陕甘总督这一职位，从明代嘉靖年间开始设置。清朝入主中原后，依旧延续这一职位，从顺治二年开始设陕西三边总督，兼辖甘肃（含今宁夏和青海西宁等地），总督府设立于西安府南院门。
自此，这一职位成为清朝后来九位最高级别的封疆大吏之一。
（晚清甘肃兰州老照片）
陕甘总督正式官衔为：总督陕甘等处地方提督军务、粮饷、管理茶马兼巡抚事，主要职责是“掌治军民，总制文武，察举官吏，修饬封疆”。级别为正二品衔。从顺治朝开始到宣统朝结束，经历140多任。
陕甘总督除了掌管军务、政务，还兼任巡抚的职位。这在全国其他地方是不多见的。
清朝前期，在九大总督当中，陕甘总督这一职位比闽浙总督的地位还要低一截。后来随着太平天国后湘军将领在朝野的势力增强，才水涨船高。从左宗棠开始，陕甘总督的地位，仅次于直隶总督和两江总督，上升为前三。
康熙五年（1666年），陕甘总督改名山陕总督，辖晋、陕、甘三省，衙门署继续设在西安府。之后辖区内增加了四川，改称川陕总督，总督府也被搬到汉中。在去掉四川、加了山西后，总督府又搬回到西安。
直到乾隆朝，才正式把陕西、甘肃划归一体，交由陕甘总督负责。到光绪年间，陕甘总督的辖区里又增加了新疆。
在满清能够担任陕甘总督的人，是有条件的。因为它的管辖区地处西北，连接新疆和巴蜀，是边塞防御的重要屏障。如果不是可靠人选，皇帝在北京城难以安心。在最初的顺治年间，陕甘总督一职基本是由汉军旗人担任。
康熙时期，朝廷将陕甘总督划为“满缺”，意思就是只有满族旗人官员才能担任。因为平定三番后，天下仍然不安稳。康熙皇帝认为：“边塞地方必兼用旗员，方有裨于政事”。
从雍正皇帝开始，才逐渐兼用蒙古、汉人担任陕甘总督。到乾隆时期，陕甘总督中的汉人的比例开始增多。
不过，当时满人跟汉人想要担任陕甘总督这一职位，选择的途径有很大不同。汉人以科举为主；而旗人是从负责处理文书档案，或者当侍卫起步，就有了被提拔的机会。
但是，到了清朝后期，随着八旗官员自身武艺废弛，内部崇尚科考的人愈来愈多。所以，后来满人中，也出现不少以科考出仕担任陕甘总督的。
从清代历朝曾任过此职的官员中，可以发现许多后世熟知的名人、名将，诸如： 年羹尧、 岳钟琪、刘统勋、福康安、邓廷桢、林则徐、琦善、 左宗棠、 曾国荃等，其中年羹尧、左宗棠曾威名天下。
在清代史料记载中，首任三边总督名叫王文奎，但他未到职，由孟乔芳代理。
孟乔芳原为明朝军中副将，后因罪罢职归乡。天聪四年（1630年）降清，仍为副将。后随清军返回辽东，累封至汉军梅勒额真，隶属汉军镶红旗。清军入关后，改封刑部左侍郎。
顺治二年（1645年），孟乔芳正式出任陕西三边总督。他任职七八年，先后扫平关中叛军，镇压了甘肃米喇印、丁国栋起义。后来晋封兵部尚书、三等阿思哈尼哈番，加太子太保。于顺治十年病逝，赐谥号忠毅。
曾任陕甘总督中知名度很高的，应是历经康熙雍正两朝的年大将军年羹尧。
年羹尧不到30岁便升任四川巡抚，在稳定西南边陲的多次征战中屡立战功。康熙六十年（1721年），年羹尧进京入觐，得御赐弓矢，擢升为川陕总督，之后他统兵成平定青海郭罗克地方叛乱，被康熙帝加封为抚远大将军。
雍正继位之初，十四阿哥胤禵被召回京奔丧，年羹尧受命与管理抚远大将军印信的辅国公延信共同执掌军务。雍正元年五月，雍正帝发出上谕：“若有调遣军兵、动用粮饷之处，著边防办饷大臣及川陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理。”由此，年羹尧遂总揽西部一切事务，权势列在辅国公延信和其他总督之上。
雍正元年十月，雍正命年羹尧以川陕总督身份兼任抚远大将军。
随后不久，年羹尧平定青海战事成功，令雍正喜出望外。在此之前，年羹尧已经先后受封三等公和二等公。此次又因出奇制胜，被晋升为一等公。成为威镇西北，又可参与云南政务的朝廷要员。
但此后，年羹尧居功自傲、结党营私，甚至藐视皇帝权威。雍正三年（1725年）三月，他被雍正帝革去川陕总督职务，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军，九月被削职抓捕。后经廷议92款大罪，十二月被赐狱中自裁。
接替年羹尧出任陕甘总督的，是清代名将岳锺琪。他是岳飞的第二十一世孙，四川提督岳升龙之子。雍正三年出任川陕总督时，朝廷予以加兵部尚书衔。
雍正四年，岳钟琪奉命对云贵两地“改土归流”。雍正七年受命当任宁远大将军，率师出西路，会北路靖远大将军傅尔丹，备攻准噶尔部游牧地伊犁。雍正十年十月遭诬陷，以“误国负恩”等罪名被夺官拘禁。
乾隆十三年（1748年），岳钟琪先以总兵职务被重新启用，复授四川提督。他率兵参与大小金川之战，献计献策，并以13骑入勒乌围大营，劝导大金川土司莎罗奔父子归降。乾隆十五年（1750年），西藏珠尔默特那木札勒叛乱，时年64岁的岳钟琪奉命率兵出征康定，会同总督策楞，成功讨平叛乱。乾隆十九年，岳钟琪再次出征时，病故于四川资州，时年六十八岁。乾隆帝城赞他为“三朝武臣巨擘”。
民间皆知的“宰相刘罗锅的父亲”刘统勋，于乾隆十九年（1754年）升任太子太傅兼陕甘总督，乾隆帝赏赐他孔雀花翎，命他巡视巴里坤和哈密驻兵，负责筹办军营、官兵和马驼粮饷等军务。
刘统勋忠于职守。此后遭遇回部首领睦尔撒纳出兵扰乱新疆伊犁事件，当时的定西将军永常被迫退师巴里坤。他因赞同永常退兵哈密，直言上奏，请求舍弃巴里坤改为退守哈密，置空城以避敌锋。
乾隆帝阅后，责备刘统勋附和永常，是置军威于不顾，下令将刘统勋和永常革职押解回京。但不久后，叛军溃败。乾隆帝平息了怒火，认为事件主要责任在将军永常，刘统勋虽然进谏不当，但比起缄默不言的人，还是忠心可恕，决定从宽免罪，改授他为刑部尚书。
后来，刘统勋升任东阁大学士、国史馆总裁。乾隆三十八年十一月十六日，刘统勋赴紫禁城早朝，行至东华门外时，在轿内忽然倾斜，抬轿人拉开轿帘发现刘统勋双目紧闭。乾隆听说后赶忙派御前大臣福隆安携药赶往救治，但刘统勋已经故去。
第二年，刘统勋归葬家乡山东诸城白家庄祖坟，沿途二十里以内文武官员均至柩前吊祭。
被誉为清朝民族英雄的福康安，于乾隆四十九年甘肃等地再次出现叛乱时，被任命为陕甘总督。
这年六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千叛军，攻破石峰堡，生擒张文庆等叛军头目，因此晋封为嘉勇侯。
鉴于当时甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少。福康安从朝廷的长治久安考虑，上奏乾隆皇帝，提出“教导回民”等善后事务，得到乾隆帝的赞许。清廷在此设立学校驯化民众，不仅巩固了统治，也对边远地区的文化教育业发展产生了积极影响。
乾隆五十年(1785年)七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到乾隆帝倚重，并被乾隆帝破格封为贝子，他是第一个宗室之外，活着被封为如此显爵的第一人。
在1840年鸦片战争中，坚决禁烟的两位民族英雄邓廷桢和林则徐，也曾短暂担任过陕甘总督。
道光二十五年（1845年），朝廷重新起用被发配到新疆的林则徐，九月，他奉召回京候补，十一月以三品顶戴署理陕甘总督。道光二十六年再授陕西巡抚。隔年又命为云贵总督。到任后，林则徐以维护云南边境安定得力，被加封太子太保，赏戴花翎。道光三十年，清廷为进剿太平军，再任命林则徐为钦差大臣，督理广西军务。此时，林则徐已经六十六岁，且重病在身，于赴任途中病逝。
因收复新疆而名垂史册的左宗棠，曾历任闽浙总督、陕甘总督、两江总督，官至东阁大学士、军机大臣，封二等恪靖侯。
同治五年（18686）年，因西北出现叛乱，左宗棠由闽浙总督改任陕甘总督。同治七年，他奉旨进军陕北的延安、绥德、榆林一带，连续征战数年。至1873年(同治十二年)，西宁回民军首领马桂源投降，被押往兰州处死。随后，肃州回民军首领马文禄等被迫投降，陕甘回变彻底告终。
光绪二年（1876年四月，左宗棠在肃州祭旗，挥师新疆，重拳击溃阿古柏叛军。仅一年多时间，就收复了除伊犁以外的新疆领土。朝廷嘉奖其功，诏封二等恪靖侯。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。
光绪七年（1881年），左宗棠应诏至朝廷任军机大臣兼在总理衙门行走，管理兵部事务。
在此期间，他积极参与练兵、治河、禁烟等事。但他与同僚不睦，自己也不习惯于任职中枢。光绪七年十月调任两江总督兼南洋通商大臣。
1882年(光绪八年)，沙俄正式交还伊犁，左宗棠第五次向清朝政府奏请在新疆建省，提出乘新疆收复伊始和西征大军未撤之威，不失时机地建省设县。这样顺应民心，有利于百废待举，恢复元气。
左宗棠恳切陈词，说服了慈禧太后，同意着手在新疆建省。经过筹划，光绪十年，新疆省正式建立。光绪十一年九月，左宗棠在福州病故，享年七十三岁。
清代最后两位任职陕甘总督的官员，一位叫升允，一位叫长庚。
在清朝即将覆灭之时，受制于当时落后的交通，多罗特·升允并没能在第一时间得知此消息，此时的他仍带领着四千清兵以勤王之名，在西安为宣统皇帝溥仪攻城夺隘。多罗特·升允在西北任职四十余年，毕竟对当地的地形熟悉，也善于排兵布阵。加之当时革命军内部有矛盾，备战不足，在升允所率清军进攻面前节节败退。
（图中前左为升允）
但就在升允以为能够就此平定陕西之时，突然得知宣统帝逊位的消息。而此时的革命军也得到了袁世凯的暗中支援，展开猛烈反攻，陕西再次被革命军占领。升允大骂袁世凯欺君犯上，陕西一战宣告失败。
最后一位陕甘总督，名为伊尔根觉罗·长庚，满洲正黄旗人。曾任伊犁副都统、驻藏大臣、成都将军、兵部尚书、伊犁将军。宣统元年，迁任陕甘总督。武昌起义爆发，西安等处也发生兵变，他的前任总督升允督军进剿时，皇帝逊位谕旨传来，长庚于是将陕甘总督印交给布政使赵惟熙，自己挂冠而去而去，四年后病死。
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