南京醫科大學是首批教育部、國家衛生計生委與省政府共建醫學院校和江蘇高水平大學建設高校。學校創建於1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批准為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。
學校設有19個學院（包含康達學院）。擁有26所附屬醫院和50多所教學醫院。學校校本部現有在職教職工1800多人，其中學校編制專任教師945人。有教授218人、副教授280人，有博士生導師715人、碩士生導師2312人。學校現有中國工程院院士2名，美國國家醫學院外籍院士1名，“長江學者獎勵計劃”特聘教授3名、青年學者2名，國家“萬人計劃”百千萬工程領軍人才1人，國家“萬人計劃”科技創新領軍人才3人，國家“萬人計劃”青年拔尖人才2人，國家百千萬人才工程7人，國家傑出青年科學基金獲得者9人，優秀青年基金獲得者12人，國家級教學名師1人，全國優秀教師1人，江蘇特聘教授32人，“國家級教學團隊”3個，教育部“創新團隊”1個。
學校現有一級學科博士學位授權點8個（生物學、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、醫學技術、護理學）、二級學科博士學位授權點54個、3個交叉學科博士學位授權點（臨床醫學工程、人文醫學、健康政策管理）；一級學科碩士學位授權點12個、二級學科碩士學位授權點67個；博士後科研流動站7個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類；擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、29個國家臨床重點專科、6個江蘇高校優勢學科（三期）、2個江蘇省一級學科重點學科、3個江蘇省一級學科重點培育學科。在全國第四輪學科評估中，我校公共衛生與預防醫學在全國54所參評高校中獲評A+等級。臨床醫學、分子生物學與遺傳學、生物學與生物化學、神經科學與行為學、藥理學和毒理學、免疫學、社會科學總論、化學等8個學科進入ESI全球排名前1%，其中，臨床醫學學科進入ESI全球排名前1‰。
學校設有24個本科專業，1個九年本碩博一貫制專業方向、3個“5+3”本碩一體化專業方向。目前，在校生總數為1.9萬多人，已形成從本科生、研究生到博士後，從全日制到成人教育、留學生教育全方位、多層次的教育體系。
學校現有1個國家重點實驗室、1個國家級國際聯合研究中心、4個部級重點實驗室、20個省級重點實驗室（工程中心）、2個省級協同創新中心。擁有國內一流的醫學模擬教育中心（MSC）和自主學習中心以及國內知名、省內一流的江蘇省醫藥動物實驗基地，建有江蘇省唯一的省級衛生政策智庫健康江蘇研究院以及省內唯一的轉化醫學研究機構江蘇省轉化醫學研究院。
“十二五”以來，學校科研水平不斷提升，承擔973、863、國家重點研發計劃項目(課題)，國家自然科學基金重點、重大項目，創新研究群體項目等國家級重大科研項目近百項。獲得國家自然科學獎等國家級成果獎5項，累計以通訊作者單位發表SCI收錄論文13990篇，論文數量、論文平均影響因子逐年增長。2019年，我校獲得291項國家自然科學基金項目資助，項目數連續6年位居獨立設置醫科大學第1位。連續多年被評為“江蘇省科技工作先進高校”。
學校現已建成5門國家級精品課程，4門國家級精品資源共享課 ，有5個國家級特色專業、5個省級特色專業、4個省級品牌專業、2個國家級雙語教學示範課程；建成2個國家級實驗教學示範中心、1個國家級虛擬仿真實驗教學中心、12個省級實驗教學示範中心、19箇中央和地方財政共建高校教學實驗室、有1個國家級人才培養模式創新試驗區。主編6部國家“十二五”規劃教材。學校通過教育部臨床醫學專業認證，得到8年最長認證週期。學校的招生和就業工作受到社會各界的好評，醫學類本科招生錄取分數線連續11年位居省屬院校第一位,，多次被評為“江蘇省畢業生就業工作先進集體”。
學校建有江寧校區、五臺校區以及康達學院連雲港校區。江寧校區位於南京市江寧區大學城，佔地面積1300畝，是行政、教學和科研中心。五臺校區位於南京市鼓樓區五臺山南麓，佔地120畝，是臨床教學和研究中心。學校館藏圖書文獻資料豐富，擁有中文（外文）紙質圖書、電子圖書、全文電子期刊共一千多萬冊，是江蘇省醫學圖書中心館和高校文獻保障系統醫學文獻中心。學校主辦有11種學術期刊。
近年來，學校廣泛開展對外交流活動，積極與國內外的高等院校建立形式多樣的聯繫與合作。學校與美國、加拿大、澳大利亞、瑞典、日本等國家和地區的醫學院校或科研機構建立了雙邊合作、學術交流關係。學校於2002年恢復招收留學生和港澳臺學生，現有在校留學生和港澳臺學生800多人。
進入“十三五”，全校師生醫護員工凝心聚力、統籌施策、開拓創新、改革攻堅，全面啟動實施“十三五”發展規劃，努力把學校建成國際知名、特色鮮明的高水平研究型醫科大學。
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