中國是一個多民族的國家，擁有九百六十萬平方公里的遼闊國土，由於歷史的原因少數民族多生活在遠離中央政府的邊遠偏僻地區，尤其長江以南少數民簇更多，這些少數民簇地區經濟落後，文化落後，封建王朝對於這些民族地區，都採用以夷治夷的鬆散管理方式，自唐代開始用鞠糜州政策。
所謂羈縻，即用軍事和政治的壓力加以控制，以經濟和物質利益給以撫慰，也即在少數民族地區設立特殊的行政單位，保持或基本保持少數民族原有的社會組織形式和管理機構，承認其酋長、首領在本民族和本地區中的政治統治地位，任用少數民族地方首領為地方官吏，除在政治上隸屬於中央王朝、經濟上有朝貢的義務外，其餘一切事務均由少數民族首領自己管理。
鞠糜州其疆域往往以某一大姓所形成的自然區域來確定，這一區域既可以劃為一州，也可立為數州，故地域比當時的邊郡要小得多。
五代十國時期，封建割據激烈，少數民族地區各土著首領在羈縻州的基礎上，趁中原各國相互征戰之機，亦相互攻伐，以大並小，以強吞弱。一些強宗大姓擴張勢力，逐漸脫離中央王朝的控制，成為地域性封閉的獨立小王國。
宋朝統一內地之後，順應了五代時期形成的這種情勢，攝唐制並使羈縻政策更加完善， "樹其酋長，使自鎮撫"，並進一步籠絡少數民族首領，對"其有力者，還更賜以疆土"。
元朝羈縻政策逐漸演化為土司制度，元朝開始實行的土司制度弊病很多，土司對內殘暴統治少數民族，對中央叛服不常，騷擾周邊村莊，土司之間也不斷髮生戰爭。
歷代羈縻有強有弱，強者如唐，弱者如元朝，元朝軍隊在自己國家行走都會被全殲，一次出兵征戰，路過四川，因騷擾地方過重，在四川境內被消滅，一次在貴州境內被消耗殆盡，連雲南行省都還沒有進入。
播州叛亂土司楊應龍圖像
土司制度是元、明、清三朝在西南和中部東南的少數民族地區實行的一種管理制度，就是任命少數民族的首領為土司、土官，授予他們按照當地的傳統習慣對所轄地區進行統治的權力.官職世襲，一句話，就是"以土官治土民"。
在邊境地區，朝廷甚至允許土司保有軍隊，土司軍隊謂義軍、土兵、土丁等，土丁、土兵是一種寓兵於農的組織，平時為農，戰時出征。朝廷賜民族首領以軍事首領頭銜。其兵馬主要是"慎守封疆"。
但是，土司世代為官，獨霸一方，更有一些土司專橫不法.對境內人民實行政治壓迫和經濟掠奪.土司之間為爭權奪利挑起械鬥或戰爭，導致生靈塗炭，對朝廷也叛服無常。。
明朝襲元制，對雲貴川三省的少數民族地區一直採取以夷制夷的羈縻政策，也就是世襲土司制度，朝廷一般不干預其人事變動，只負責收稅邊防等事宜。
明朝播州地域圖
西南地區有眾多的“土縣”、“土州”、“土府”、“宣慰司”等行政區單位。不少地方還擁有自己的武裝力量，土司官員們在當地經營多年，勢力根深蒂固。
有許多土司首領自恃天高皇帝遠，在本地橫徵暴斂作威作福，甚至對抗中央。有明一代西南地區經常發生程度不等的叛亂，其中名氣最大的當屬萬曆年間發生的楊應龍叛亂，也就是“萬曆三大徵”中的播州（貴州遵義地區）之役，明軍用兵十萬激戰一年才平定了這場叛亂。
土司制度這種有損於國家統一的行為，明王朝自然是不能容忍的，開始醞釀取消土司制度，改為在少數民族地區設立府、廳、州、縣等機構，派遣有一定任期的流官進行直接管理，這種方法被稱為"改土歸流"。
改土歸流自明代中葉以後便逐步開始，一般採取兩種辦法:"一是從上而下，先改土府，後改土州。二是抓住一切有利時機進行，如有的土官絕嗣，後繼無人，或宗族爭襲，就派流官接任;土官之間互相仇殺，被平定後，即派流官接任;有的土官犯罪，或反王朝被鎮壓後，以罪革職，改由流官充任" ，有的在土民向封建王朝申請"改土歸流"時，王朝以所謂從民之意，革除土官世襲，改為流官。
但由於阻力太大，進展非常緩慢，西南地區依舊是半土半流的管理模式，這就為日後的叛亂埋下了伏筆。
天啟元年（1621年），四川永寧（今敘永）彝族土司奢崇明、貴州水西（今大方一帶）彝族土司安邦彥，聯合烏蒙、沾益、東川等土司，共同起兵反抗大明，意圖割據一方，安氏是盤踞黔西北歷史最長、勢力最強的封建領主,一切耕地、牧地、山林、水源都屬領主所有,比奢氏還要強大，安氏自稱"羅甸大王"。
奢安叛亂圖
幾月之內，四川、貴州大部分落入叛軍之手，叛亂波及雲南，廣東、湖北，湖南等省。
此時明廷正在集中兵力對付關外女真的叛亂，面對西南的土司叛亂，不得不又徵調了數省軍隊進行平叛。
奢安叛亂中，貴陽被叛軍圍半年，兵民相食，據傳逃入貴陽城內四十萬，最後吃到還剩2萬多人，明軍總兵張彥芳公開組織殺人，人肉四斤值銀一兩。
戰亂中，四川巡撫徐可求死難，貴州巡撫王三善死難，西南大將之冠的總理魯欽兵敗自刎，貴州總兵陣亡於貴陽城下。
歷時十多年，直到崇禎三年，叛亂最後被四川巡撫朱燮元、石柱總兵秦良玉、四川總兵杜文煥鎮壓下去，明廷用兵十餘萬，耗銀數百萬，終於消滅了明末西南兩大地方割據勢力，維護了國家的統一。
奢安之亂平叛功臣秦良玉圖像
發生在川黔兩省的奢安之亂也激發雲南部分土司的野心，他們一面積極出兵幫助明軍掃平叛亂另一方面暗中儲備勢力伺機反叛，阿迷土司普名聲就是其中的代表。
普氏是阿迷地區（雲南開遠地區）的土著家族，普氏在助剿奢安過程中積攢了大量兵力同時又與緬甸勾結。
崇禎四年六月，雲南巡撫王伉率軍征剿先後在阿迷、臨安等地被叛軍擊敗，由於此時中原已經陷入農民起義的大潮，朝廷再也調不出大軍征討西南叛亂了。
1645年，萬氏女婿沙定洲趁明朝滅亡之際再度起兵作亂，攻佔了省城昆明，1648年大西軍自四川南下抗清，進入雲南，終於剿滅了最後這支叛匪，至此歷時20餘年的明末西南民亂終告平定。
清朝深刻吸取明朝教訓，在雲貴川地區力行改土歸流。雍正年間，清廷採納雲貴總督鄂爾泰疏議，在西南掀起大規模"改土歸流"高潮，改土官為流官，革除土司制，建立州縣制。"改土歸流"的政策，在雲南和貴州取得很大成效，但在四川，改土歸流卻只實行於與雲、貴接壤的少數民族地區，川西藏區沒有實行改土歸流政策。
乾隆繼位後，延續其父改土歸流的政策，乾隆十一年(1746年)，川西的大金川土司莎羅奔劫奪小金川土司澤旺﹐經清朝干預後釋還。次年，莎羅奔又攻明正土司(今康定)等地，清朝派兵前往"彈壓"﹐遭到莎羅奔的抵制。乾隆帝調張廣泗任川陝總督，自小金川進兵大金川征伐莎羅奔。莎羅奔率眾奮力反抗，清軍屢失利。十三年四月，乾隆帝又命訥親督師前往增援。莎羅奔構築碉卡，嚴密為備。張廣泗與訥親互不協力，莎羅奔乃大破清軍。同年十二月﹐乾隆帝以貽誤軍機罪斬張廣泗，訥親亦賜死，改用傅恆為統帥。
乾隆三十六年，大金川土司索諾木(莎羅奔侄孫)與小金川土司僧格桑(澤旺子)再次發動反清鬥爭﹐乾隆帝命溫福﹑桂林分別自汶川及打箭爐(今四川康定)攻小金川。
清朝平定大小均川叛亂圖
乾隆四十年八月，清軍攻破大金川勒烏圍官寨。次年正月，復攻破索諾木最後據守的堡寨噶爾崖，索諾木出降。大﹑小金川之役終於平息。
事平後，清朝在大﹑小金川設立懋功﹑章谷﹑撫邊﹑綏靖﹑崇化等五屯，駐軍屯墾，以防再次發生叛亂事件。
平定大小金川的戰爭，自乾隆十二年至十三年，自乾隆三十六年至乾隆四十年，開前後兩次，歷時七年，耗帑七千餘萬兩，殺張廣泗、訥親、阿爾泰、溫福四員大臣，陣亡將士三萬餘人，經過大小金川之役，此後清朝在這一地區廢除土司制，改置州縣。鞏固和發展了西南地區自雍正以來"改土歸流"的成果，加強了邊疆和內地的經濟文化交流。
大小金川地形圖
大小金川之役的結束標誌著從明中期開始的"改土歸流"政策終於取得了最終的成功，明清兩代耗費200年，付出慘烈代價推行的"改土歸流"政策，使得中原王朝在南方的經營終於取得了成功，基本劃定和穩定了今日中國的南方邊界。
後來清朝又專設雲貴總督，有力地加強了對邊疆的管理，改變了自秦漢開始的西南半自治狀態，維護了國家的統一。
改土歸流，維護華夏統一的政治排雷，時間之長，代價之大，令人感嘆。
改土歸流，功在明清，利在千秋。
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