1釐米高的土壤要"養"400年
土壤自上而下分幾部分:表土層、心土層和底土層。一般用於耕作的，只有表土層。表土層內部富含作物生長所需的礦物質、有機質和微生物等元素，不僅為植物提供養分，還營造了適於生長的物理、生理環境。
現代人特別重視"有機食品"，"有機"就是土壤肥力高低的標誌。有機質多分佈在表土層，表土層以下有機質較少。
好土壤不是一天兩天形成的。數據顯示，依靠自然風化形成1釐米的表土層需要400年。也就是說，普通土壤30釐米高的耕作層，至少需要超過1.2萬年的時間來"養"成。曾經耕作過的土地就更珍貴。
近年來由於化肥、農藥大量使用，再加上重金屬、難降解有機物對土壤生態系統嚴重破壞，從而導致土壤微生物種類和數量減少、土壤結構破壞、農作物品質下降、病蟲害增加，明顯增加了化肥和農藥的使用量，其結果是進一步加劇了對土壤生態系統的破壞。
為了從根本上修復土壤生態系統，使用微生物肥料是修復土壤生態系統的關鍵措施。微生物肥料在現代農業的發展中已經作為綠色和有機農業作物的主要糧食和營養，可以提高作物的產量和產品質量。國內外在生產綠色和有機食品的過程中，都要求不用或儘量少用化學肥料和農藥等其它化學合成物質。這就要求所應用的微生物肥不僅能促進作物的生長和提高產品質量，還要不汙染環境和土壤，對土壤生態系統的物質循環、能量流動有特殊作用。
我國土壤最大的問題是有機質含量低，全世界可用耕地平均有機質含量2.4%，而中國耕地的有機質含量平均只有1.3%，作為糧食主產區的中原地區，有機質含量更低，平均0.7%～0.8%。在平衡施肥越來越普及的今天，很多企業和農民已經充分意識到微量元素的作用，但是卻忽視了微生物問題，也就是土壤根際的微環境問題。微生物肥料中的活性菌，能活化土壤中殘留的磷鉀等，解決土壤板結，是未來肥料發展的大趨勢。
由於土壤過度開發，濫施濫用化學肥料，以及施用未腐熟的農家肥，導致土壤汙染、板結、退化、缺素等問題日益嚴重，這些問題已成為影響我國農業可持續發展的最大障礙。
1、複種指數增加
病原微生物殘留在土壤或植物殘體中大量繁衍，重複侵染植物的根系，形成重茬障礙；
2、過量使用化肥
我國化肥的畝用量已經達到了世界平均水平的1.6倍，經濟作物用量更大，產生的直接結果就是土壤板結。這種土壤透氣性就差，植物根系呼吸作用產生的排洩物難以被降解，形成土壤汙染，導致植物根系病害；
3、施用未腐熟的有機肥
未腐熟的有機肥中含有大腸桿菌等病原微生物，也是土壤的汙染源。
解決土壤汙染，有化學方法和生物方法。化學方法就是應用殺菌劑處理土壤，由於化學殺菌劑有好壞“通吃”的特點，在殺滅病原菌的同時，對有益菌的殺傷力會更大，導致土壤中菌群不平衡，可能一時湊效，從長遠看卻是弊大於利。
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