在洪武一朝，以官員批評皇帝為核心的君臣衝突不若後世顯見，然亦不是全無跡象。如太祖因孟子有民貴君輕之論，欲罷黜孟子配享孔廟，刑部尚書錢唐犯顏力諫，雲：“
臣為孟軻死，死有餘榮”。太祖雖然大怒，還是因為錢唐的抗爭而下詔恢復了孟子配享地位。再如御史王樸有諫於太祖，太祖命將其戮死，後又召還，冀王樸改悔，王樸雲：“陛下不以臣為不肖，擢官御史，奈何摧辱至此？使臣無罪，安得戮之？有罪，又安用生之？臣今日願速死耳”。太祖大怒，促行刑，王樸路過史館時大呼：“學士劉三吾志之：某年月日，皇帝殺無罪御史樸也”！洪武十三年，太祖殺丞相胡惟庸，並嚴令：“以後子孫做皇帝時，並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣劾奏，將犯人凌遲，全家處死”。宰相制度被廢除後，在朝之臣無首領之官，太祖又屢興大獄，導致滿朝文武人人自危，噤不敢言，總體來看，少見臣對皇帝的政治批評，太祖憑藉開國之君的威望，強勢主導了君臣關係的展開。
建文帝祚短暫，相關史事又因後來成祖刻意掩飾，四年間君臣關係如何已難見全貌。根據《明史》記載，御史尹昌隆曾有諫曰：“高皇帝雞鳴而起，昧爽而朝，未日出而臨百官，故能庶績鹹熙，天下乂安。陛下嗣守大業，宜追繩祖武，兢兢業業，憂勤萬幾。今乃即於晏安，日上數刻，猶未臨朝。群臣宿衛，疲於伺候，曠職廢業，上下懈弛。播之天下，傳之四裔，非社稷福”。建文帝答曰：“昌隆言切直，禮部其宣示天下，使知朕過”。由這段史料可見，建文帝對臣下的政治批評尚能虛心接受。 成祖入京後，以十族之誅對待方孝孺，以瓜蔓抄的方式對待忠於建文之臣，這給士大夫群體造成了相當大的心靈創傷。在永樂一朝，成祖刻意導大臣以從君為要，以至於大臣多見“侍從”之氣。侍讀解縉、中書舍人黃淮、編修楊士奇、侍講胡廣、修撰楊榮、給事中金幼孜、檢討胡縉七人號稱永樂近臣，然數年間，解縉因直諫而身死，黃淮陷於囹圄十年，胡縉以“直戇”被遷為祭酒，疏離於權力中樞之外。
仁宗在位時短，國子監祭酒李時勉當面批評仁宗耽於聲色，“
仁宗怒甚，召至便殿，對不屈，命武士撲以金瓜，肋折者三，曳出幾死”。宣宗在位期間較為親近儒臣，提高閣臣位勢，但一再強調楊士奇等人不得直接介入行政事務，“卿等祗事祖宗多歷年，所忠謨讜議，積效勤誠。朕嗣統以來，尤資贊輔，夙夜在唸，圖善始終。蓋以卿春秋高，尚興繁劇，優老待賢，禮非攸當。況師保之重，寅亮為職，不煩庶政，乃副倚毗。可輟所務，朝夕在朕左右，相與討論至理，共寧邦家，職名、俸祿悉如舊”。 英宗沖年繼位，當時三楊主政，正統前期的君臣衝突不顯。此後，英宗漸長，寵信宦官王振，朝廷政事“可否時出於內批，公孤不得而與”。正統八年七月，“國子監祭酒李時勉坐伐文廟樹，枷於監門。監生李貴等千餘人詣闕請，時勉衰老，且言其教諸生有方，乞貸之，俾終其教。有石大用者，復請代枷。上乃釋之。初，中官王振詣監，時勉不為之屈，振故因而罪之”。土木之變後，在英宗被俘的情況下，郕王主政，在朝之臣擊殺王振隨從，“王懼欲起，（於）謙排眾直前掖王止”，衝突意味明顯。郕王繼皇帝位後，大抵延續英宗之政。天順時，英宗複用宦官曹吉祥、近臣門達任事，臣數有勸諫，英宗多不聽。
明興至天順，已近百年，此一階段內，雖然不見大規模的君臣衝突，臣對皇帝的政治批評不若後世顯見，但是仍然可以看到錢唐、李時勉等人的強諫之舉，此類事件發生於明代前期，皆於砥礪後來士氣有益。從政治風氣流轉的角度看去，洪武時的幾場大獄以及成祖殺忠於建文帝之臣，意皆不在於遏制建言，諸帝還是大致遵循了不殺諫臣的原則。
此後，仁宗、宣宗較為親近儒臣，士氣在洪熙、宣德兩朝得以涵養，三楊等閣臣之“臣”勢，已與前朝皇帝“侍從”之官有顯著不同。土木之變發生於正統末年，其影響不限於軍事層面，而實為明代政治文化一大轉折之機。在洪武、永樂時，皇帝挾威權治國，後人讀史，亦常常感慨當時“有君無臣”的政治局面。迨到土木之變發生時，群臣在尚未奉詔的情況下，當朝擊殺王振隨從，隨後，于謙等人又力主郕王代英宗繼皇帝位，由此，明初太祖、成祖在位期間導臣以從君為是的君為臣綱觀隨之弱化，在這個過程中，臣勢大張。
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