東晉政權的衰亡，在於荊揚之爭的失衡，東晉政權的經濟基礎在於浙東地區，浙東的會稽這個地方靠海傍湖，有良田數十萬頃，是維繫東晉政權和王謝為首的北方世家大族的經濟基礎。
但隨著東晉末年孫恩盧循領導的浙東農民起義，這裡的經濟秩序被破壞，政府派大軍進行鎮壓，除了大肆掠奪以外，還放手屠殺，把江浙地區搞得殘破不堪，三吳地區饑荒遍地，民不聊生，揚州的生產事業遭到了破壞。此消彼長下，荊州的地方番鎮勢力自然凌駕於揚州之上，東晉政權賴以生存的基礎徹底動搖了。
桓玄的野心：代晉自立的願望近在咫尺，桓玄已經不想在忍耐下去了。
荊州都督桓玄看準了時機，趁東晉政府財政糧食都非常困難的時候，封鎖了長江，不讓上游的物資向下遊運輸，造成下游的商旅斷絕遏制了東晉的經濟命脈。造成下游饑荒更加嚴重，部隊的食糧只能以穀皮、樹根等代替，在這種情況下，東晉政府迫不得已下令討伐桓玄。以司馬元顯為征討大都督，以北府兵將領劉牢之為前鋒，討伐桓玄。桓玄也上表陳述司馬道子、司馬元顯父子罪狀，舉荊州之兵東下。
元興初，元顯稱詔伐玄，玄從兄石生時為太傅長史，密書報玄。玄本謂揚土饑饉，孫恩未滅，必未遑討己，可得蓄力養眾，觀釁而動。……玄大悅，乃留其兄偉守江陵，抗表率眾，下至尋陽，移檄京邑，罪狀元顯。——《晉書·桓玄傳》
雙方征戰的關鍵時刻，公元402年3月，劉牢之為桓玄收買，北府兵不戰而降，桓玄因此取得了這場戰鬥決定性的勝利，隨後長驅直入殺入建安。司馬道子司馬元顯父子先後被殺，隨後還玄又逼晉安帝退位，並於公元403年12月，桓玄正式登基國號為楚。
頓僕道路，死者十八九。——《晉書·桓玄傳》
雖然從表面上看桓玄是改朝換代了，實際上還是危機四伏。東土諸郡還是有無數農民在飢寒交迫中死去，會稽地區的饑荒還十分嚴重，戶口減半，這樣嚴重問題，新王朝建立以後，不但沒有解決，相反危機更加加深。
三吳大飢，戶口減半，會稽減什三四，臨海、永嘉殆盡。——《資治通鑑》
這樣的局面下，桓玄沒有采取對應的措施去解決國家面臨的危局，而是把精力放在瞭如何清除異己，穩固自己的統治上來。
劉牢之的末日：沒有明確的政治追求，只會成為隨波逐流的可憐蟲。
荊州軍的成功，是由於北府兵將領的倒戈投降，以當時的實力而論，能與荊州兵抗衡的只有這支北府兵。因此，桓玄在代晉自立之後，北府兵就成了他的心腹之患，尤其是北府兵的高級將領們，其中劉牢之就是桓玄最擔心的人。劉牢之在王恭和司馬元顯對峙時，被司馬元顯收買，做了一次背叛者；在桓玄和司馬元顯對抗時，又選擇了背叛司馬元顯而投靠桓玄，背後的原因就是利益在驅使，這樣政治立場不堅定，又手握兵權的人，桓玄怎麼能不剷除呢？
玄克建鄴，以牢之為會稽內史。——《南史·宋本紀》
於是桓玄削去了劉牢之的兵權，讓他去會稽做官，劉牢之試圖反抗但是沒有成功，因為已經沒有人信任他了，那他還有什麼號召力呢？劉牢之為了保證自己最後的尊嚴，只好選擇自殺。
玄又害吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、謙之從兄高平相朗之、輔國將軍劉襲、襲弟彭城內史季武、冠軍將軍孫無終等，皆牢之之黨，北府舊將也。——《晉書·桓玄傳》
與此同時，桓玄又殺了一批北府兵的高級將領，其中就包括了吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、高平相竺朗之、輔國將軍劉襲、襲弟彭城內史劉季武、冠軍將軍孫無終等。但桓玄同時為了保證北府兵對自己效忠，所以又不得不提拔一些北府後起之秀的將領，來作為自己的爪牙，用來作為拱衛下游的力量，劉裕就是在這個背景下，被桓玄提拔起來的，但桓玄的這個做法等於為自己自掘墳墓，劉裕的崛起，是桓玄走向滅亡的開始。
劉裕的崛起：劉牢之等人的覆滅，恰恰是我崛起的機會，桓玄想利用我，殊不知他才是被利用之人。
劉裕，原籍徐州彭城。雖然說是士族，可是北來僑民的生活本來就不優裕，而他的父親又早亡，因此劉裕當過兵、種過地、捕過魚，屬於在社會底層摸爬滾打的人。加入北府軍後，他為北府將領冠軍將軍孫無終的府司馬，其後為前將軍劉牢之府參軍，跟隨劉牢之鎮壓浙東農民起義有功，累官至建武將軍、下邳太守。
今方是玄矯情任算之日，必將用我輩也。——《宋書·武帝紀》
劉裕這個人不僅有勇而且有謀，且極有恩政治遠見，不單純是個將軍那麼簡單。當桓玄對北府兵的高級將領展開清洗的時候，大多數北府兵的中下層將領人人自危，都在擔心桓玄的屠刀會很快落到自己頭上。只有劉裕並不擔心，他對大家說不要擔心，我們還不夠資格，桓溫只是忌憚高級將領的威脅，我們不僅沒有危險，對於我們這些人來講反而是個好機會。但憑劉裕這分見識，就已經比前輩劉牢之等人高明不知道多少倍了。
果不出劉裕所料，不久之後桓玄任命他的兄長桓脩為南徐、南兗兩州刺史鎮北府，桓脩以劉裕為參軍，把他當做北府中下級軍官中的培養對象。桓玄將要做皇帝，他讓自己的兄長了解一下北府將領，對於這一重大事件的看法。為此桓脩單獨找劉裕談話，劉裕知道這是在考驗自己，他對桓脩說：“楚王桓玄是玄武桓溫的兒子，功德蓋世，東晉皇室微弱，民望已失，天下有德者居之，有何不可？”劉裕這種“勸進”的表示，令劉裕獲得了桓玄對他的信任。但另一方面，劉裕暗地裡聯絡北府兵將領們，密謀推翻桓玄的統治。
於是劉裕、劉毅、何無忌等共謀興復。裕等斬桓修於京口，斬桓弘於廣陵，河內太守辛扈興、弘農太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁謀為內應。——《晉書·桓玄傳》
公元404年二月二十八日，劉裕與北府兵中下級軍官何無忌、魏詠之等百餘人，在京口起兵，斬桓脩。同日，北府兵中下級軍官劉毅、孟昶、劉道規等人也在北府兵的另外一個根據地廣陵起兵，斬桓玄所任命的青州刺史桓弘。兩股力量在京口會師，而後開始進攻健康。
玄愈忿懼，使桓謙、何澹之屯東陵，卞範之屯覆舟山西，眾合二萬，以距義軍。——《晉書·桓玄傳》
桓玄聽到北府兵兵變的消息後，由於沒有準備而十分恐慌，他派兵堵擊，又被北府兵擊敗，桓玄只好放棄健康，退往荊州軍的根據地江陵。撤退的時候，桓玄還帶上了退位的東晉皇帝司馬德宗。到了江陵後，桓玄有準備和劉裕決戰，結果在崢嶸洲一戰中，水軍主力兩萬都被劉毅統領的北府兵擊潰，桓玄退回到江陵，不久後被殺。桓玄的殘餘勢力在荊、湘一帶繼續騷擾，過了一年左右的時間才被徹底消滅。白痴皇帝司馬德宗也被迎回了健康，重新登上了皇帝寶座。
劉裕起兵成功後，以侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事、領南徐、南青二州刺史，鎮京口；隨後又解除南青州，加領南兗州刺史，於是北府重兵，都掌握在劉裕一個人的手裡。公元408年，劉裕又入揚州刺史錄尚書事，實際上掌握了東晉政權。
北伐的目的：收取人心、震懾對手、提升威望，為代晉自立做充分的準備。
這個時候，南燕慕容超趁東晉衰亂之際，派騎兵侵入東晉邊境，掠奪晉人充做奴僕，稱為“吳口”，又分送給後秦各國。公元409年二月，慕容超又派將軍公孫歸等率軍攻破了宿豫，擄東晉陽平太守劉千載、濟陰太守徐阮，同時大肆掠奪，讓東晉百姓飽受戰亂之苦。劉裕於是出兵討伐南燕，這麼做除了滿足江南人民抗敵的要求，以緩和國內的矛盾；另外一方面，劉裕也企圖用對外用兵的勝利，建立更高的威望，讓和他同時起兵的北府兵將領自己世家大族對自己俯首帖耳唯命是從，不敢與自己對抗。
又遣公孫歸等率騎三千入寇濟南，執太守趙元，略男女千餘人而去。劉裕率師將討之，超引見群臣於節陽殿，議距王師。——《晉書》
慕容超哪裡是劉裕的對手，不久就被劉裕的部隊包圍，他連忙向後秦求救。後秦姚興只派了個使者到劉裕處警告劉裕說：“你要是不退兵的話，我就派十萬騎兵進攻你！”劉裕的答覆很有個性，他說：“我滅了南燕，三年以後就會滅了後秦，你最好現在就來送死，我求之不得！”當然後秦並沒有出兵救援南燕，公元410年二月，劉裕攻下了廣固，生擒慕容超，滅南燕，收復了青、兗廣大地區。這個時候，劉裕建立的功業，已經超越了祖逖、桓溫，在東晉政權中，已經沒有任何人能夠和他抗衡了。
一個人的歷史，一家之言。
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