林墩之戰後，戚家軍大部分士兵負傷和生病，返回浙江修整。
倭寇聞訊，彈冠相慶，叫囂道：戚老虎去，吾又何懼！再次大規模進犯，福建抗倭形勢再度嚴峻。
與此同時，朝廷出現人事鉅變。
內閣首輔嚴嵩倒臺，依附於嚴嵩的直浙總督胡宗憲被列入“嚴黨”名單，遭罷官。
趙炳然出任浙江巡撫後，得知戚繼光一直得到胡宗憲的鼎力支持，就把他視為胡宗憲心腹，不僅處處掣肘，而且還找藉口奪走他的兵權。
心灰意冷的戚繼光，打算辭職回老家，幸虧好友汪道昆寫信勸慰道： “ 臣子荷國厚恩，無 以有己。胡公往，即不得盡如夙所期，顧惡忍坐視閩赤子之荼毒？浙之行，義不可止也 ”， 戚繼光才打消這個念頭。
此時，倭寇在福建攻城略地，燒殺搶掠，活動十分猖獗。
福建巡撫遊震得多次請求趙炳然派戚家軍入閩支援，都被回絕。
不久，福建重鎮興化被倭寇攻破，倭寇為了洩憤，在興化屠城，數萬軍民慘遭殺害。
戚繼光年譜記載：“……殺孝廉數十、甲第十有七人，庠士三百五十有六，婦女義不辱而恩賊以死者不勝紀，民貲庫藏蒐括無遺四野一空，八閩俱震……”
敗訊上報到北京，一直在西苑修仙的嘉靖皇帝龍顏大怒，將福建巡撫遊震得撤職查辦，然後任命譚綸為福建巡撫，俞大猷為福建總兵，戚繼光為福建副總兵，詔令三人火速剿滅倭寇！
至此，戚繼光重新獲得戚家軍指揮權，再度回到抗倭前線。
俞大猷、戚繼光和譚綸，是明朝最出色的三位抗倭名將，他們三人聯手，福建倭寇的末日就要到了！
得知戚家軍重返福建後，倭寇放棄興化，退往海濱，企圖將所搶財物送回日本，遭到明軍水師攔截，未能得逞。
倭寇佔據平海衛，構築工事，憑險固守。
戚繼光率領戚家軍途徑浙江義烏時，“得壯士萬餘人 ”，大軍前往福建的路上，邊行軍邊進行訓練。
四月十九日，戚繼光、俞大猷、譚綸會師於興化東亭，明軍總兵力達三萬餘人。
二十日，譚論召集各路將領研究進攻方案，戚繼光提出分進合擊策略 ，以戚家軍主攻得到諸將認同。
福建巡撫譚綸根據平海衛三面環海，易守難攻的特點，在各海道上環立柵欄阻斷倭寇歸路，然後以戚繼光為先鋒，劉顯為左軍，由陸路進攻，俞大猷為右軍，率水師從海上進攻，譚綸自領中軍，隨後跟進。
明軍勢如破竹，一舉攻克平海衛，斬殺倭寇2200餘人， 解救被擄百3000餘人，繳獲戰利品無數 ，次日嚴密搜捕，又斬殺逃匿倭寇170餘人。
戰鬥中，戚家軍陣亡16人。
平海衛大捷後，戚家軍又先後殲滅了侵擾政和 、壽寧的倭寇，至此，嘉靖四十二年春季入侵福 的倭寇基本全被消滅。
捷報送到北京，嘉靖皇帝龍顏大悅，專程到太廟祭祀，告慰列祖列宗。
參考資料：《戚少保年譜耆編》、《戚繼光年譜》
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