1、苗期冷害
棉花在播種後至出苗前遇低溫陰雨天氣發生爛種爛芽的現象稱為苗前冷害。根據研究，隨著日平均氣溫≤12℃低溫強度的增強、低溫日數的增加，棉花苗期冷害加重。播種至出苗期間，棉花處於最不抗冷害的發芽期，從棉花開始發芽到胚軸顯著伸長這段時間，是棉花苗期冷害敏感期。
苗期不同時期低溫處理後爛種爛芽率
2、苗期霜凍
根據模擬試驗，隨著低溫強度的增加，棉苗死亡率增加；同樣的低溫，隨著苗齡的增大死苗率增加。試驗還表明，生長在潮溼環境下的棉苗抗霜能力較差,生長在乾旱條件下的棉苗抗霜能力強。
不同苗齡、低溫強度死苗率
不同苗齡、低溫強度死苗率
根據上述試驗，生長在潮溼條件下的棉苗經過-1.8℃低溫處理全部死亡；生長在乾旱條件下的棉苗經過-3.2℃低溫處理死亡56.3%。說明棉苗的抗霜能力與溼度關係密切。根據新疆霜凍天氣過程特點，可分為2種生態類型：一是大風乾旱型。霜凍發生前的天氣特點是以大風降溫為主，空氣較乾燥，儘管這種霜凍形成時輻射降溫較強，低溫強度大，但對自然條件下的棉苗危害不大。二是降雨溼潤型。霜前天氣特點是以降水降溫為主的天氣過程。霜凍出現前，往往先結大量露水，再結成冰霜。由於溼度大，棉苗抗霜能力弱，儘管這類霜凍輻射降溫不強，低溫強度也不大，但常對生產造成一定危害。
低溫冷害主要發生在播種、出苗、幼苗期和生長後期，造成低溫爛種、爛芽、爛根和棉鈴發育不充分，影響棉花產量和品質。
當日平均氣溫在12℃或以下，連陰雨3-5天時，易造成棉花爛種死苗。極端降溫天氣，會對棉苗造成低溫凍害。
棉種發芽後，如果溫度下降到10℃以下，易造成低溫凍害。初生的幼根會發生碳水化合物和氨基酸外滲，導致皮層崩潰而根尖死亡，即使隨後溫度回升，也只能在下胚軸基部生出次生根，建議農戶多注意收聽天氣預報，在極端降溫天氣來臨之前，進行田間燻煙，以升高地面溫度，有效防治凍害。
預防措施：
（1）依據天氣預報情況，適當調整播種期，避過低溫期，做到冷尾播種，暖頭出苗。
（2）適墒整地，及時播種，不偏溼播種。
（3）加強種子處理，對脫絨包衣子播前涼種1-2天，每天2-3小時；對未包衣處理的種子用殺菌劑如40％多菌靈可溼性粉劑或40％甲基託布津可溼性粉劑，按種子量的0.5％拌種，或衛福（萎鏽靈+福美雙）1：200倍包衣。
（4）提高播種質量，增加採光面。
（5）加強播後中耕。
（6）耕地前增施有機肥，有利於提高地溫。
（7）在作物出苗後及時噴施含氮、磷、鉀素的葉面肥和刺激生根的激素，能有效防止根腐病的發生。
針對後期低溫的預防措施：
（1）選用適宜本地的品種。
（2）適期早播並在最佳播期內播種。當平均氣溫穩定在15℃，地溫達12℃時，即可播種，一般在4月10日左右開始播種比較合適。
（3）加強促早管理，防止旺長。
新疆棉田滴出苗水的最佳時間節點
新疆自然氣候與內地不同，全年光照時間長，降水量較少，滴出苗水時要控制好水量，水滴多了溼度大，地溫低，病害重。注意以下幾點：
（1）滴灌滴水時一定要保證高壓運行，防止跑、冒、滴、漏等現象出現，使灌溉系統所滴灌的水為張力水。
（2）鹽鹼土壤：
當土壤pH值＞8時將抑制棉花根系生長，影響微生物活性和養分的溶解。pH值6-8時土壤中有效氮含量最多，pH值在6.5左右是磷肥的活性最高，被土壤固定的量最少磷肥利用率高。所以在新疆棉田滴出苗水時一定要考慮土壤的鹽鹼性。鹽鹼土地的土壤透氣性差，地溫低，鹽鹼度高。利用滴灌技術可控性強的特點，採用少量多次滴灌方式，可有效起到洗鹽作用。
預防枯黃萎病應從苗期開始
講到棉花枯黃萎病的防治，很多老百姓認為枯黃萎病到五六月份才開始顯現，七八月份是發病高峰，其實當肉眼可以觀察到時，只能說明病情已經顯現出來了，但它發病的侵染期確是在棉花苗期， 因為病源體侵染的是棉花根系，像土傳病害，基本上是從苗期開始侵染根系，到一定時期開始發病，比如在高溫高溼的環境下黃萎病開始爆發，所以針對枯黃萎病，大部分人的認知是有誤的。
對於棉花來說，防治枯黃萎病，苗期才是關鍵。這個時期，在選擇滴出苗水產品時，第一選擇一些有防病功能的肥料，比如選擇一些含有枯草芽孢桿菌的微生物菌肥，經過市場上兩三年的田間表現效果來說，枯黃萎病用微生物防治，效果是比較好的。第二選擇一些含少量氮、磷、鉀的肥料，因為目前很多農戶都沒有施底肥的習慣，頂多施一些基肥和種肥，土壤肥力較差，再加上進頭水的時間大概是在6月10號左右，從播種到進頭水也有40天左右的時間，因此選擇一些含少量氮、磷、鉀的肥料，能保證這段時間充足的營養，尤其是裡面含有一些鉀的肥料會更好，因為鉀肥可以促進苗期的抗逆性，可以提高苗期抗病、抗低溫等的能力。
所以在選擇滴出苗水時，也是預防枯黃萎病的關鍵時期，首先要選擇一些含有微生物，枯草芽孢桿菌這一類的肥料。第二就是選擇含有氮、磷、鉀的肥料，如果裡面含有一些礦源黃腐酸、腐殖酸、促生因子如硝鈉萘乙酸，同時滴入酸性肥料的這類措施會更好。
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