1895年3月，随着清军在战场上的节节败退，清政府只能派遣李鸿章前往日本乞和。李鸿章虽然对于知道日本势必狮子大开口勒索中国一番，不过在拿到日本的和约底稿时还是被里面的苛刻条件吓了一跳。
在将底稿发回国内时，李鸿章认为日本条件过于苛刻，致电国内认为“两国惟有苦战到底”。而光绪召见重臣商议，大家也是认为条件太苛，争论不休，不少地方督抚也主张再战。不过光绪最后还是拍板决定签约。
光绪做出这个决定，是因为从军事、经济、外交角度来说，此时对于他来说，并没有太大的选择余地。
从军事角度来说，清军已经一败涂地，无力再战
甲午战争前，鉴于原有的八旗、绿营已经腐化不堪，清政府在洋务运动中通过购买、自造西式武器，引进西式操典编练部队。这些练军加上地方上的勇营，成为清政府当时最主要的武装力量。
这些练军和勇营大约有近35万人，单纯从数量上来说已经不少了。不过因为分散在各地驻防，加上缺乏铁路，调动困难，因此实际在战争期间内清政府实际能动用的部队不过17万左右，和日军差不多。
但是清军从本质上来说仅仅是装备了西式武器的旧式军队，其指挥体系、组织、后勤等各方面都没有任何进步，和已经完全西化的日军相比差距甚远。
因此在甲午战争爆发以后，清军几乎可以说是一触即溃，在战场上屡战屡败。日军在整个甲午战争中仅被击毙1132人，战伤死285人，损失可微乎其微。而且清军没有什么后备役的概念，部队损失以后没有相应的补充机制，都是临时招募农民充数。这种缺乏训练的部队在战场上毫无意义，因此随着战争的进行，清军原本就很糟糕的战斗力更是急剧下降。
战场上的胜利极大的刺激了日本的野心，日本大本营因此制订了一个直接攻击北京的作战计划，计划抽调7个师团的庞大兵力，直接在山海关一线登陆，攻打北京。
在辽东、山东前线各军被日军击败以后，清政府短时间内无法抽调太多部队来援，因此北京附近兵力空虚，加上双方战斗力上的差距，势必难以应对日军如此大规模的攻击，军事上的威胁无疑是促成清政府决定投降最直接的原因。
从经济角度来说，清政府也难以继续维持战争
一些人把清政府在签署《马关条约》以后支付了2.3亿两赔款当做清政府财政宽裕的证据，这是不对的。在晚清时期，由于外敌入侵和内乱不止，清政府的财政一直非常紧张，不过勉强保持收支平衡，并没有什么结余。
在甲午战争爆发以后，因为户部无银可拨，清政府只能通过征调各地库银、官员士绅报效、加收盐茶厘税、息借商款等方式筹措了3244万两白银，充作军费。因为军费开支浩大，筹集的军费不够使用，后来清政府又不得不陆续向汇丰银行借款2865万两。到战争结束时，清政府筹集的军费仅剩余1654万两。此后支付赔款，也是通过向国外举债才能支付。
而日本政府则通过发行国债等方式筹集了22523万日元的军费，军费总开支是20047.6万日元，结余2475.4万日元。按照白银和日元比价1：1.4计算，大约折合1768万两白银。单纯从结余数来对比，双方差不多。但是实际上日本军费开支是截止到1896年3月为止。这笔开支实际上包括了甲午战争、侵略台湾、战后士兵复原、安置等所有开支。
另一方面，随着前线不断失败，大量武器被日军缴获。对于清政府来说此时如果要继续抵抗，势必要花费大量的资金重新购买武器。而日本在战争中掠夺了价值8982.2万日元的武器、粮食等各类物资和折合3000万日元的现金。
因此实际上到签订《马关条约》时，日本结余的军费开支远远超过了清政府，接下去的开支也会更少。对清政府来说，要继续打下去只有借外债一条路。但是此时清政府在战场上一再失败，想借款也没这么容易。各国势必会趁机提出各种苛刻条件，甚至可能附加政治条件，因此对于清政府来说，继续打下去从经济上来说也很困难。
日军缴获的武器
从外交角度来说，清政府也无法获得列强的支持
甲午战争时期，在远东影响力最大的是英国。李鸿章一度也有意让英国调停，然而英国却态度冷淡，对李鸿章采取了敷衍搪塞的态度，明显偏向日本。
英国采取这种态度是因为此前英俄两国在中亚、远东的矛盾日益激化时，英国原本有意和清结盟。但是清政府始终对于西方国家抱有戒心，对于英国的暗示没有做出回应。而日本却主动向英国靠拢，以争取英国的支持。
因此在甲午战争前夕，英国国内已经决定支持日本，以利用其在远东牵制俄国，偏向日本也就不奇怪了。
而俄国虽然在《马关条约》之后纠集了德国和法国迫使日本放弃割让辽东半岛的计划，貌似支持中国。但是在甲午战争期间，俄国一样采取了敷衍态度，不愿意出面调停。俄国的打算也很现实，他们有意在远东夺取一个不冻港，并试图在东北修建一条西伯利亚铁路支线。但是清政府显然不可能同意这两个要求，因此通过日本削弱中国成了必然的选择。只是日本胃口太大，影响了俄国的侵略步伐，所以才会有之后的三国干涉还辽。在战争期间，俄国也是指望不上。
其他美国、德国、法国等国家在中国的利益有限，无意过多卷入中日之间的战争，采取了中立态度，显然也不可能帮助清政府。
因此在外交上，清政府此时也处于孤立无援的状态。
对于慈禧和光绪来说，威胁最大的并非日本，妥协是必然的结果
当然，虽然清政府此时面对的困难不少，不过要坚持打下去也并非没有可能。如果慈禧和光绪下定决心放弃北京迁都内陆，放权给地方督抚组织部队抵抗。那么日本毕竟只是一个小国，一旦陷入长期战争国力势必难以支持，还是有一定可能翻盘。
然而对于慈禧和光绪来说，国家的利益无法和皇权的利益相比。当年为了镇压太平天国运动，由于国库没钱，清政府不得不让地方督抚自筹军饷自己组建练勇和太平军作战。结果造成战后督抚权力大增，朝廷难以控制的局面。
在作为朝廷直属武力的淮军、直隶练军、东北练军在战争中都损失惨重的情况下，如果为了抵抗日军再次放权给督抚，那么清政府对地方督抚的控制能力势必进一步下降，这对于清政府来说威胁和隐患远大于日本。
因此慈禧和光绪虽然因为权力问题矛盾重重，但是在局面已经明显不利的情况下，在对日妥协上很快就达成了一致，不愿意打下去，最终同意了日本提出的苛刻条件，下旨命李鸿章签约。
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