(1)立法不明確
我國《著作權法》對計算機軟件“合理使用”的界定不明，導致使用與複製行為難以確定。《計算機軟件保護條例》第16條、17條對“合法複製品”“合理使用行為”的界定也十分模糊，在一定程度上加大了司法實務判斷的難度。另外，我國法律法規中只有《著作權法》和《計算機軟件保護條例》規定了計算機軟件著作權依法應受到保護，但並沒有對侵權認定標準或方法作出明確的規定，也沒有單獨的司法解釋對侵權的認定標準或方法作出具體的指導。又由於我國著作權法不保護思想，只保護表達，對作品的新穎性、獨創性、實用性均未作要求，出現了立法空白。
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(2)計算機軟件侵權司法鑑定制度和技術落後
由於計算機技術本身的特性和專業技術的複雜性，加上我國司法鑑定制度發展滯後、鑑定機構從業人員綜合素質過低，導致司法實務中，計算機軟件侵權案件最後提請司法鑑定的案件非常之少。據權威統計，我國目前能夠完全獨立從事計算機軟件司法技術鑑定的機構屈指可數，大部分司法鑑定機構僅擁有鑑定牌照而無鑑定經驗，在很多情況下，鑑定機構都是在突然接到人民法院委託的案件以後臨時到高校或其他單位聘請或外借所謂的專家、教授幫助，又由於這些所謂的鑑定專家和教授沒有具體從事過計算機軟件侵權案件鑑定的實務經驗，又沒有具體的行業指導規範，其往往難以完成委託。這種現實狀況在一定程度上導致人民法院不願對計算機軟件侵權案件進行司法鑑定，大部分都是法官直接通過雙方提交的證據進行自由裁量。
(3)計算機軟件著作權行政登記管理制度落後
由於我國對計算機軟件著作權採用的是自願登記制度，登記的性質不同於國家商標局和知識產權局對商標權和專利權的確權登記，其並非物權確權性質，而只是權利證明的初步證據，從而導致權利人即使取得軟件著作權登記證書也不能完全證明其享有登記作品的權利歸屬。另外，中國版權保護中心只要求申請登記的權利人提交權利證據的部分源代碼，不要求提供全部源代碼，對提交的源代碼也不進行實質審查，只作形式審查。這種登記管理制度不但導致權利人的登記會濫竽充數，還會流於形式。一旦登記的軟件被侵權，權利人將很難舉證。如果賦予計算機軟件著作權登記以物權效力，並要求登記時提供完整的源代碼，則至少可以解決司法實務中以下四個方面的問題：一、可以解決權利人舉證困難的問題;二、可以減輕法院對被控侵權軟件以及被侵權軟件檢材的審查確認負擔;三、可以方便司法鑑定;四、可以有效控制法官過度的自由裁量權。這樣一來，將大大減少法官在審理此類案件時採用自行比對而導致司法認定不統一的亂象。
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