背景
淞滬會戰失利
1937年七七事變後，日本展開對中國全面大 規模侵略。同年年8月13日~11月12日日本侵略軍在上海及周邊地區展開淞滬會戰。戰役初期，日軍於上海久攻不下，但日軍進行戰役側翼機動，11月5日在杭州灣的全公亭、金山衛間登陸，中國軍隊陷入嚴峻形勢，戰局急轉直下。
1937年11月8日蔣中正下令全線撤退，四天後上海失守，淞滬會戰結束。上海被日本佔領後，日軍趁勢分三路急向南京進犯。中國方面就此開始準備在上海以西僅300餘公里的首都南京的保衛作戰，由於下達撤退命令過於倉促，後方國防工事交接發生失誤，隨著日軍轟炸機的大範圍轟炸，撤退演變為大潰敗，使北路日軍主力一路順利到達南京。中華民國首都南京處於日軍的直接威脅之下。由於從上海的撤退組織的極其混亂，中國軍隊在上海至南京沿途未能組織起有效抵抗。
• 南京保衛戰
中國統帥部此時深感事態嚴重，在17日和18日三次開會討論南京防禦的問題。會議上多數將領認為部隊亟需休整，而南京在軍事上無法防禦，建議僅僅作象徵性的抵抗，只有唐生智以南京是國家首都、孫中山陵寢所在，以及國際觀瞻和掩護部隊後撤等理由，主張固守南京。蔣介石期望保衛首都的作戰對納粹德國的外交調停有利，並且以為能夠等到蘇聯的軍事介入採納了唐生智的建議，決定“短期固守”南京1至2個月，於11月26日任命唐（階級上將）為南京衛戍軍司令長官，負責南京保衛戰。副司令長則為羅卓英及劉興。
根據堅守南京的決策，中國統帥部在12月初日軍接近南京城之前共調集了約13個師又15個團共10萬餘人（一說約15萬人）的部隊保衛南京。這些部隊中有很多單位剛剛經歷了在上海的苦戰和之後的大潰退，人員嚴重缺編且士氣相當低落，而新補充的數萬士兵大多沒有完成訓練。唐生智多次公開表示誓與南京城共存亡，對蔣介石則承諾沒有命令決不撤退。為了防止部隊私自過江撤退，唐生智採取了背水死戰的態度。他下令各部隊把控制的船隻交給司令部，又將下關至浦口的兩艘渡輪撤往武漢，還命令第36師封鎖從南京城退往下關碼頭的唯一通道挹江門，這一“破釜沉舟”的命令給後來的悲劇性撤退埋下了隱患。
南京保衛戰示意圖
1937年11月20日，中國國民黨政府發表《國民政 府移駐重慶宣言》，政府機關、學校紛紛遷往內地，很多市民也逃離了南京。在6月有101.5萬城鄉居民的南京市，到了12月初的常住人口據估計還有46.8萬至56.8萬人，這還不包括軍人和從前方逃亡到南京的難民。 22日，本著人道主義精神留在南京的二十多位西方僑民成立了南京安全區國際委員會，他們提出在南京城的西北部設立一個給平民躲避炮火的安全區。29日，南京市市長宣佈承認安全區國際委員會，併為安全區提供糧食、資金和警察。唐生智還承諾將部隊撤出安全區。1937年12月5日，國際委員會收到日本政府模稜兩可的回覆，隨即開始了安全區的工作。
1937年12月1日，日軍攻佔江陰要塞，同日，日軍下達進攻南京的作戰命令，南京保衛戰開始。
1937年12月2日，江陰防線失守中國海軍主力第一艦隊和第二艦隊在中日江陰海戰中被全數擊沉，作為南京國民政府唯一一道拱衛京畿的水上屏障失守。
1937年12月10日日軍發起總攻，12月12日唐生智下達突圍、撤退命令，中國軍隊的抵抗就此瓦解。
• 日軍進攻南京
日軍羽田部隊在黃浦江口殘殺中國軍俘虜
日本原本打算在上海附近消滅中國軍隊的主力，從而迫使中國國民黨政府 屈服。然而，日本上海派遣軍在淞滬戰場苦戰三個月，受到了慘重的損失，日本決策層在是否直接進攻南京的問題上產生了分歧。因為顧慮蘇聯在北方的軍事威脅，日軍參謀本部次長多田駿等人主張“不擴大”戰事。因此，11月7日東京將上海派遣軍與第10軍臨時編組為華中方面軍的時候，將方面軍的作戰區域限制在蘇州、嘉興一線（即“制令線”）以東。而日軍戰地指揮官卻強烈要求進攻南京：15日，柳川平助的第10軍無視參謀本部的命令，決定趁中國軍隊潰退“獨斷敢行”地“全力向南京追擊”；22日，方面軍司令官松井石根鼓動參謀本部放棄“不擴大”方針，稱“為了使事變迅速解決，乘現在敵人的劣勢，必須攻佔南京”。11月下旬，日軍上海派遣軍和第10軍全面越過“制令線”，分別沿著太湖的南、北兩側開始向常州、湖州進攻。鑑於前線進展迅速的既成事實，24日東京大本營廢除了“制令線”，並在12月1日下達了攻佔南京的正式命令。
進攻南京的作戰開始後不久，瘋狂前進的作戰部隊就把輜重部隊拋在身後，由於日軍原本沒有深入內陸作戰的後勤準備，部隊立即面臨著糧食供給中斷的嚴重問題，日本軍司令部於是下達了實際是要部隊搶劫的“就地徵收”命令。日軍在搶劫中通常伴隨著姦淫婦女的暴行，為了掩蓋自己搶劫和強姦的罪惡，日軍除了殺死受害人，經常放火燒燬整個村莊。
• 南京淪陷
日軍攻入南京城
1937年12月8日，日軍全面佔領了南京外圍一線防禦陣地，開始向外廓陣地進攻 。11日晚，蔣介石通過顧祝同電告唐生智“如情勢不能久持時，可相機撤退，圖整理而期反攻”。12日，日軍第6師團一部突入中華門但未能深入，其餘城垣陣地還在中國軍隊手中。負責防守中華門的第88師師長孫元良擅自帶部分部隊向下關逃跑，雖被第36師師長宋希濂勸阻返回，但已經造成城內混亂。下午，唐生智倉促召集師以上將領佈置撤退。按照撤退部署，除第36師掩護司令部和直屬部隊從下關渡江以外，其他部隊都要從正面突圍，但唐生智擔心屬於中央軍嫡系在突圍中損失太大，又口頭命令第87師、第88師、第74軍和教導總隊“如不能全部突圍，有輪渡時可過江”，這個前後矛盾的命令使中國軍隊的撤退更加混亂。會議結束後，只有屬於粵系的第66軍和第83軍在軍長葉肇和鄧龍光帶領下向正面突圍，在付出巨大代價後成功突破日軍包圍，第159師代師長羅策群戰死。其他部隊長官大多數沒有向下完整地傳達撤退部署，就各自拋下部隊前往江邊乘事先控制的船隻逃離。這些部隊聽說長官退往下關，以為江邊已經做好了撤退準備，於是放棄陣地湧向下關一帶。負責封鎖挹江門的第36師沒有接到允許部隊撤退的命令，和從城內退往下關的部隊發生衝突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智與司令部成員乘坐事先保留的小火輪從下關煤炭港逃到江北，此後第74軍一部約5000人以及第36師也從煤炭港乘船過江，第88師一部和第156師在下關乘自己控制的木船過江。逃到下關的中國守軍已經失去建制，成為混亂的散兵，其中有些人自己扎筏過江，很多人淹死、或是被趕到的日軍射殺在江中。大部分未能過江或者突圍的中國士兵流散在南京街頭，不少人放棄武器，換上便裝躲入南京安全區。13日晨，日軍攻入南京城，開始了長達四十多天的南京大屠殺。
經過
轟炸
日軍早在攻入南京之前就開始對南京周邊地區的狂轟濫炸。1937年11月，日本陸軍航空本部通過了《航空部隊使用法》，其中第103條規定：“戰略攻擊的實施，屬於破壞要地內包括政治、經濟、產業等中樞機關，並且重要的是直接空襲市民，給國民造成極大恐怖，挫敗其意志。”這是人類戰爭史上第一次明文規定可以在戰爭中直接以平民和居民街道為目標實施空襲，突破了戰爭倫理的底線。
1937年9月19日，日軍第三艦隊司令官長谷川清下令對南京等實行“無差別級”轟炸。一部分歷史學家認為，這是更廣義的南京大屠殺的起始日期。這一天，日本第三艦隊司令長官長谷川清下令所屬第2聯合航空隊（1937年9月10日剛剛從大連轉場到新落成的上海公大機場）對南京市區進行“無差別級”轟炸。上午8時15分，警報聲大作，江陰要塞瞭望臺報告：大批敵機正自下游向江陰飛來！海軍各艦炮手均各就各位。幾分鐘後，只見一個由33架敵機組成的龐大機群在3000米高度向西南飛去。
這天正是著名的“9·19空戰”日，敵機被我空軍第四大隊擊落4架，擊傷1架。中國空軍後來的傳奇人物劉粹剛自此一戰成名。 9時20分左右，警報聲又起，海軍見1小時前西飛的敵機群正雜亂無章錯落地返航，料定必是被我空軍擊敗，便以排炮“歡送”。敵機驚魂未定，無心戀戰，未發一槍，未擲一彈，均高速向東逃竄。下午2時30分，又傳來警報聲，見敵機28架，又在南京被中國空軍擊潰。這次，該機群未敢沿江飛行，繞開中國高射炮火有效射程返航。
屠殺
• 大規模集體屠殺
南京大屠殺主要場所圖
進城兵力約50000人，執行軍紀維持的憲兵卻僅有17人的日軍除了個別地或小規模地對南京居民隨時隨地任意殺戮之外，還對中國人，特別是解除了武裝的軍警人員進行若干次大規模的“集體屠殺”。大規模屠殺方法有機槍射殺、集體活埋等，手段極其殘忍。
12月15日（日軍佔領第3天）：已放下武器的中國軍警人員3000餘人被集體解赴漢中門外用機槍密集掃射，多人當場遇難。負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。夜，解往魚雷營的中國平民及已解除武裝的中國軍人9000餘人被日軍屠殺。又在寶塔橋一帶屠殺3萬餘人。在中山北路防空壕附近槍殺200人。
12月16日（日軍佔領第4天）：位於南京安全區內的華僑招待所中躲避的中國男女難民5000餘人被日軍集體押往中山碼頭，雙手反綁，排列成行。日軍用機槍射殺後，棄屍於長江以毀屍滅跡。5000多人中僅白增榮、梁廷芳二人於中彈負傷後泅至對岸，得免於死。日軍在四條巷屠殺400餘人，在陰陽營屠殺100多人。
12月17日（日軍佔領第5天）：中國平民3000餘人被日軍押至煤炭港下游江邊集體射殺。在放生寺、慈幼院避難的400餘中國難民被集體射殺。
南京大屠殺
12月18日（日軍佔領的第6天）夜，下關草 鞋峽。日軍將從南京城內逃出被拘囚於幕府山的中國難民男女老幼共57418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到下關草鞋峽，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮。事後將所有屍骸澆以煤油焚化，以毀屍滅跡。此次屠殺僅有伍長德一人被焚未死，得以逃生。大方巷難民區內日軍射殺4000餘人。
• 殺人競賽
南京大屠殺“百人斬”鐵證
1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在《每日新聞》）報道兩名日本軍官的“殺人競賽”。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，彼此相約“殺人競賽”，商定在佔領南京時，誰先殺滿100人為勝者。他們從句容殺到湯山，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，“競賽”繼續進行。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為“皇軍的英雄”。日本投降後，這兩個戰犯終以在作戰期間，共同連續屠殺俘虜及非戰中人員“實為人類蟊賊，文明公敵”的罪名在南京執行槍決。
據1946年2月中國南京軍事法庭查證：日軍集體大屠殺28案，19萬人，零散屠殺858案，15萬人。日軍在南京進行了長達6個星期的大屠殺，中國軍民被槍殺和活埋者達30多萬人。
強姦
南京大屠殺歷史照片
日軍侵佔南京期間強姦了成千上萬的婦女，他們不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴。有些婦女被日軍強姦了好幾次，往往有婦女受不住日軍的折磨而死。除此之外，日軍還強迫亂倫行為。估計當時發生的強暴案可能超過20000宗。
文化掠奪
中華民族在經歷這場血淚劫難的同時，中國文化珍品也遭到了大掠奪。據查，日本侵略者佔領南京以後，派出特工人員330人、士兵367人、苦工830人，從1938年3月起，花費一個月的時間，每天搬走圖書文獻十幾卡車，共搶去圖書文獻88萬冊，超過當時日本最大的圖書館東京上野帝國圖書館85萬冊的藏書量。
搶劫縱火
搶劫和縱火造成嚴重財產損失。南京國際救濟委員會的報告稱：“南京31%的建築被燒燬；店鋪被毀比例更高；日軍損毀及搶劫造成高達1億法幣的直接損失；南京周邊公路沿線的農村地區被洗劫幾盡，並陷入缺少種子、牲畜、勞力和工具的困境中，播種的糧食作物僅為平常年份的10%。
對於日軍在全城縱火造成的嚴重後果，據國際委員會委員斯邁思所作調查統計：全市房屋，有24%毀於縱火焚燒；城外有62%的房屋被燒燬，通濟門外被燒房屋高達78%；在江寧、句容、溧水、江浦和六合（半縣）四個半縣中，共有30.08萬間房屋被毀，佔這些地區房屋總數的40%，其中多數是被燒燬的。
1946年2月，南京調查敵人罪行委員會共獲得500餘份資料，其內容涉及日軍在南京的屠殺、傷害、姦淫、劫奪、破壞、強制服役等及中島、長谷川等29支日軍部隊罪行總數達295882種。
南京大屠殺案敵人罪行調查委員會從1946年6月起 ，至9月底全部完成，計有確實人證案件2784件，根據調查結果製成被害人傷亡統計表、侵華日軍罪行各類統計表、可出庭作證被害人住址姓名錶，撰寫了南京大屠殺慘案述要，分別供遠東法庭和南京國防部軍事法庭，作為審訊日本戰犯之證據。從調查罪行種類來看，其中槍殺1159件，用刺刀刺殺667件，集體屠殺315件，拉夫285件，燒殺136件，打死69件，先刑後殺33件，先奸後殺19件，炸死19件，強姦16件等。從受害者性別來看， 男性死傷及生死不明者計2292件，女性死傷及生死不明者計478件，性別不明者計14件。在個案調查方面，該委員會提供了較為典型的10名受害者的案例，除莊少德案同南京大屠殺沒有關聯外，其他9人如柏鴻恩、李秀英、殷有餘等均為大屠殺受害者。
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