縣名因境內有唐山，屬沼澤之丘而得名。《戰國策》作天唐縣，漢置高唐縣。高誘注：“高，大也，唐，防也。高唐亦大防之意。”據《清一統志》：“齊高唐在禹城縣南，漢高唐在西。二地雖殊，界實相近，今東昌府之高唐州，乃漢靈縣也，取故名耳。”
西周時為用國之地，春秋時屬齊為高唐邑，漢初置縣。唐（武周）長壽二年更名崇武縣，神龍元年復故。五代時後梁開平二年更名魚丘縣。後唐同光二年復故。後晉天福元年更名齊城縣，後漢復故。元至元七年於縣置州，領六縣，直隸中書省。明代省縣存州，領三縣，屬東昌府。清雍正八年為直隸州，二十年降屬東昌府。1912年撤州為縣。
1994年12月29日，撤銷琉璃寺鄉，設立琉璃寺鎮。
1996年，高唐縣面積948平方千米，人口約46.1萬人。轄5個鎮、10個鄉：高唐鎮、清平鎮、尹集鎮、梁村鎮、琉璃寺鎮、三十里鋪鄉、張大屯鄉、姜店鄉、楊屯鄉、趙莊鄉、南鎮鄉、趙寨子鄉、韓寨鄉、張莊鄉、涸河鄉。縣政府駐高唐鎮。
1996年10月31日，撤銷涸河鄉，設立涸河鎮（魯政函民[1996]47號）。1999年12月6日，撤銷三十里鋪鄉，設立三十里鋪鎮（魯政函民字[1999]35號）。至此，高唐縣轄7個鎮、8個鄉。
2000年第五次全國人口普查，高唐縣總人口456464人，其中：高唐鎮78422人，梁村鎮23319人，尹集鎮30404人，清平鎮35530人，琉璃寺鎮33448人，固河鎮30858人，三十里鋪鎮30679人，韓寨鄉21094人，張莊鄉20200人，趙寨子鄉28520人，南鎮鄉24649人，趙莊鄉25206人，楊屯鄉26617人，姜店鄉25976人，張大屯鄉21542人。
2001年，高唐縣轄7個鎮、3個鄉：高唐鎮、清平鎮、尹集鎮、梁村鎮、琉璃寺鎮、三十里鋪鎮、涸河鎮、姜店鄉、楊屯鄉、趙寨子鄉。
2002年11月15日，省政府批覆同意：高唐縣撤銷高唐鎮，設立魚邱湖街道辦事處、人和街道辦事處和匯鑫街道辦事處。魚邱湖街道辦事處機關駐原高唐鎮人民政府駐地一街村；人和街道辦事處機關駐張莊村；匯鑫街道辦事處機關駐韓屯村。2002年底，高唐縣轄3個街道、6個鎮、3個鄉：魚邱湖街道、匯鑫街道、人和街道、梁村鎮、尹集鎮、清平鎮、固河鎮、三十里鋪鎮、琉璃寺鎮、楊屯鄉、趙寨子鄉、姜店鄉。
2007年7月下旬至8月底，高唐縣進行了行政村規模調整，全縣行政村總數由612個調整為145個，新設立農村社區試點19個。2007年底，全縣總面積949平方千米。總人口48.27萬人，人口城鎮化率42％。有少數民族21個，1140人。轄3個街道、6個鎮、3個鄉，188個行政村（居委會）。
2010年，撤銷趙寨子鄉和姜店鄉，分別以其原行政區域設立趙寨子鎮和姜店鎮，鎮政府駐地不變。2011年，撤銷楊屯鄉，設立楊屯鎮。至此全縣轄3個街道、9個鎮：魚邱湖街道、匯鑫街道、人和街道、梁村鎮、尹集鎮、清平鎮、固河鎮、三十里鋪鎮、琉璃寺鎮、趙寨子鎮、姜店鎮、楊屯鎮。縣政府駐魚邱湖街道。
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