從2020年2月1日起，相關部門對“海關繳款書”抵扣流程進行了調整。具體操作流程如下
海關進口增值稅專用繳款書如何網上進行抵扣？
第一步：海關繳款書數據採集
單抬頭海關繳款書(指： 海關繳款書上的“繳款單位(人)”欄次僅註明一個繳款單位信息)，自2020年2月1日起，納稅人可以直接在增值稅發票綜合服務平臺上查詢到海關繳款書電子信息， 不需要進行數據採集，直接進入第二步勾選確認或退稅勾選。
以下種類的海關繳款書需要進行數據採集：
1、雙抬頭海關繳款書( 海關繳款書上的“繳款單位(人)”欄次同時標明有兩個單位名稱，既有代理進口單位名稱，又有委託進口單位名稱)。
2、單抬頭海關繳款書，但未能在增值稅發票綜合服務平臺查詢到海關繳款書相關電子信息的。
3、單抬頭海關繳款書，但在增值稅發票綜合服務平臺查詢到的電子信息與實際情況不一致。
2020年2月1日之後，納稅人既可通過增值稅發票綜合服務平臺錄入海關繳款書信息，也可通過原有渠道錄入海關繳款書信息。
下面以增值稅發票綜合服務平臺為例，演示具體操作步驟：
(1)納稅人登錄增值稅發票綜合服務平臺後，進入“抵扣勾選”菜單下的“海關繳款書採集”模塊。
▲本模塊主要提供海關繳款書採集和稽核結果查詢功能，在此功能中分為上、下兩個區域，即查詢條件區域和查詢結果勾選操作區域。
(2)手工錄入海關繳款書信息，可選擇“手動錄入”或“批量導入”。
(3)點擊“手動錄入”按鈕，輸入“海關繳款書號碼、填發日期、稅款金額”後點擊“提交” 。
(4)顯示錄入成功後點擊“確認”，這表示海關繳款書數據採集成功。
當海關繳款書數量較多時，您可以選擇“批量導入”功能。點擊“批量導入”按鈕，點擊“模板下載”，下載批量文件模板，在Excel文件中輸入需要導入的海關繳款書信息後保存。點擊“瀏覽”按鈕選擇錄入好的清單文件，最後點擊“上傳”按鈕。
溫馨提醒：注意下圖中的備註事項，確保成功上傳文件。
【 海關繳款書的查詢 】
通過上面的數據採集步驟，如何查看採取數據是否成功。您可以在海關繳款書採集界面，根據需要輸入或選擇相關查詢條件，然後點擊“查詢”按鈕，可以查詢到符合查詢條件的海關繳款書。
★提示：若稽核結果比對為不符、缺聯、重號、滯留的異常海關繳款書，請根據《國家稅務總局關於增值稅發票管理等有關事項的公告》(國家稅務總局公告2019年第33號)第三條進行處理。
第二步：用途確認
1、(抵扣勾選或退稅勾選)抵扣勾選---用於申報抵扣進項稅額
納稅人登錄增值稅發票綜合服務平臺後，進入 “抵扣勾選”菜單下“發票抵扣勾選”模塊，並在發票類別中選擇“海關繳款書”，勾選狀態選擇“未勾選”，根據需要輸入或選擇相關查詢條件，然後點擊查詢，則在勾選操作區顯示符合查詢條件的繳款書。
選擇勾選的繳款書後，此時有效稅款金額變為可編輯狀態，系統默認的數值為發票稅額，納稅人可以修改並輸入實際發生的有效稅額，該張海關繳款書的剩餘稅額(稅額-有效稅額)則自動構成不抵扣，無需在“發票不抵扣勾選”界面勾選。
2、確認本次需要勾選的繳款書全部勾選完成後，點擊“提交”按鈕，彈出認證信息對話框如下：
3、最後點擊“提交”後，彈出“數據提交成功”對話框，完成海關繳款書抵扣勾選。
申報期內，對已勾選數據進行申請統計後，系統將自動鎖定當期抵扣勾選操作;如需繼續勾選發票，可在撤銷統計成功後繼續進行發票勾選或撤勾選操作;申報期內，申請統計完成後正式進行申報前，需在本平臺對抵扣統計表進行簽名確認操作。
2、退稅勾選---用於出口退稅
1、納稅人登錄增值稅發票綜合服務平臺後，點擊進入“退稅勾選”模塊中的“發票退稅勾選”模塊，發票類別選擇“海關繳款書”，勾選狀態選擇“未勾選”，點擊查詢，就可以顯示未勾選的海關繳款書信息。選擇勾選的海關繳款書信息，點擊“提交”。
2、確認本次需要退稅勾選的繳款書全部勾選完成後，點擊“提交”按鈕，彈出認證信息對話框
3、最後點擊“提交”，完成海關繳款書退稅勾選。
第三步：申報表填寫
用於申報抵扣進項稅額的海關繳款書，勾選確認簽名之後就可以填寫在《增值稅納稅申報表附列資料二》第5欄“其中：海關進口增值稅專用繳款書”用於出口退稅的海關繳款書，退稅勾選確認後，填寫在《增值稅納稅申報表附列資料二》第30欄“其中：海關進口增值稅專用繳款書”。
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