光緒三十四年十月二十一日傍晚，在中南海瀛臺陰冷黑暗的涵元殿裡，38 歲的光緒皇帝結束了他悲涼、悽苦、充滿哀怨的一生。第二天下午，74 歲的慈禧皇太后死於中南海儀鸞殿。
一個是當今皇帝， 另一位則是操縱朝政達半個世紀之久的“太上皇”。事情來得太突然， 沒有任何人預料到， 以致一切後事都顯得那麼匆忙，沒有章法。10月21日， 光緒皇帝駕崩的消息被送到宮中時，舉朝展動。王公大臣們既對這位年僅38歲的中年皇帝如此突然的去世感到驚恐， 同時更為尚未建儲， 沒有確立皇位的繼承人而擔憂。
清朝當時的立儲制度是從雍正帝傳下來的，每一位繼承大統的皇帝在位期間，需要將下一位繼位的太子之名寫在紙上，放置於一密封盒子裡，然後藏在乾清宮中正大光明的牌匾後面。然而光緒皇帝沒有後代，就在眾位大臣們焦頭爛額之際，儀鸞殿的慈禧太后傳來懿旨，令攝政王載灃之子溥儀入宮繼承大統。
溥儀
此時的溥儀只是一個三歲的孩子，軍政大事託付給他顯然不現實，於是儀鸞殿又傳來消息任命攝政王載灃為監國，這就將所有的朝綱權柄都交付到醇親王載灃的手裡。這一切雖然來得十分突然，但並非無跡可尋。
在光緒死的前一天，光緒帝還曾向內閣傳下兩道聖旨，一是令醇親王載灃之子溥儀進宮接受教養，在上書房讀書；而是任命醇親王載灃為攝政王。這兩道旨意當時不是光緒的本意，那時的光緒一直處於被軟禁的狀態，所有的一切都被慈禧監控，哪有什麼能力頒佈聖旨，這很明顯都是慈禧在死前的安排。
慈禧太后
那麼光緒的死是不是就是慈禧一手安排的呢？《清稗類鈔》中曾記載，慈禧太后在預感到自己即將離世之時，因為不想看到在自己死後光緒重掌大權，就命令自己手底下的親信太監下毒將光緒殺死。《崇陵傳信錄》也記載，光緒聽到慈禧快死的時候十分開心，慈禧得知之後就說自己決不能死在光緒的前面。這些都給光緒的死亡披上了一股離奇的色彩。
據史書記載，光緒皇帝從幼時起便身體羸弱，病魔纏繞，後來又有近二十年的遺精病。在其離世之前，他的身體還處於患病狀態，當時的太醫診斷是患上了呼吸道疾病，發熱咳喘，睡眠飲食失調， 身體相當衰弱。但是這種病並沒有什麼生命危險，更不會突然就死去。而且在光緒帝死之前，還曾徵召各地名醫前來京城治療，可見， 光緒本人也認為自己的病還沒到不可救治的地步。
光緒皇帝
關於光緒帝的死亡，一直以來人們都認為不是巧合，而是一場蓄意謀殺，但是對於誰是真正的兇手卻沒有定論。現存的說法有三種：第一，光緒為慈禧所害。慈禧對光緒執政期間的所作所為深惡痛絕，不甘心聽任光緒在自己死後復辟重來，於是在死前下令，秘密處死了光緒。
第二，袁世凱在戊戌變法時出賣了光緒，致使光緒從皇帝變成了囚徒。光緒若重新掌政，袁肯定要遭清算，於是袁以進藥為名，將光緒毒死。
袁世凱
在末代皇帝溥儀的自傳《我的前半生》中有過這樣一段記載：“我還聽見一個叫李長安的老太監說起光緒之死的疑案. 照他說， 光緒在死的前一天， 還是好好的， 只是因為用了一劑藥就壞了. 後來才知道， 這劑藥是袁世凱使人送來的。據內務府某大臣的一位後人告訴我： 光緒帝死前， 不過是一般的感冒， 他看過那些藥方， 脈象極平常， 加之有人前一天還看到他像好人一樣… … 病重消息傳出不過兩個時辰， 就聽說已經晏駕了。”
第三，李蓮英等慈禧身邊的太監，倚權仗勢，經常欺辱落難中的光緒皇帝，眼見慈禧病危，於是提前下手害死了光緒。這些說法中，下毒手的人都有潛在的動機，而且都是害怕在慈禧死後光緒重新掌權，但是最有可能的還是慈禧。
李蓮英
為什麼這麼說呢？在戊戌變法之後，慈禧就有想把光緒殺死的想法，她對光緒妄想將其囚禁的做法極為痛恨，但是政變後如果大清朝的皇帝就突然死亡，必然會引起朝廷內外的強烈反響，所以她只能徐徐圖之。而當她快要死的時候，光緒還是好好的活著，自己的死亡將給光緒帶來重掌大權的機會，這對她來說就是最大的不甘，所以為了使大清的政權能平穩過渡，就必須使光緒死去，以便在最後的機會中提前將大統之位安排給自己選中的繼承人。
歷史中的疑雲總是給人以無盡的遐想，隨著科技的發展，光緒皇帝的死因終於在2008年清光緒皇帝死因研究報告會中被揭開。研究小組運用各種科技手段，對現存光緒帝的頭髮、遺骨及衣物， 進行了科學嚴謹的檢測和分析，經與隆裕皇后及同時代的清人頭髮比較，光緒頭髮中的砷含量仍分別比他們高出260倍和131倍，也就是說光緒皇帝是死於砒霜中毒。真相終於大白，但是下毒的兇手是誰依然無法確定，還有待進一步的探索和實錘。
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