一、上隶
清代淮安府先后隶属江南承宣布政使司、江南左布政使（安徽）、江南右布政使（江苏）、江南江苏布政使司、江宁布政使司、江淮巡抚和江北提督。其依据是：
1、《清史稿•世祖本纪》云：顺治二年（1645）闰六月乙己，改南京为江南省，应天府为江宁府。
2、《清史稿•地理志》云：江苏，明为南京。清顺治二年（1645），改江苏省，设布政使司，置两江总督及江宁巡抚。十八年（1661），分府九：安庆、徽州、宁国、池州、太平、庐州、凤阳、淮安、扬州，直隶州四：徐、滁、和、广德，属安徽，江南左布政使领之。康熙元年（1662），安徽设巡抚。三年（1664），分江北按察使往治。五年（1666），扬州、淮安、徐州复隶江南。六年（1667），江南更今名，改左布政使为安徽布政使司（驻江宁）；右布政使为江苏布政使司（治苏州），统江宁、苏州、常州、松江、镇江、扬州、淮安府安庆；增设江宁布政使司，析江宁、淮安、徐、扬四府，通、海二直隶州属之，与江苏布政使司对治。光绪三十年（1904），又设江淮巡抚（驻清江浦），寻复故。
3、《清史稿•高宗本纪》云：乾隆二十五年（1760）八月己亥，增设江苏江宁布政使，驻江宁府，分辖江、淮、扬、徐、通、海六府州。以苏州布政使分辖苏、松、常、镇、泰五府州，安安徽布政使回驻安庆。命讬庸调补江宁布政使。
4、《清史稿•穆宗本纪》云：“咸丰十一年（1861）十一月庚戍（二十六日），以吴棠为江宁布政使，兼署漕运总督。”“同治二年（1863）三月丁卯，实授吴棠漕运总督，仍节制江北军务。”
5、《钦定大清一统志》云：明南京，本朝改置江南省，治江宁府。顺治十八年（1661），分属左右布政使司（淮安、扬州二府、徐州一州属左布政使司；江宁、苏州、松江、常州、镇江五府属右布政使司）。康熙六年（1667）改为江苏省（领江宁、苏州、松江、常州、镇江、淮安、扬州七府及徐州一州）。
6、《江苏通志•舆地志》云：皇清顺治二年（1645）平定江南，改置江南承宣布政使司，驻省城。十八年（1661）为左布政使，领安庆、徽州、宁国、池州、太平、庐州、凤阳、淮安、扬州九府，徐、滁、和、广德四州；分置右布政使，驻苏州，领江宁、苏州、松江、常州、镇江五府。康熙五年（1666），右布政使增领扬州、淮安二府及徐州。六年（1667），定为江苏、安徽二布政使司，领府州如故。
二、下属
1、《钦定大清会典则例》卷三十一云：“顺治二年（1645）定：淮安府领邳州、海州二，山阳（附郭）、盐城、清河、安东、桃源、宿迁、睢宁、赣榆、沭阳县九”。“雍正二年（1724），升邳州为直隶州，领宿迁、睢宁二县；升海州为直隶州，领赣榆、沭阳二县。”“九年（1731），以淮安府属之山阳县分设阜宁，扬州府属之江都县分设甘泉。十一年（1733），升直隶徐州为徐州府，于所属四县外增设铜山县（附郭），并以邳州暨所属宿迁、睢宁二县均隶府治。”
2、《清史稿•地理志》云：“雍正二年（1724），升海、邳为直隶州，赣榆、沭阳〔二县〕属海〔州〕，宿迁、睢宁〔二县〕属邳〔州〕。九年（1731年，析山阳、盐城地置阜宁〔县〕。”
3、《江南通志•舆地志》云：“雍正二年（1724），督臣查弼纳量地制宜一疏（见注1），请改凤阳府之颍、亳、泗三州，苏州府之太仓州，淮安府之邳、海二州，扬州府之通州，庐州府之六安州，并为直隶州。”“九年（1731），署督臣尹继善请以淮安府之山阳、扬州府之江都并分为二县。”“俱奉旨允行。”
【注1】查弼纳疏内称：“江南应行分隶之处，有以州县过多、幅员太广而应分者，如安徽所属之凤阳府属是也。”“有以钱粮太多、刑名太繁而应分者，如江苏所属之苏州府属是也。”“再有以路途隔远、往返稽延而应分者，如淮安府属之邳、海二州，扬州府属之通州，庐州府属之六安州是也。淮安之邳州，隔越黄河，离府四百二十里；海州僻处海浜，离府三百七十里，均接壤山东、河海险要之处。邳州则将原属该州之宿迁、睢宁二县就近归州，改为直隶；海州则将原属该州之赣榆县并附近之沭阳县归州管辖，亦改为直隶。”
【注2】尹继善疏内称：“淮安府属之山阳县、扬州府属之江都县，路当冲要，事务殷繁，附居府城，幅员辽阔，虽有干练之员，肆应难周。”“查山阳有庙湾镇，见有城池营汛，居民调密，可以改为县城。庙湾西至苏家嘴、板湖集、陈家集等处，北至北沙、单家港、周门、东坎等处，东至海边，原皆山阳所管，今均划归新县管辖。惟南门外里许，射阳湖之南岸，即属盐城县地界，应盐邑之草堰口一带地方划分新县管辖。庙湾城中，原设有海防同知，已经移往童家营，所有该同知衙门即为新县衙署。添造仓库、监狱、书吏房舍，再添设县丞一员，专管粮河事宜，听河臣题补。添设典史一员，管理捕务。草偃口系私盐出没之所，应将庙湾司巡检移住其地，与原设之盐场大使分任巡缉，均隶新县管辖。盐城之清沟司巡检移驻上冈地方，以清疆界。应设教职。查旧县训导，向分驻清江学宫，不便撤回。应将盐邑训导拨归新县，将庙湾旧有学宫再行增修。
4、《钦定大清一统志》卷六十四云：明淮安府，直隶南京。本朝属江苏省，领县六：（1）山阳县，附郭，明为淮安府治，本朝因之；（2）阜宁县，本山阳及盐城二县地，本朝雍正九年（1731）析置阜宁县，属淮安府；（3）盐城县，明属淮安府，本朝因之；（4）清河县，宋咸淳九年（1273），始分西北界置清河军及清河县，属淮南东路。元至元十五年（1278）废清河军，以清河县属淮安路。明属淮安府，本朝因之；（5）安东县，明洪武初，废〔安东〕州为安东县，属淮安府，本朝因之；（6）桃源县，金兴定二年（1218），于宿迁县之桃园镇置淮浜县，属泗州，元光二年（1223）废。元至元十四年（1277）复置，改曰桃园县，属淮安路。明曰桃源县，属淮安府，本朝因之。
5、《光绪淮安府志》卷二云：“国初多仍明制，隶府于江宁布政使司。雍正二年（1724）升海州、邳州为直隶，以赣榆、沭阳属海州。十年（1732），析山阳、盐城地置阜宁县。十一年（1733），以宿迁、睢宁属徐州。【说明：（1）雍正二年，邳州升为直隶州，领宿迁、睢宁二年。十一年，邳州改属徐州府，仍领宿、睢二县。（2）雍正九年，督臣奏请析置阜宁县，并奉旨允行。雍正十年实际划分。】本郡实辖山阳、盐城、阜宁、清河、安东、桃源六县。”
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