漢在昆明五華山正式宣佈起義，雲南重新投入到了人民的懷抱，至此蔣介石徹底失去了整個大陸。第二天下午兩點，蔣介石倉皇前往成都鳳凰山機場，搭乘飛機離開大陸，飛往臺灣。
雲南起義
1950年1月3日，龍雲離開香港，來到了新中國的首都北京。此後龍雲歷任中央人民政府委員、國防委員會副主席等職，1962年6月27日，龍雲因急性心肌梗死病逝於北京，享年78歲。
朱德與龍雲
在1984年11月19日，龍雲誕辰100週年紀念會上，時任中共中央政治局委員、中央書記處書記習仲勳曾這樣評價：“龍雲先生是一位著名的民主人士和愛國將領，他同中國共產黨有多年合作的歷史，是我們黨的一位真誠的朋友，他的一生是一個光榮的愛國者的一生”。
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