科研上出現分歧，在所難免，不過有個分歧動靜不小。
在中國是否建設大型強子對撞機的問題上，引發了兩個學術界的風雲人物爭論。
丘成桐是國際知名數學家，曾發佈的一篇文章《丘成桐：關於中國建設高能對撞機的幾點意見並回答媒體的問題》後，諾貝爾物理學獎獲得者楊振寧發表了一篇文章《中國今天不宜建造超大對撞機》進行了反駁。
作為著名高能物理學家，楊振寧的表態無疑是很有分量的，他反對當下修建大型強子對撞機，原因主要是：建造大對撞機美國有痛苦的經驗，花費很多後最終放棄了這個無底洞；中國仍然只是一個發展中國家，需要解決很多問題，當下科研經費有限；強子對撞機修建的價值並不明顯，其驗證的“超對稱粒子”可能僅僅是個“猜想加猜想”；鑑於中國在高能物理學的綜合現狀，即便有成果也可能與中國沒有關係，為他人做嫁衣。
而丘成桐支持，認為強子對撞機會使得中國成為粒子物理學的新中心，項目建成後，至少會有五六千名各國一流科學家為做實驗舉家遷往中國，且長期居住。這對中國的科技水平有極大的促進作用。除此之外，強子對撞機有利於增強民族自豪感，也是中國的民族尊嚴得到體現的表現。他還認為：今日的中國，已非吳下阿蒙，難道不需要為這個人類最崇高的理想做點貢獻？難道我們只是在遊戲機，在房地產，在互聯網上賺點好處，就心滿意足？在我記憶所及，中外古今都還沒有過這樣的大國！
且不論，中國的房地產、互聯網和遊戲這樣言論的對錯，也不是討論的重點。就是否當下需要建設大型強子對撞機而言，無疑中國應該權衡自己國力進行，而非跨越式的突擊，否則反而會後繼乏力。更何況歷史無數次證明，只有自強不息才是國家的根本保證，當前，中國高能物理方面的人才缺乏，依靠高投入獲得世界之最的硬件吸引國外科學家，顯然不是明智之舉。
反觀世界上最大的大型強子對撞機（LHC），其位於日內瓦附近的侏羅山地下，是一個國際合作的計劃，由34個國家超過兩千位物理學家所屬的大學與實驗室所共同出資合作興建的，可見其投入並不簡單。
至於對於大型強子對撞機的建造，中國不排斥科學，也不畏懼未來，但是至少在建造這樣龐然大物上時機或許還不夠成熟，畢竟中國還是發展中國家，決然不能因成就而自滿。
況且科研中硬件固然很重要，但是人才應該才是這些要素的核心。
過渡強調硬件，忽略了該領域的人才缺乏，即便是有了硬件，也很難有中國人自己的成果。在強調硬件的時候，不如靜心提升人才的數量和質量，相信時機成熟，中國若是真的需要這樣的大型強子對撞機，建造起來也並非難事。
另外，中國人也從不缺乏自豪感，也從不自卑，因為身為中國人本身就很自豪。
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