為了鎮壓紅巾軍，蒙漢各族封建主階級費盡心機，竭盡全力。從1359年起，北方紅市軍由盛轉衰，南方紅巾軍內爭加劇，這種局面對於元朝統治者本來是比較有利的。但恰恰在這種時候，元朝統治者內訌加劇，消耗了僅存的實力，失去了重振的機會。

一、皇帝與皇太子之間的矛盾日益尖銳

皇帝妥歡貼睦爾面臨社稷不保的危局，卻倦於政事。他選了十個親信，稱為“倚納”，同他們一起尋歡作樂，改治上也聽從他們的意見。他熱衷於過逍遙荒淫的生活，比如他酷嗜天魔舞女，在元宮厚載門上高閣建有舞臺，觀舞到了“以夜作晝”的地步。真是“海內蒼生困亂離，宮中舞女鬥腰肢。”

在宮廷中，皇帝與奇皇后完者忽都、皇太子愛猷識裡達臘之間的矛盾日益尖銳。1355年脫脫貶死後，哈麻為左丞相，雪雪為御史大夫，兄弟兩人掌握了大權。他們與奇皇后相結納，圖謀廢妥歡貼睦爾，立愛猷識裡達臘。哈麻的妹婿禿魯帖木兒告密，御史大夫搠思監進行糾劾，1356年二月妥歡貼陸爾詔令哈麻兄弟出征自效，隨即杖殺。接著，搠思監升任右丞相，又倒向皇太子，與宦官樸不花等聯結在一起，力圖左右宮廷政事而妥歡貼睦爾則依靠自己的倚納老的沙、禿魯帖木兒等，不肯放棄自己的最高統治權。於是，兩派之間的鬥爭接連不斷。

二、新軍閥之間的傾軋，軍閥混戰越演越劇

不久，宮廷鬥爭又同新軍閥之間的傾軋聯繫起來。在鎮壓紅巾軍的過程中湧現了一批新的軍事頭目，元廷不得不依靠他們，任以高官，他們掌握了相當大的實權。這些人擁有重兵，各霸一一方，甚至自己任命地方官吏，徵派軍需，不過他們還是元廷的命官，歸元廷領導。

在1359年的時候，實力強大的新軍閥是察罕帖木兒、孛羅帖木兒、李思齊和張良弼。漸漸地，皇帝支持和依靠孛羅帖木兒和張良弼，而皇太子則同察罕帖木兒和李思齊溝通了聲氣。

察罕帖木兒在鎮壓北方紅巾軍的過程中“戰功”居多，他的大軍駐屯太行，勢力仲及山西、陝西、河南、山東等地。孛羅帖木兒承襲父答失八都魯之職而為河南行省平章。

1359年三月，妥歡貼睦爾詔孛羅帖木兒移鎮大同。孛羅帖木兒駐大同後就企圖向南侵吞原屬察罕帖木兒的地盤冀寧路(治所在今太原)和晉寧路(治所在今臨汾)，雙方發生了衝突。

1360年八月，元帝詔雙方以石嶺關(在今山西忻縣南)為界，劃界而守，但孛羅帖木兒在九月又圍攻太原等地，察罕帖木兒也發兵對抗。元帝又下令雙方講和，但要察罕帖木兒讓出晉寧、冀寧，察罕帖木兒不肯聽命。接著，雙方又在東勝州(今內蒙古托克托)等地發生戰鬥。到了第二年四月，察罕帖木兒派義子擴廊帖木兒貢糧抵達大都，同皇太子愛猷識裡達臘有了約定。隨後，察罕帖木兒率軍攻下山東各地。

當時李思齊駐鳳翔，張良弼駐鹿臺(淇州，今河南洪縣)。張良弼支持孛羅帖木兒。這年十一月，察罕帖木兒就聯合李思齊圍攻鹿臺，也由元帝下詔調解。由於雙方不和，1362年正月，元廷詔令李思齊出兵四川，張良弼進軍襄漢，但雙方都不予理睬。

察罕帖木兒官至中書平章政事、知河南山東行樞密院事、兼陝西行閤中丞，但在1362年六月被田豐、王士誠刺殺，由擴廓帖木兒統領他的軍隊。這年十月，孛羅帖木兒、張良弼佔據了真定路(治所在今河北正定)。第二年，六月，兩股軍閥勢力繼續在陝西大戰，擴廓帖木兒派部將貊高聯合李思齊打敗了幸羅帖木兒的將領竹貞。八月，擴廓帖木兒進駐太原，十月在石嶺關戰敗了孛羅帖木兒。

三、官廷內的鬥爭趨於白熱化

軍閥混戰越演越劇，同時，官廷內的鬥爭也趨於白熱化。1363年，奇皇后加緊策劃使愛猷識裡達臘登位，搠思監和樸不花把軍政大事壓了下來，不讓妥歡貼睦爾聞知。老的沙當時任御史大夫，支持一些朝官對搠思監等進行彈劾，皇后皇太子立刻給予報復。這年十二月，老的沙罷官，貶置東勝州，他逃到孛羅帖木兒軍中躲藏起來了。

第二年三月，在愛猷識裡達臘左右下，詔責孛羅帖木兒圖謀不軌，解去兵權，孛羅帖木兒拒不受命。四月，詔擴廓帖木兒討伐孛羅帖木兒。於是，孛羅帖本兒乾脆派禿堅帖木兒進軍大都。兵臨城下，皇帝把搠思監、樸不花交了出來，恢復了孛羅帖木兒官職。皇太子逃出大都，五月回來，再命擴廓帖木兒討伐孛羅帖木兒。於是孛羅帖木兒再攻大都，親自攻進了都城。皇太子再次出逃，皇帝任孛羅帖本兒為左丞相(即升右丞相)，節制天下軍馬，老的沙為平章政事，禿堅帖木兒為御史大夫。

皇太子愛猷識裡達臘逃到太原。1365年三月，愛猷識裡達臘以孛羅帖木兒襲據京師，令擴廓帖木兒與李思齊出兵聲討。孛羅帖木兒漸漸失勢，心緒抑鬱，天天與老的沙等飲酒作樂。這年七月，妥歡貼睦爾眼看他已經不中用了，就把他殺了。老的沙和禿堅帖木兒都逃之天天。九月，擴廓帖木兒扈從皇太子回京。妥歡貼睦爾無可奈何，任伯裡撒為右丞相，擴廓帖木兒為左丞相。

四、內訌大大消弱了元廷的實力

原先雙方的鬥爭似乎以愛猷識裡達臘和擴廓帖木兒的勝利而告一段落。但是，新的矛盾隨之而來。這次，愛猷識裡達臘以為時機成熟，又想逼乃父遜位，可是擴廓帖木兒不肯支持這樣的行動。兩個合作者從此結怨。擴廓帖木兒在軍中縱恣慣了，耽在京師，怏怏不樂。

朝廷上的官僚認為他是“非根腳官人”，往往表示輕視。這年閏十月，他受封河南王，代皇太子親征，離開了大都。他受命總制一切軍馬，然而李思齊首先同他反目。李思齊是同察罕帖木兒一同起兵發跡的，如今下輩人物爬到他頭上來了他不肯甘心。他得到擴廓帖木兒的調兵文書，破口大罵說：

“乳臭小兒，黃髮還沒有退，反倒來調遣我來了我與你父親一起飲酒時，你在我面前還沒有立足的地方呢。”張良弼、脫列伯、孔興等將領也不背服從擴廓帖木兒，推李思齊為盟主進行對抗。雙方在關中相持，前後百戰，爭不出高低，但元氣大傷。

到了1367年八月，妥歡貼睦爾說“原來讓擴廊帖木兒出外統兵，是為了清肅江淮。他不去清肅江準，反而與關中諸將釁。關中戰事打個不停，他現在又移駐彰德，豈不是要窺視我京師嗎”

他責備皇后皇太子耽誤了大事，下詔命皇太子總制天下兵馬，並命擴廓帖木兒僅領本軍自潼關以東出兵江淮，李思齊自鳳翔以西進取川蜀，禿魯和張良弼、孔興、脫列伯共取襄樊。他要求諸將“洗心滌虞，同濟時艱”，然而諸將實際上都不聽指揮。擴廓帖木兒更拒不受命，但他的部下貊高、關保等卻轉向朝廷一邊。

1368年正月，愛猷識裡達臘命關保守晉寧路，總率擴廓帖木兒原屬諸軍，如擴廓帖木兒拒命，可就便擒擊。於是，擴廓帖木兒攻佔太原，把朝廷命官統統殺了。二月，元廷詔削擴廓帖木兒爵邑，命諸軍共行征討。

這時，明軍已進至河南。李思齊張良弼都向擴廓帖木兒表示出師並非本心，然後解兵西還。七月，擴廓帖木兒打敗貊高、關保，把他們抓住殺了。妥歡貼睦爾眼看局勢不妙，到了閏七月，只好再恢復擴廓帖木兒為河南王，任中書左丞相，要他率軍南下。但明軍已在中原廣大地區節節取勝，擴廓帖木兒在太原已經不敢輕舉妄動了。