甲減治療的目的是維持人體正常代謝狀態，改善生活質量，預防可能的併發症。最主要的是對症治療、甲狀腺激素替代治療，以及針對病因的治療。
甲減尤其是臨床型甲減，使用甲狀腺激素的替代治療目的有以下3個：
①保證人體所需甲狀腺素；
②寧可抑制血清TSH濃度也要使血清甲狀腺素正常；
③通過長期用藥觀察、隨訪甲狀腺功能，妥善安排和及時調整劑量。
主要的甲狀腺激素補充藥物有以下幾種。
1、幹甲狀腺片（甲狀腺素片）
目前在臨床上較少應用，因為甲狀腺素片中的甲狀腺素含量不穩定，療效波動，不利於穩定甲狀腺功能。一般開始用量較少，重症或伴心血管疾病者及年老患者尤其要注意從低劑量開始，逐漸加量。定期複查甲狀腺功能（1~3個月/次），調整劑量直到甲狀腺功能正常為止。
2、左旋甲狀腺素鈉片(L-T4)
是臨床上最常用的甲狀腺素補充製劑，比較穩定。該藥服用方便，每天口服1次，不必分次服；作用較慢而持久，服藥後1個月療效開始顯現。
3、L-T3
臨床應用很少。該藥發揮作用快，持續時間短，最適用於黏液性水腫昏迷的搶救。甲狀腺癌及手術切除甲狀腺的患者，需要定期停藥掃描檢查的患者用L-T3替代比較方便。一般不用於甲減患者的常規補充。
臨床上在補充甲狀腺激素的時候，都應該從小劑量開始，定期複查甲狀腺功能，以便對甲狀腺激素的補充進行調整。對於不同種類的患者，治療的目的有所不同。對於有心臟疾病的患者，應注意從小劑量開始，逐步增量，並注意觀察其心率，以及有無心悸、胸悶等不適情況。對於不同年齡的患者，甲狀腺功能要求也有所不同。對於年輕、無心血管疾病的患者，應嚴格將TSH控制在2.5以下。臨床上由於各種原因，如過敏、藥品斷貨等原因，有時候需要在3種補充製劑中進行更換。
一般可按照下表中的劑量進行替換，但更換以後還是應該對甲狀腺功能進行檢測，調整用量。
（1）呆小症的治療：如果剛出生的嬰兒一旦確診，必須立即開始治療。治療越早，療效越好。初生期呆小症最初口服碘劑碘賽羅寧5ug，每8h一次和L-T4 25ug/d；3d後，左旋甲狀腺素增加至37.5ug/d；6d後碘賽羅寧改為2.5ug，每8h一次。在治療過程中，L-T4逐漸增至50ug/d，而碘賽羅寧逐漸減量至停用。亦可單用L-T4治療，首量25ug/d，以後每週增加25ug，3~4周後增至100ugd，使血清TT4保持在9~12 ug/dl範圍內。如臨床療效不滿意，劑量可略加大。
年齡為9個月~2歲的嬰幼兒每天需要50~150ug L-T4。如果其骨骼生長和成熟沒有加快，L-T4用量應再增加。雖然TSH有助於監測療效，但是，從臨床症狀改善來了解甲減的情況比測定血清L-T4更為重要，治療應持續終身。
由於腦的發育在出生後數週內至關重要，因此現在多數人主張更積極的治療。Bongers-Schokking等比較27例重症和34例輕型先天性甲減嬰兒在不同時期用不同L-T4替代治療的療效，發現理想的替代治療應該在出生後3周內使甲狀腺功能恢復正常，最好是在出生後2周內用>9.5ug/(kg·d)的L-T4使血清FT4維持在正常值上限水平，並維持一年。這些小患者可在10~30個月內神經發育達到正常狀態。
（2）對於所有的甲狀腺功能減退者，首要的治療都是甲狀腺激素替代，其次是針對病因進行治療。最常見的引起甲減的疾病是橋本甲狀腺炎。
橋本甲狀腺炎的病因複雜，其中遺傳因素中的免疫因素是重要的一方面，另外一方面飲食中碘缺乏或者碘過量都可能導致橋本甲狀腺炎的發生和發展。所以在預防橋本甲狀腺炎時，應注意適當的碘攝入，避免低碘、高碘。近年來，越來越多的研究還發現硒製劑可以用於橋本甲狀腺炎的輔助作用。一般來說，硒製劑有助於降低橋本甲狀腺炎的抗體水平，縮小腫大的甲狀腺，但對於甲狀腺功能沒有影響，所以可以作為橋本甲狀腺炎的輔助治療。
對於碘缺乏引起的單純性甲狀腺腫，及其引起的甲狀腺功能減退，其治療主要是補充碘劑。
對於病情較嚴重的黏液性水腫昏迷，除了立即補充甲狀腺素，還要注意對症治療，如維持生命體徵，維持機體水、電解質平衡等。
(1)補充甲狀腺激素：對於黏液性水腫昏迷，補充甲狀腺激素的類型應該是L-T3。對於嚴重的患者，應立即靜脈注射L-T3，首次40~120ug，以後每6小時5~15mg，至患者清醒改為口服。或首次靜脈注射L-T4 100~300ug，以後每天注射50ug，待患者甦醒後改為口服；如無注射劑，可以給碘賽羅寧片劑（20~30/次，每4~6小時一次）或L-T4片劑（量同前）或幹甲狀腺片(30~60m/次，每4~6小時一次），經胃管給藥，清醒後改為口服。有心臟病者起始量為一般用量的1/5~1/4。
（2）對症支持治療：吸氧、保溫、保持呼吸道通暢，必要時行氣管切開、機械通氣等措施。
（3）使用糖皮質激素治療：每6小時給予50~100mg氫化可的松靜脈滴注，待患者清醒及血壓穩定後減量。
（4）補液：5%~10%葡萄糖生理鹽水每天500~1000ml/d，緩慢靜脈滴注。必要時輸血。入水量不宜過多，並監測心肺功能、水與電解質、血T3、T4、皮質醇、酸鹼平衡及尿量和血壓等。
（5）控制感染，可酌情選用抗生素防治肺部、泌尿系統感染。
（6）搶救休克、昏迷，並加強護理。
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