司馬遷所撰的《史記》本來有《三皇本紀》一篇，但《三皇本紀》很早已亡佚，在《漢書》已不見其目。唐代的司馬貞為了補上這闕漏，收集了當時所見的相關文獻，作了這篇《三皇本紀》。這篇《三皇本紀》雖然是補《史記》之闕，但也摻雜了不少神話，故不被奉為正史。
〈小司馬氏雲：太史公作史記，下迄當代，以為一家之首尾。今闕三皇，而以五帝為首者，正以有五帝德篇。又帝世皆敘自黃帝已下，故因以五帝本紀為首。其實三皇已還，載籍罕備。然君臣之始，教化之先，旣論古史，不合全闕。近代皇甫謐作帝王代紀，徐整作三五曆，皆論三皇已來事。斯亦近古之一證，今並採而集之作三皇本紀。雖復淺近，聊補闕雲。〉
太皞
伏羲
太皞，庖犧氏，風姓，代燧人氏，繼天而王。母曰華胥，履大人跡於雷澤，而生庖犧於成紀。虵身人首，有聖德。〈按伏犧風姓，出《國語》。其華胥已下，出《帝王世紀》。然雷澤，澤名，即舜所漁之地，在濟陰。成紀亦地名，按天水有成紀縣。〉仰則觀象於天，俯則觀法於地，旁觀鳥獸之文與地之宜。近取諸身，遠取諸物，始畫八卦，以通神明之德，以類萬物之情。造書契，以代結繩之政。於是始制嫁娶，以儷皮為禮。〈按譙周古史考，伏犧制嫁娶，以儷皮為禮也。〉結網罟，以教佃漁，故曰宓羲氏。〈按事出《漢書·歷志》。宓，音伏。〉養犧牲以庖犧，故曰庖犧。〈【考證】《索隱》單本，以下無庖廚故曰四字。〉有龍瑞，以龍紀官，號曰龍師。作二十五絃之瑟。木德王，注春令。故《易》稱帝出於震，《月令》孟春：「其帝太皞」是也。〈按位在東方，象日之明，故稱太皡。皡，明也。〉都於陳，東封太山。立一百一十一年崩。〈按皇甫謐，伏犧葬南郡，或曰冢在山陽高平之西也。〉其後裔當春秋時有任、宿、須句、顓臾，皆風姓之胤也。
這裡講的太皞，就是我們普遍認為的三皇之一，就是伏羲氏，《莊子》一書最早記載伏羲之名。伏羲的稱謂繁多，又稱宓羲、炮犧、庖犧、包犧、犧皇、皇羲及太昊等，【宓伏虙三字古通fu】《史記》中稱“伏犧”或“虙羲”，為華胥氏之子，少典之父，炎黃之祖。伏羲傳說的內容，因時代不同而異。相傳伏羲氏教民結網，漁獵畜牧，製造八卦等，亦傳說伏羲創文字、古琴。《白虎通義》雲：“三皇者何謂也，伏羲、女媧、神農是也。”把伏羲推到三皇的地位。伏羲與女媧為兄妹，“伏羲鱗身，女媧蛇軀”，伏羲與女媧雖是兄妹，唐代詩人盧仝《與馬異結交詩》中寫出“女媧本是伏羲婦”，因而被後人稱之為龍祖。
伏羲氏自古以來被奉為華夏文明的人文始祖，同時在神話中，也被認為是所有人類的祖先，伏羲氏是三皇之一，徙治陳倉，定都於陳宛丘（今河南淮陽），以“龍”為圖騰，風姓是中國傳說時代“伏羲”的姓。一說太昊，或太昊伏羲氏，並非是伏羲，只是姓氏為伏羲氏，這是誤把太昊其所在的伏羲氏族部落當成了先祖伏羲，太昊以玄鳥為圖騰。《左傳》記載：“秋，郯子來朝，公與之宴。昭子問焉，曰：‘少皋氏鳥官名，何故也？’郯子曰：‘吾祖也，我知之。……我高祖少皋摯之立也，鳳鳥適至。故紀於鳥，為鳥師而鳥名”。
另有一說，伏羲即盤古氏。學者以文字學的角度考證盤古氏，“盤”字古義為開端，“古”即葫蘆，寓意生命繁衍。黃帝取代炎帝，擊敗蚩尤後，炎帝、蚩尤等部落的一部分從黃河流域遷徙到南方以後，其先祖伏羲在傳說中演變為盤古，流傳於南方少數民族當中，演變出“盤古開天”的傳說，而盤古傳說開始出現，伏羲的地位便開始低落了。
女媧
女媧
女媧氏亦風姓，虵身人首，有神聖之德。代宓犧立，號曰女希氏。無革造，惟作笙簧。〈按禮明堂位及系本，皆雲女媧作笙簧。〉故《易》不載，不承五運。一曰女媧亦木德王。〈或雲，同。〉葢宓犧之後，已經數世。〈伏羲氏-女媧氏-共工氏-太庭氏-柏皇氏-中央氏-歷陸氏-驪連氏-赫胥氏-尊盧氏-混沌氏- 昊英氏-朱襄氏-葛天氏-陰康氏-無懷氏之十五代也。〉金木輪環，週而復始，特舉女媧，以其功高而三皇，故類木王也。當其末年也，諸侯有共工氏，任智刑以強霸而不王，以水乘木，〈【考證】各本，承作乘。今從單本。〉乃與祝融戰，不勝而怒。乃頭觸不周山崩，天柱折，地維。女媧乃鍊五色石以補天，斷鼇足以立四極，聚蘆灰以止滔水，以濟冀州。於是地平天成，不改舊物。
這裡講的就是女媧，她在伏羲氏之後經歷了數個世代，女媧氏便取代伏羲氏成為了氏族聯盟的首領水神共工與火神祝融交戰。共工被祝融打敗，用頭去撞西方的世界支柱不周山，導致天塌陷，天河之水注入人間。女媧不忍人類受災，於是煉五色石補好天空，折神鱉之足撐四極，平洪水殺猛獸，人類始得以安居。這就是女媧救世的傳說。
神農氏
女媧氏沒，神農氏作。〈按三皇記者不同，譙周以燧人為皇，宋均以祝融為皇，而鄭玄依春秋緯，以女媧為皇，承伏犧，皇甫謐亦同，今依之為說也。〉炎帝，神農氏，姜姓。母曰女登，有蟜氏之女，為少典妃感神龍而生。炎帝人身牛首，長於姜水，因以為姓。〈按《國語》，炎帝，黃帝皆少典之子，其母又皆有媧氏之女。據諸子及《古史考》，炎帝之後，凡八代，五百餘年，軒轅氏代之。豈炎帝、黃帝，是昆弟而同母氏乎？皇甫謐以為少典有媧氏諸侯國號，然則姜姬二帝，同出少典氏，黃帝之母，又是神農母氏之後代女，所同是有媧氏之女也。〉火德王，故曰炎帝，以火名官，斲木為耜，揉木為耒，耒耨之用，以教萬人。始教耕，故號神農氏。於是作蜡祭，以赭鞭鞭草木，始嘗百草，始有毉藥。又作五絃之瑟，教人日中為市，交易而退，各得其所。遂重八卦，為六十四爻。初都陳，後居曲阜。〈按今淮陽有神農井。又《左傳》，魯有大庭氏之庫是也。〉立一百二十年崩，葬長沙。神農本起烈山，故左氏稱烈山氏之子曰柱，亦曰厲山氏。《禮》曰：「厲山氏之有天下」是也。〈按鄭玄雲，厲山，神農所起，亦曰有烈山。皇甫謐曰，厲山今隨之厲郷也。〉神農納奔水氏之女，〈〉曰聽訞為妃，生帝魋。魋生帝承，承生帝明，明生帝直，直生帝氂，氂生帝哀，哀生帝克，克生帝榆。凡八代，五百三十年而軒轅氏興焉。〈按神農之後凡八代，事見《帝王代紀》及《古史考》。然古典亡矣，況譙皇二氏，皆前聞君子，考按古書而為此說。豈至今鑿空乎？此紀示據以為說。其《易》稱，神農氏沒，即榆罔，榆猶襲神農之號也。等以上二十字也。〉其後有州、甫、甘、許、戲、露、齊、紀、怡、向、申、呂，皆姜姓之後胤。竝為諸侯，或分掌四嶽。當周室，甫侯、申伯為王、賢相，齊、許列為諸侯，霸於中國。葢聖人德澤廣大，故其祚胤繁昌久長雲。
神農氏的樣貌很奇特，身材瘦削，全身除了頭和四肢外，都是透明的（水晶肚），因此內臟清晰可見。神農氏嚐盡百草，只要藥草是有毒的，服下後他的內臟就會呈現黑色，因此什麼藥草對於人體哪一個部位有影響就可以輕易地知道了。後來，由於神農氏服太多種毒藥，積毒太深，最後因為斷腸草（有人說是百足蟲）而身亡。
他教民耕種相傳是神農氏發明耕種的方法，他命百姓把谷種收集，然後播在開墾過的田土上，以後百姓便照這方法耕植五穀了，神農氏之稱一源為此。他發明耒耜神農氏首創木製的耒耜，被認為是農業發明之始。他嘗百草相傳神農氏為辨別各類草藥，親自嘗試，最後試到一種含有劇毒的草藥（傳說為斷腸草或是百足蟲），無法可解，最終便犧牲了生命。神農氏有一條紅色神鞭，名為赭鞭，用來鞭打各類花草，可令到花草的寒、熱等特性顯露出來。他發明陶器，被譽為繼火的使用之後的又一大創舉。
緯書所言“三皇”
一說三皇，天皇、地皇、人皇為三皇。既是開闢之初，君臣之始，圖緯所載，不可全棄，故兼序之。天地初立，有天皇氏，十二頭。澹泊無所施為，而民俗自化。木德王，歲起攝提。〈攝提：星名，大角星之兩旁各有三星，謂之右攝提及左攝提。中地支之第三，即寅也。：甲閼逢，乙旃蒙，丙柔兆，丁強圉，戊著雍，己屠維，庚上章，辛重光，壬玄黓，癸昭陽，子困敦，醜赤奮若，寅攝提格，卯單閼，辰執徐，巳大荒落，午敦牂，未協洽，申涒灘，酉作噩，戌閹茂，亥大淵獻〉兄弟十二人，立各一萬八千歲。〈蓋天地初立，神人首出行化，故其年世長久也。然言十二頭者，非謂一人之身有十二頭，蓋古質，比之鳥獸頭數故也。〉地皇十一頭，火德王，姓十一人。興於熊耳、龍門等山，亦合萬八千歲。人皇九頭，乘雲車駕六羽，出吞口。兄弟九人，分長九州，各立城邑，凡一百五十世，合四萬五千六百年。〈天皇已下，皆出河圖及三五曆也。〉
自人皇已後，有五龍氏、〈五龍氏，兄弟五人，並乘龍上下，故曰五龍氏也。〉燧人氏、〈燧人氏，按其君鑽燧出火，教人熟食，在伏犧氏前，譙周以為三皇之首也。〉大庭氏、柏皇氏、中央氏、卷須氏、慄陸氏、驪連氏、赫胥氏、尊盧氏、渾沌氏、昊英氏、有巢氏、朱襄氏、葛天氏、陰康氏、無懷氏。斯葢三皇以來，有天地者之號，〈按皇甫謐以為大庭以下一十五君，皆襲庖犧之號。事不經見，難可依從。然按古封太山者，首有無懷氏，乃在太昊之前，豈得如謐所說？〉但載籍不紀，莫知姓、王、年代、所都之處。而《韓詩》以為自古封太山，禪梁甫者，〈以下即引用於：《大戴禮‧保傅》：「封泰山而禪梁父。」《禮記‧禮器》：「因名山升中於天。」鄭注：「《孝經說》曰：封乎泰山，考績燔燎；禪乎梁甫，刻石紀號也。」正義：「封乎泰山者，謂封土為壇，在於泰山之上；考績燔燎者，謂考諸侯功績，燔柴燎牲以告天。禪乎梁甫者，禪讀為墠，謂除地為墠，在於梁甫，以告地也。梁甫是泰山之旁小山也。刻石紀號也者，謂刻石為文，紀錄當代號謚。」《白虎通‧道德論‧封禪》雲：「王者易姓而起，必升封泰山，何？報告之義也。始受命之時，改制應天，天下太平，功成封禪，以告太平。所以必於泰山，何？萬物之始，交代之處也。〉萬有餘家，仲尼觀之不能盡識。《管子》亦曰：「古封太山七十二家，夷吾所識十有五焉。」首有無懷氏，然則無懷之前天皇已後，年紀悠邈，皇王何升而告？但古書亡矣，不可備[4]，豈得謂無帝王耶？故《春秋緯》稱，自開闢，至於獲麟，凡三百二十七萬六千歲，分為十紀，凡世七萬六百年。一曰九頭紀，二曰五龍紀，〈紀年兒覽：繼人皇而治，兄弟五人，分五方，司五行，布山嶽。《春秋命歷序》〈五龍紀〉曰：「皇伯、皇仲、皇叔、皇季、皇少，五姓同期，俱駕龍，曰五龍。」〉三曰懾提紀，四曰合雒紀，五曰連通紀，六曰序命紀，七曰循飛紀，八曰因提紀，九曰禪通紀，十曰疏迄紀。當黃帝時，制九紀之間，是以錄於此補紀之也。
上面說的大部分是附會之言，漢代的緯書中紀錄三皇為天皇、地皇及人皇，是三位天神，這個說法最早在秦始皇時代就有了，到了漢代將之寫成書紀錄下來。道教後來又將三皇分初、中、後三組：初三皇具人形；中三皇則人面蛇身或龍身；後三皇中的後天皇人首龍身，即伏羲，後地皇人首蛇身，即女媧，後人皇牛首人身，即神農。備註:雖然世間流傳各種說法，但現在一般認為天皇燧人氏、地皇神農氏及人皇女媧氏(泰皇伏羲氏)三位。
