司馬遷所撰的《史記》本來有《三皇本紀》一篇，但《三皇本紀》很早已亡佚，在《漢書》已不見其目。唐代的司馬貞為了補上這闕漏，收集了當時所見的相關文獻，作了這篇《三皇本紀》。這篇《三皇本紀》雖然是補《史記》之闕，但也摻雜了不少神話，故不被奉為正史。
〈小司馬氏云：太史公作史記，下迄當代，以為一家之首尾。今闕三皇，而以五帝為首者，正以有五帝德篇。又帝世皆叙自黃帝已下，故因以五帝本紀為首。其實三皇已還，載籍罕備。然君臣之始，教化之先，旣論古史，不合全闕。近代皇甫謐作帝王代紀，徐整作三五曆，皆論三皇已來事。斯亦近古之一證，今並採而集之作三皇本紀。雖復淺近，聊補闕云。〉
太皞
伏羲
太皞，庖犧氏，風姓，代燧人氏，繼天而王。母曰華胥，履大人跡於雷澤，而生庖犧於成紀。虵身人首，有聖德。〈按伏犧風姓，出《國語》。其華胥已下，出《帝王世紀》。然雷澤，澤名，即舜所漁之地，在濟陰。成紀亦地名，按天水有成紀縣。〉仰則觀象於天，俯則觀法於地，旁觀鳥獸之文與地之宜。近取諸身，遠取諸物，始畫八卦，以通神明之德，以類萬物之情。造書契，以代結繩之政。於是始制嫁娶，以儷皮為禮。〈按譙周古史考，伏犧制嫁娶，以儷皮為禮也。〉結網罟，以教佃漁，故曰宓羲氏。〈按事出《漢書·歷志》。宓，音伏。〉養犧牲以庖犧，故曰庖犧。〈【考證】《索隱》單本，以下無庖廚故曰四字。〉有龍瑞，以龍紀官，號曰龍師。作二十五絃之瑟。木德王，注春令。故《易》稱帝出于震，《月令》孟春：「其帝太皞」是也。〈按位在東方，象日之明，故稱太皡。皡，明也。〉都於陳，東封太山。立一百一十一年崩。〈按皇甫謐，伏犧葬南郡，或曰冢在山陽高平之西也。〉其後裔當春秋時有任、宿、須句、顓臾，皆風姓之胤也。
这里讲的太皞，就是我们普遍认为的三皇之一，就是伏羲氏，《庄子》一书最早记载伏羲之名。伏羲的称谓繁多，又称宓羲、炮牺、庖牺、包牺、牺皇、皇羲及太昊等，【宓伏虙三字古通fu】《史记》中称“伏牺”或“虙羲”，为华胥氏之子，少典之父，炎黄之祖。伏羲传说的内容，因时代不同而异。相传伏羲氏教民结网，渔猎畜牧，制造八卦等，亦传说伏羲创文字、古琴。《白虎通义》云：“三皇者何谓也，伏羲、女娲、神农是也。”把伏羲推到三皇的地位。伏羲与女娲为兄妹，“伏羲鳞身，女娲蛇躯”，伏羲与女娲虽是兄妹，唐代诗人卢仝《与马异结交诗》中写出“女娲本是伏羲妇”，因而被后人称之为龙祖。
伏羲氏自古以来被奉为华夏文明的人文始祖，同时在神话中，也被认为是所有人类的祖先，伏羲氏是三皇之一，徙治陈仓，定都于陈宛丘（今河南淮阳），以“龙”为图腾，风姓是中国传说时代“伏羲”的姓。一说太昊，或太昊伏羲氏，并非是伏羲，只是姓氏为伏羲氏，这是误把太昊其所在的伏羲氏族部落当成了先祖伏羲，太昊以玄鸟为图腾。《左传》记载：“秋，郯子来朝，公与之宴。昭子问焉，曰：‘少皋氏鸟官名，何故也？’郯子曰：‘吾祖也，我知之。……我高祖少皋挚之立也，凤鸟适至。故纪于鸟，为鸟师而鸟名”。
另有一说，伏羲即盘古氏。学者以文字学的角度考证盘古氏，“盘”字古义为开端，“古”即葫芦，寓意生命繁衍。黄帝取代炎帝，击败蚩尤后，炎帝、蚩尤等部落的一部分从黄河流域迁徙到南方以后，其先祖伏羲在传说中演变为盘古，流传于南方少数民族当中，演变出“盘古开天”的传说，而盘古传说开始出现，伏羲的地位便开始低落了。
女媧
女娲
女媧氏亦風姓，虵身人首，有神聖之德。代宓犧立，號曰女希氏。無革造，惟作笙簧。〈按禮明堂位及系本，皆云女媧作笙簧。〉故《易》不載，不承五運。一曰女媧亦木德王。〈或云，同。〉葢宓犧之後，已經數世。〈伏羲氏-女媧氏-共工氏-太庭氏-柏皇氏-中央氏-歷陸氏-驪連氏-赫胥氏-尊盧氏-混沌氏- 昊英氏-朱襄氏-葛天氏-陰康氏-無懷氏之十五代也。〉金木輪環，週而復始，特舉女媧，以其功高而三皇，故類木王也。當其末年也，諸侯有共工氏，任智刑以強霸而不王，以水乘木，〈【考證】各本，承作乘。今從單本。〉乃與祝融戰，不勝而怒。乃頭觸不周山崩，天柱折，地維。女媧乃鍊五色石以補天，斷鼇足以立四極，聚蘆灰以止滔水，以濟冀州。於是地平天成，不改舊物。
这里讲的就是女娲，她在伏羲氏之后经历了数个世代，女娲氏便取代伏羲氏成为了氏族联盟的首领水神共工与火神祝融交战。共工被祝融打败，用头去撞西方的世界支柱不周山，导致天塌陷，天河之水注入人间。女娲不忍人类受灾，于是炼五色石补好天空，折神鳖之足撑四极，平洪水杀猛兽，人类始得以安居。这就是女娲救世的传说。
神農氏
女媧氏沒，神農氏作。〈按三皇記者不同，譙周以燧人為皇，宋均以祝融為皇，而鄭玄依春秋緯，以女媧為皇，承伏犧，皇甫謐亦同，今依之為說也。〉炎帝，神農氏，姜姓。母曰女登，有蟜氏之女，為少典妃感神龍而生。炎帝人身牛首，長於姜水，因以為姓。〈按《國語》，炎帝，黃帝皆少典之子，其母又皆有媧氏之女。據諸子及《古史考》，炎帝之後，凡八代，五百餘年，軒轅氏代之。豈炎帝、黃帝，是昆弟而同母氏乎？皇甫謐以為少典有媧氏諸侯國號，然則姜姬二帝，同出少典氏，黃帝之母，又是神農母氏之後代女，所同是有媧氏之女也。〉火德王，故曰炎帝，以火名官，斲木為耜，揉木為耒，耒耨之用，以教萬人。始教耕，故號神農氏。於是作蜡祭，以赭鞭鞭草木，始嘗百草，始有毉藥。又作五絃之瑟，教人日中為市，交易而退，各得其所。遂重八卦，為六十四爻。初都陳，後居曲阜。〈按今淮陽有神農井。又《左傳》，魯有大庭氏之庫是也。〉立一百二十年崩，葬長沙。神農本起烈山，故左氏稱烈山氏之子曰柱，亦曰厲山氏。《禮》曰：「厲山氏之有天下」是也。〈按鄭玄云，厲山，神農所起，亦曰有烈山。皇甫謐曰，厲山今隨之厲郷也。〉神農納奔水氏之女，〈〉曰聽訞為妃，生帝魋。魋生帝承，承生帝明，明生帝直，直生帝氂，氂生帝哀，哀生帝克，克生帝榆。凡八代，五百三十年而軒轅氏興焉。〈按神農之後凡八代，事見《帝王代紀》及《古史考》。然古典亡矣，況譙皇二氏，皆前聞君子，考按古書而為此說。豈至今鑿空乎？此紀示據以為說。其《易》稱，神農氏沒，即榆罔，榆猶襲神農之號也。等以上二十字也。〉其後有州、甫、甘、許、戲、露、齊、紀、怡、向、申、吕，皆姜姓之後胤。竝為諸侯，或分掌四岳。當周室，甫侯、申伯為王、賢相，齊、許列為諸侯，霸於中國。葢聖人德澤廣大，故其祚胤繁昌久長云。
神农氏的样貌很奇特，身材瘦削，全身除了头和四肢外，都是透明的（水晶肚），因此内脏清晰可见。神农氏尝尽百草，只要药草是有毒的，服下后他的内脏就会呈现黑色，因此什么药草对于人体哪一个部位有影响就可以轻易地知道了。后来，由于神农氏服太多种毒药，积毒太深，最后因为断肠草（有人说是百足虫）而身亡。
他教民耕种相传是神农氏发明耕种的方法，他命百姓把谷种收集，然后播在开垦过的田土上，以后百姓便照这方法耕植五谷了，神农氏之称一源为此。他发明耒耜神农氏首创木制的耒耜，被认为是农业发明之始。他尝百草相传神农氏为辨别各类草药，亲自尝试，最后试到一种含有剧毒的草药（传说为断肠草或是百足虫），无法可解，最终便牺牲了生命。神农氏有一条红色神鞭，名为赭鞭，用来鞭打各类花草，可令到花草的寒、热等特性显露出来。他发明陶器，被誉为继火的使用之后的又一大创举。
纬书所言“三皇”
一說三皇，天皇、地皇、人皇為三皇。既是開闢之初，君臣之始，圖緯所載，不可全棄，故兼序之。天地初立，有天皇氏，十二頭。澹泊無所施為，而民俗自化。木德王，歲起攝提。〈攝提：星名，大角星之兩旁各有三星，謂之右攝提及左攝提。中地支之第三，即寅也。：甲閼逢，乙旃蒙，丙柔兆，丁强圉，戊著雍，己屠維，庚上章，辛重光，壬玄黓，癸昭陽，子困敦，丑赤奮若，寅攝提格，卯單閼，辰執徐，巳大荒落，午敦牂，未協洽，申涒灘，酉作噩，戌閹茂，亥大淵獻〉兄弟十二人，立各一萬八千歲。〈盖天地初立，神人首出行化，故其年世長久也。然言十二頭者，非謂一人之身有十二頭，盖古質，比之鳥獸頭數故也。〉地皇十一頭，火德王，姓十一人。興於熊耳、龍門等山，亦合萬八千歲。人皇九頭，乘雲車駕六羽，出吞口。兄弟九人，分長九州，各立城邑，凡一百五十世，合四萬五千六百年。〈天皇已下，皆出河圖及三五曆也。〉
自人皇已後，有五龍氏、〈五龍氏，兄弟五人，並乘龍上下，故曰五龍氏也。〉燧人氏、〈燧人氏，按其君鑽燧出火，教人熟食，在伏犧氏前，譙周以為三皇之首也。〉大庭氏、柏皇氏、中央氏、卷須氏、栗陸氏、驪連氏、赫胥氏、尊盧氏、渾沌氏、昊英氏、有巢氏、朱襄氏、葛天氏、陰康氏、無懷氏。斯葢三皇以來，有天地者之號，〈按皇甫謐以為大庭以下一十五君，皆襲庖犧之號。事不經見，難可依從。然按古封太山者，首有無懷氏，乃在太昊之前，豈得如謐所說？〉但載籍不紀，莫知姓、王、年代、所都之處。而《韓詩》以為自古封太山，禪梁甫者，〈以下即引用於：《大戴禮‧保傅》：「封泰山而禪梁父。」《禮記‧禮器》：「因名山升中於天。」鄭注：「《孝經說》曰：封乎泰山，考績燔燎；禪乎梁甫，刻石紀號也。」正義：「封乎泰山者，謂封土為壇，在於泰山之上；考績燔燎者，謂考諸侯功績，燔柴燎牲以告天。禪乎梁甫者，禪讀為墠，謂除地為墠，在於梁甫，以告地也。梁甫是泰山之旁小山也。刻石紀號也者，謂刻石為文，紀錄當代號謚。」《白虎通‧道德論‧封禪》云：「王者易姓而起，必升封泰山，何？報告之義也。始受命之時，改制應天，天下太平，功成封禪，以告太平。所以必於泰山，何？萬物之始，交代之處也。〉萬有餘家，仲尼觀之不能盡識。《管子》亦曰：「古封太山七十二家，夷吾所識十有五焉。」首有無懷氏，然則無懷之前天皇已後，年紀悠邈，皇王何升而告？但古書亡矣，不可備[4]，豈得謂無帝王耶？故《春秋緯》稱，自開闢，至於獲麟，凡三百二十七萬六千歲，分為十紀，凡世七萬六百年。一曰九頭紀，二曰五龍紀，〈紀年兒覽：繼人皇而治，兄弟五人，分五方，司五行，布山岳。《春秋命歷序》〈五龍紀〉曰：「皇伯、皇仲、皇叔、皇季、皇少，五姓同期，俱駕龍，曰五龍。」〉三曰懾提紀，四曰合雒紀，五曰連通紀，六曰序命紀，七曰循飛紀，八曰因提紀，九曰禪通紀，十曰疏迄紀。當黃帝時，制九紀之間，是以錄於此補紀之也。
上面说的大部分是附会之言，汉代的纬书中纪录三皇为天皇、地皇及人皇，是三位天神，这个说法最早在秦始皇时代就有了，到了汉代将之写成书纪录下来。道教后来又将三皇分初、中、后三组：初三皇具人形；中三皇则人面蛇身或龙身；后三皇中的后天皇人首龙身，即伏羲，后地皇人首蛇身，即女娲，后人皇牛首人身，即神农。备注:虽然世间流传各种说法，但现在一般认为天皇燧人氏、地皇神农氏及人皇女娲氏(泰皇伏羲氏)三位。
