朱元璋在政治、經濟、文化等領域如此大刀闊斧地改革，不惜用大規模屠殺的清洗手段來控制政權，目的就是保證朱家王朝可以傳世萬代不衰。他於洪武三年（公元1370年）、十一年、二十年先後三次把自己二十幾個兒子封為親王，並陸續派到全國各地。
對於這種情況，早在洪武九年，平遙縣訓導葉伯巨就上疏給朱元璋，指出“分封太侈”，擔心未來親王會給皇帝造成威脅。朱元璋認為葉伯巨是在“離間骨肉”，要將他親手射殺。雖然葉伯巨僥倖沒被射殺，但還是被關入監獄而死。
不管怎樣，朱元璋實際認識到了天下能在馬上得之，卻不能在馬上治之的道理，所以開國的重典馭下應轉變為文治守成，才能保證國家的長治久安，否則就和殘暴的元朝沒什麼分別了。在朱元璋的兒子當中，他最喜歡的是長子朱標，因他好讀書，秉性仁厚，在朱元璋眼中他更加適合當一個盛世君主。但事與願違，太子朱標因病早死，朱元璋只好退而求其次，選擇了朱標的兒子朱允墳為太孫，以便繼承大業，而沒有選擇和自己性格類似的燕王朱棣。
洪武三十一年（公元1398年），朱元璋病逝，太孫朱允墳即位，大赦天下，葬朱元璋於南京鐘山孝陵，諡為“高皇帝”，廟號“太祖”，改次年為“建文”元年。
建文帝和他父親的性格很像，年紀輕輕，讀了許多古書，但對國事卻茫然無知，一味地聽從自己的老師太常寺卿黃子澄。
黃子澄不壞，但是一個迂腐之人。漢朝時有過親王反叛的“七國之亂”，黃子澄認為明朝如此大肆分封，親王叛亂是遲早的事情，不如先下手為強，先行削藩。
從即位到建文元年六月，建文帝削除了周、湘、齊、代、岷五王的爵位，廢為庶民，其中湘王還畏罪自殺而死，剩下的都被囚禁在各地。燕王朱棣在五王獲罪後，一方面裝瘋賣傻以求可以減少朝廷的盯防，另一方面卻暗中訓練士兵。朝廷派張（bing）、謝貴去北平監視燕王，還向燕王索要一干官吏治罪，想進一步削弱燕王的力量。燕王一看自己的太平親王是做不成了，於是騙張、謝貴入賀自己病癒，在酒席上殺掉二人，佔領了北平全城，出兵攻下薊州、居庸關等地。隨後以殺黃子澄、齊泰，“清君側”為名統軍，稱為“靖難軍”（靖難，平定叛亂之意）。廢建文年號，仍稱洪武三十二年，由此拉開了“靖難之役”的序幕。
建文帝聽得消息，任命耿炳文為“徵虜大將軍”率軍北上伐燕，與燕軍在溥（ha）淪河北岸大戰，不敵戰敗，退守真定城，燕王攻三日不下，於是撤走。黃子澄慌張不已，趕緊叫建文帝換帥，於是改派李文忠之子李景隆替代耿炳文。
耿炳文雖然已經年老，但身歷數十戰，經驗豐富，而李景隆雖是將門後代，卻是一個紈絝子弟，打仗還比不上耿炳文，而且非要徵調五十萬大軍才開始進攻北平，導致戰機貽誤。朱棣根據李景隆不善用兵的情況，置其於不顧，故意離開北平援救永平，又智取寧王朱權的護衛和兀良哈的朵顏三衛騎兵，而後繞回北平與城內守軍內外夾擊李景隆軍，李景隆大敗，真定城也丟了，只好退守德州。這時燕王請和，建文帝表面上罷免了黃子澄和齊泰。
建文二年四月，李景隆又率軍與朱棣大戰於白溝河，又大敗，死傷十幾萬，損失一百多萬石糧草，丟了德州，再退濟南。燕軍乘勝圍攻，幸好山東參政鐵銘與守將盛庸堅守，守城三個月，並且還出城反擊，大敗燕軍。建文帝聽說勝利大為高興，升鐵銘為山東布政使、參贊軍務，不久又升為兵部尚書。拜盛庸為“平燕將軍”，全權指揮對付燕軍。
十二月盛庸大勝燕軍於東昌，斬朱棣第一勇將張玉。建文三年三月，盛庸大敗燕軍於保定夾河。朱棣親自斷後，當時只有十幾騎相隨，但盛庸不敢殺他，因為建文帝有旨，不能“使朕負殺叔父之名”，於是眼睜睜看著朱棣逃走了。一個是如此婦人之仁的皇帝，一個是把一句話當了真的臣子，想不敗都難。
燕王朱棣只剩永平、保定、北平三城，軍事日益困頓，深感勝利渺茫，本無意進軍南京，奪什麼皇位，只想割據北方，先穩住陣腳再說。如此關鍵時刻，偏偏出來了一個宦官，他被建文帝治罪，於是逃往北平密報南京守備空虛，勸朱棣抓緊機會直搗黃龍。朱棣於是決定不與盛庸糾纏，直接攻打南京。
建文三年十二月，朱棣大舉揮師南下，奔襲千里，直取徐州。次年五月，強渡淮河，擊敗盛庸守軍，攻下揚州、高郵、通州等江北重鎮。建文帝不得已議和，但被拒絕。六月一日，盛庸與燕軍戰於蒲子口，又敗，改守長江。燕軍自瓜州渡江，此時江南守軍已無力再戰，戰線很快崩潰，李景隆開門迎降，朱允墳看事已至此，放火燒了皇宮，留下一幫臣子遭了殃，自己卻不知所終。
建文帝去向之謎
建文帝一把火焚燒了皇宮，但是朱糠隨後派人搜其屍體，卻怎麼也沒找到。民間堅信建文帝並沒有死。據說，建文帝在危急時打開祖父朱元璋留下的秘密鐵匣，裡面有一把剃刀、一份度煤（和尚證明文件）、一件袈裟（和尚衣服）和碎銀幣若干（逃亡時零用），從皇宮水門逃出，剃髮為僧，浪跡江湖30餘年，再也沒有下落。另有人說建文帝逃到東南亞。據野史記載，鄭和下西洋的任務之一便是尋找建文帝。總之，建文帝的生死及去向，成了明朝第一大疑案。
為何“七國之亂”被成功鎮壓，朱允卻“削藩”失敗？
第一，在時代背景上，“七王之亂”之時正是漢代“文景之治”的盛世，並且有周亞夫這樣的傑出將領。朱允墳“削藩”卻是開國之初，藩王權力比漢代時候還大，不會乖乖就範。
第二，雖然漢景帝和建文帝都想做守成之君，但前者心思縝密、殺伐決斷，後者卻柔弱遷腐、束手束腳，不敢果斷殺伐燕王。
第三，對比綜合實力，雖然漢吳王劉漯實力比明燕王朱棣強，但劉濞的才能卻在朱棣之下，導致用兵的策略大不相同。劉濞就沒有魄力直取國都長安，所以力量被中央慢慢耗盡。朱棣明顯果斷了許多，心狠手辣處也像一個帝王的行事作風。如此一看，建文帝失敗就不奇怪了。
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