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南京是明朝的龍興之地，朱元璋於此起家、於此立國，並打算世代奉宗廟於此！
可是，後來接替皇位的皇孫朱允炆在鎮壓藩王朱棣的時候兵敗，使得皇位大權旁落於叔叔朱棣手中，為了安全起見，朱棣決定遷都自己原本的封地——北京。
南京經過長期的經營、修葺，已經成為城牆堅固、經濟富庶之地，遷都北京以後，朱棣並沒有完全放棄南京，而是把它作為陪都，地位僅次於北京，不僅有專人守衛祭祀開國皇帝朱元璋的陵墓，而還把非常重要的政治機構，如三省六部等設置於南京。
在古代的政治制度裡面，六部是非常高級的權利機關，包括：吏部、戶部、兵部、刑部、工部，替皇帝統轄全國所有事務，上面直接由丞相或者皇帝管轄，可以說哪裡設有六部，哪裡就是京城，因此明朝實行的是雙京制。
1421年，朱棣正式遷都北京，將南京改為留都，設南京六部等機構，行使雙京制，應天府（南京）和順天府（北京）合稱二京府。除了六部，在南京設立的主要國家機構還有督察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等，只看設置名稱，儼然一副正規的京都氣派，這些機構中派駐了大量官員，非常重要的一點就是這些官員的級別和待遇和北京方面完全相同，北京皇宮叫做順天府，南京皇宮叫做應天府，唯一的差別可能就是無法陪在皇帝身邊。
雖說二京在設置的機關名稱、官員的行政待遇等各方面毫無差別，可是，畢竟天子是身在北京的，於朱棣而言，真正的大權不可能交於千里之遙的南京而不攬在自己手裡。
所以南京方面的權利遠不及北京各機關的權利大，儘管如此，南京的權利還是超過除北京之外全國其他行政所在地的，它管轄著十五個府和三個直隸州，相當於一個小型朝廷。
終明一朝，南京一直是南方乃至全國的政治、經濟、文化中心。
可見，遷都後，朱棣不但保留了南京的皇宮，而且還活躍著大量的中央機關。基本上北京有的他都有。所以在明朝一直有著兩套行政班子，南京是作為候補的存在。
這也是為何當年北京城陷落，明朝滅亡後，南明小朝廷能夠那麼快的拉起來的原因。
他們相比於北京，其實就只是差了一個皇帝而已！
