清瘟敗毒散具有清熱瀉火，涼血解毒之功效。臨床上廣泛用於敗血症、流行性出血熱等由細菌、病毒單純或混合感染引起的氣血兩燔證的緊急治療。其適應症狀包括：大熱躁動、渴飲、昏狂、發斑、便血、舌絳、臟器嚴重出血等。由於多數養殖戶專業知識匱乏，加上部分藥廠的長期錯誤引導，經常出現應用錯誤，因此在使用清瘟敗毒散時應注意以下幾點：

適用於高熱疾病，而非病毒性疾病

清瘟敗毒散主要功效是清熱瀉火，涼血解毒，此毒並非完全指病毒。清瘟敗毒散一般用於急性高熱性疾病，而不能用於溫和性疾病和傷寒性疾病。一般用於豬圓環病、藍耳病、溫和豬瘟、流行性感冒、無名高熱綜合症、鏈球菌、副豬嗜血桿菌、支原體、附紅細胞體、傳染性胃腸炎等病毒性疾病和細菌性疾病引起的高燒不退、食慾不振、呼吸急促、消瘦、精神萎靡、流淚、身體出現斑點，可迅速清除體熱，保證豬群新陳代謝正常進行。

使用階段要注意，發病初期慎用

清瘟敗毒散適用於溫熱疫毒及一切火熱之證，主要用於血分證，特別是氣血兩燔。證見大熱躁動，渴飲，昏狂，發斑，舌絳，便血，脈數。在實際生產中，清瘟敗毒散大大超出了其應用範圍，不論畜禽發病處於那個階段皆適用該方劑，例如豬隻剛表現發燒、 不食、便秘、呼吸急促時，提示發病還處於氣分階段，此時若應用，結果只能是輕則不愈，重則加深病情。此外，目前生產的清瘟敗毒散商品製劑，在獸藥包裝“功能主治”一項裡只顯示可以治療的一些傳染病及相關症狀，很容易讓人誤解只要發生了上面所述疾病，即可應用該方藥治療，方證不統一正是造成當前商品化製劑效果不佳的重要原因。

不宜長時間作為豬場保健藥

很多豬場為了提高豬群的免疫力，降低混合感染，同時減少抗生素長期使用產生耐藥性，會選擇使用清瘟敗毒散進行長期日常保健，其實這是錯誤的。該藥屬大苦大寒之藥，不宜用於豬群的日常保健和慢性疾病的治療，在使用清熱藥，需要辨別。

注意配伍禁忌

清瘟敗毒散中的某些藥味與西藥之間存在配伍禁忌，在使用時不加註意，就會影響本方的功效。如中藥石膏，因其含有硫酸鈣，四環素類藥物與鈣離子結合後，可形成難以吸收的絡合物，從而失去或大大減弱其抗菌效果； 金銀花與磺胺類藥、氨基糖甙類、氫氧化鋁、氨茶鹼等鹼性藥，利福平、阿司匹林、消炎痛等配伍，易析出結晶而致結晶尿、血尿，減弱藥效， 出現中和反應，降低或失去藥效，加重對腎臟的毒性；甘草與奎寧、麻黃素、阿托品、強心甙、水楊酸製劑等配伍，可產生沉澱、影響吸收，中毒，拮抗，易形成消化性潰瘍，導致低血鉀等症。

不適合慢性病

清瘟敗毒散當前主要用於急性疾病，特別是急性傳染病。獸醫臨床可用於治療高致病性豬藍耳病、豬圓環病毒感染、鴨病毒性肝炎、豬高熱綜合徵、豬瘟、豬鏈球菌病等。慢性病應重視脾胃為本，苦寒藥不宜多用，要用用量也宜輕，以免傷及脾胃，為疾病的纏綿不愈提供條件。