北京大學第一醫院
北京大學第一臨床醫學院是北京大學第一醫院(簡稱“北大醫院”)，大型綜合性三級甲等醫院，是中央保健基地醫院。
北京大學第二臨床醫學院是北京大學人民醫院，經過一個世紀的發展現已成為集醫療、教學、科研為一體的現代化綜合性三級甲等醫院，西直門院區、白塔寺院區兩個院區。
北京大學第三醫院
北京大學第三臨床醫學院是北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）建於1958年，國家衛生健康委委管醫院，綜合性三甲醫院。北醫三院脊柱外科是國內最強的學科，生殖醫學中心的治療方法最全面、規模是國際最大之一，中國大陸首例試管嬰兒在此誕生。
北京積水潭醫院
.北京大學第四臨床醫學院是北京積水潭醫院。該醫院是一家王府花園式醫院。1956年1月28日，昔日的王府舊址，誕生了北京積水潭醫院。以骨科和燒傷科為重點學科的三級甲等綜合性醫院。
北京醫院
北京大學第五臨床醫學院是北京醫院，該醫院是一所以幹部醫療保健為中心、老年醫學研究為重點，向社會全面開放的醫、教、研、防全面發展的現代化綜合性醫院，是直屬國家衛生健康委員會的三級甲等醫院，是中央重要的幹部保健基地。
中日友好醫院
中日友好醫院（簡稱“中日醫院”）是國家衛生健康委員會直屬大型綜合性三級甲等醫院。同時也是北京大學中日友好臨床醫學院。於1984年10月23日開院。醫院的內分泌科、呼吸與危重症醫學科、風溼免疫科等科室及專業被評為國家臨床重點專科建設項目。西區肛腸科是國家臨床重點專科建設單位。
航天中心醫院
航天中心醫院建院於1958年，是一所集醫療、教學、科研、預防工作於一體的三級綜合醫院，同時也是北京大學航天臨床醫學院。位於北京市海淀區玉泉路15號。
北京大學國際醫院
北京大學國際醫院是北大醫療城的旗艦項目，也是北京大學第八臨床醫學。醫院以"建設國際一流醫院，領跑醫療體制改革"為使命，由北京大學和方正集團共同投資興建，性質為非營利性綜合醫院。
北京大學第九臨床醫學院
北京世紀壇醫院（北京鐵路總醫院），創建於1915年，1989年通過全國首批三級甲等醫院評審，為北京市屬綜合醫院，是首都醫科大學附屬醫院、首都醫科大學腫瘤醫學院、北京大學第九臨床醫學院、北京市中西醫結合腫瘤研究所及北京世紀壇醫院醫聯體理事單位。
民航總醫院
民航醫學中心（民航總醫院）始建於1982年，於2010年重新整合為民航醫學中心，包括民航總醫院、民用航空醫學研究所、民用航空人員體檢鑑定所和航空醫學系培訓部，是一所設備先進、科室齊全、服務優良、集醫教研防於一體、具有航空醫學特色的三級綜合醫院，也是全國民航唯一一所三級醫院，一直承擔著北京大學醫學部臨床醫學專業本科生、研究生的教學和臨床實習工作，故稱為北京大學第民航臨床醫學院。
北京回龍觀醫院
北京回龍觀醫院是北京市衛生健康委、北京市醫院管理局直屬的精神衛生專科醫療機構。是北京大學回龍觀臨床醫學院，北京心理危機研究與干預中心，世界衛生組織心理危機預防研究與培訓合作中心；是首批國家精神病臨床重點專科單位，首批國家級精神科住院醫師規範化培訓基地
西苑醫院
中國中醫科學院西苑醫院（簡稱“西苑醫院”）創建於1955年12月，是新中國成立後由中央人民政府建設的第一所大型中醫醫院，在國內國際具有較大影響力，集醫療、科研、教學、保健為一體的三級甲等綜合性中醫醫院。擔負北京大學醫學院教學任務——北京大學中醫藥臨床醫學院（西苑）。醫院地址：北京市海淀區西苑操場1號。
中國人民解放軍總醫院第五醫學中心由原第三〇二醫院和原第三〇七醫院於2018年11月合併組建，其前身為抗日戰爭時期的延安中央醫院。中心現有兩個院區。擔負北京大學醫學院教學任務——北京大學三〇二臨床醫學院
