一、自然人股權轉讓交納個人所得稅基本邏輯
1、境內企業自然人股東轉讓股權，應計算是否在轉讓中有所得，如果有，所得部分繳納20%個人所得稅。
2、股權轉讓個稅應由股權受讓方代扣代繳，如果未能代扣代繳，受讓方存在巨大風險。
3、繳納地點應為境內企業所在地地稅機關。
二、如何計算股權轉讓所得
1、股權轉讓所得=股權轉讓收入-股權原值
2、股權轉讓收入包括各種現金和非現金支付對價。
3、股權轉讓收入應按照公允價值計算收入，公允價值的認定中稅務機關關注的是實際成交價是否低於公允價值。以下情況會理解為價格偏低：
——成交價格低於賬面淨資產
——如果公司有土地、房產、無形資產、股權等較容易移交的資產，成交價格不應低於淨資產評估價值
——同時期或以前有過轉讓股權的，還需要比較兩次股權的價格是否合理
4、股權原值為自然人股東取得股權所付出的代價。
——如果是原始股東，股權原值為原始投資
——如果是轉讓取得股權，為取得時轉讓價值
三、股權轉讓的關注焦點是股權轉讓收入是否偏低？
1、股權轉讓收入應按照公允價值計算收入，公允價值的認定中稅務機關關注的是實際成交價是否低於公允價值。如果低於公允價值，稅務機關會理解為價格偏低，比如：
——成交價格低於賬面淨資產；
——如果公司有土地、房產、無形資產、股權等較容易移交的資產，成交價格不應低於淨資產評估價值；
——同時期或以前有過轉讓股權的，還需要比較兩次股權的價格是否合理。
2、稅務機關認為股權轉讓收入明顯偏低會重新核定收入，核定方法有兩種：
——淨資產核定法：按照每股對應的淨資產公允價值（評估價值）核定，多用於原始股東投資且無比價的情況下；
——類比法：按照最近時期同企業或同類股權轉讓市場價格，多用於可以比價的情況下。
四、哪些情況轉讓股權價格明顯偏低但視為有正當理由無需繳稅？
1、能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
2、繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
3、相關法律、政府文件或企業章程規定，並有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓。
五、工商稅務信息互通使得股權轉讓個稅風險增大
工商稅務信息互通使得股權轉讓個稅風險增大，各地稅務機關也對股權轉讓涉稅投入更多的關注和精力，企業應在轉讓之前充分考慮涉稅風險，做好準備工作，避免爆發風險。
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