結腸鏡檢查是一個相對比較安全的檢查。然而，如同任何醫療干預，它確實有一定的風險和併發症。結腸鏡檢查後的主要併發症是出血和腸穿孔。單純的結腸鏡檢查後，出血的發生是極其罕見的，對於需要結腸鏡下治療的患者，如息肉摘除或活檢，出血發生率約為0.3%。對於使用非甾體抗炎藥，如阿司匹林、布洛芬和抗凝劑如肝素、華法林的患者結腸鏡檢查，出血併發症的發生率較高。因此，患者最好停止服阿司匹林和其他非甾體類抗炎藥物像布洛芬一週後進行結腸鏡檢查。息肉切除術後幾乎所有的出血都會自行停止，無需進一步治療，但罕見情況下的持續出血，需要其它干預，如再次結腸鏡檢查，血管造影，甚至手術治療。
結腸鏡檢查導致腸穿孔更是罕見的，發生在只有0.1%。它有兩種形式：一種是“微小穿孔”，它是由息肉切除時電灼器過熱燒灼所致的，可以通過密切觀察，飲食控制，和抗生素應用而治癒，通常不需要手術。另一種是在腸道彎曲嚴重的地方進行結腸鏡下治療操作時發生的較大穿孔，雖然極為罕見，但一旦發生，需立即手術探查和修補，在嚴重的情況下，可能需要臨時造口。
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