抗菌藥物替代的途徑和方式較多。比如，如何通過減少豬腹瀉來降低抗菌藥物的使用。一方面要重點改善養殖環境，另一方面創新飼料加工工藝。通過飼料膨化，將澱粉等營養物質降解以後再餵豬，有助於消化，減少腹瀉。
還有一種途徑是發酵，發酵飼料裡面本身就有益生菌，還有乳酸菌、芽孢桿菌、酵母菌等。
添加以後可以消除抗營養因子，或產生次生代謝物，也是一種功能性的物質，能在豬腸道內產生非反式脂肪酸，從而起到抑菌的作用。
以飼料添加劑添加來減少抗生素使用的途徑也非常多。酶製劑、酸化劑和中草藥提取物均是有效方式。
用益生菌替代抗生素的方式也較常見，豬場、飼料廠、藥廠可以根據自己的條件來選擇抗生素的替代品。
比如，由光合菌、酵母菌、乳酸菌、放線菌和芽孢桿菌等5類菌類組成的益生菌，添加以後，對植物性原料豆粕裡面的抗營養因子有降解作用，還會產生一些次生代謝物，對動物的生長有好處：
① 對豬肉品質的影響。從試驗組和對照組的數據可以看出，餵了上述5類益生菌以後，無論是豬肉的色彩、黏度、彈性、氣味以及煮出來的肉湯，都明顯好於對照組。
它的作用機理：5類益生菌添加以後可以產生非反式脂肪酸，產生乳酸，這些對肉質都有明顯的直接作用。
② 對腹瀉的影響。這五種混合的益生菌添加以後，顯著降低豬的腹瀉率。而且，加了益生菌以後，料肉比降低。
還有一些功能性飼料添加劑，如牛磺酸。牛磺酸具有調節免疫系統，穩定細胞膜和抗氧化等功能。在畜禽養殖中，牛磺酸具有改善生長、繁殖性能，改善免疫力等作用。
過去由於牛磺酸合成成本較高，畜牧生產中的應用受到限制。現在隨著合成技術的進步，成本降低了很多。每噸飼料裡面，添加300—600克牛磺酸，成本只需20塊錢。因此，它在替代抗生素方面具有較好的應用前景。
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