孫思邈年幼時體弱多病，深受病痛之苦，他立志學醫識藥，於是到深山去，向一位有名的藥師學習。
出師的時候，師父囑咐他說：“要做個好大夫，可絕不能貪圖安逸。你須要讀萬卷書行萬里路，雲遊四方，廣採眾長，學習醫藥之道。等到腳下的鞋子七斤重時，你才可以定居行醫。”
孫思邈聽從師傅的教誨，背上藥囊雲遊天下，年復一年，不知道翻過多少山，走過多少路，採了多少藥，醫了多少人。
有一天，他回到故鄉耀州，天下起大雨，那會兒孫思邈正走在山路上，路上滿是泥濘。孫思邈步履艱難，沾在鞋子上的泥越來越多。他走進路旁的龍王廟避雨，廟裡正好有個菜販子，孫思邈脫下鞋子，對菜販子說：“麻煩你幫我稱一下這雙鞋子，看它有多重。”
菜販子一稱，笑著說：“大夫，你這鞋子呀，連泥帶水，不多不少，正正好七斤哩。”
“七斤就對了，我就在這裡定居下來，從此立地生根吧！”
於是乎，孫思邈在山腳住下來，定居行醫。他醫術高明，藥到病除，很快譽滿耀州，人人稱他為“藥王”。那座山呢，因為有藥王居住，也變得靈驗了，從那時起被喚作“藥王山”。
話說耀州有個霸道的土大夫，聽到人人誇讚孫思邈，個個喚他“藥王神醫”，心裡酸溜溜不服氣。有一天，他用槐子水塗在面上，去見孫思邈：“孫大夫，我臉黑得厲害，你可知道我患了什麼病？”
孫思邈一看他的臉，嚇了一跳：“你病得很重……”
那土大夫大笑著打斷他：“我哪有什麼病，你這浪得虛名的傢伙！”
說完，土大夫掉頭回去了。
“哎，你別走，你中了槐毒，得馬上醫治……”
可那土大夫已經走遠了，沒聽見。
過一會兒，只見四個壯漢用門板抬著土大夫來求救：“孫大夫，他中毒了，說只有你能救他。”
孫思邈即刻給他開藥，那土大夫喝了草藥湯，才算轉危為安。
又有個壘牆的師傅，也不相信孫思邈的醫術，見孫思邈從路上走來，大笑著從高牆跳下，問他：“藥王神醫，你看我有病麼？”
孫思邈一看他的神色，大驚道：“怎麼能從那麼高的牆上跳下呢？不笑還好，這一笑，你的腸子就被頓斷了！”
話音剛落，那壘牆師傅倒地翻滾，果然腸子頓斷了。
又有一日，孫思邈在路上遇到有人出殯，那棺材底部滴出血來，孫思邈就問抬棺材的人：“館內的人是難產死的麼？”抬棺的人回答：“是啊！”
孫思邈斷定那個婦人還活著，就讓人放下棺材，打開棺木一看，果然嬰兒已經離開母體了，產婦卻昏迷不醒。
孫思邈撬開產婦的牙齒，灌她喝了一碗藥，不久就聽到她微弱的呼吸聲，不一會兒，那個產婦哭泣起來，剛出生的嬰兒也大聲哭了。
母子倆死裡逃生，眾人無不歎服。“藥王孫思邈”的美名，從此名揚耀州。
話說有一回，藥王孫思邈上山採藥，一個壯漢迎面走來，攔在他面前，問他：“你這位採藥的先生，也為路人診病麼？”
藥王見那壯漢身材壯碩，滿面病容，就對他說：“我是大夫，醫者不問貴賤高低，當然為路人診病。請在路邊石上坐下，讓我給你把一把脈。”
那壯漢在石上坐下，伸出手來請藥王把脈，藥王一摸脈門，這脈好奇怪啊，脈起時就好像虎嘯山林，脈落時又像是虎落平陽。
藥王對那壯漢說：“你讓我診治，就要說實在話，你不是人類，對嗎？”
“我不是人類，是什麼呢？”
“你是人類的話，這個病我治不好——你不是人類的話，就要現出原身，這病我才能治。”
壯漢一聽，額頭冒出大粒大粒的汗珠：“藥王神醫，我現出原身，只怕要嚇著你哪！”
藥王說：“醫者對病患一視同仁，我不害怕。”
“那好，只是這路上人多，你跟我深山樹林去。”
藥王跟隨壯漢走進深山樹林，來到一棵老松樹下，那壯漢就地一滾，平地立即生起一陣腥風，地上的落葉“呼啦啦”飛起來，迷住了藥王的眼。藥王撕開樹葉，睜開眼一看，眼前哪有什麼壯漢，分明是一隻猛虎！
那猛虎張開血盆大口，望著藥王。藥王見老虎喉嚨紅腫，虎口也發炎腫脹。孫思邈怕老虎吃不得疼要咬人，就在林中找來一根樟木棍，牢牢撐住虎口，然後他伸手進老虎咽喉深處一摸——果然，老虎喉嚨裡插著一根金釵，吐不出，咽不下。藥王一碰金釵，那老虎疼得眼淚水直流。
“你忍著，我給你取出金釵。”
藥王把金釵取出來，又取下撐虎口的木棍，又對老虎說：“你跟我來，我摘些消炎的草給你吃，很快就能消腫止痛。不過，你是山中兇獸，這次我治好你的病，希望你不要再吃人了。”
那老虎說：“遵從藥王教誨，我發誓，以後再不吃人了。”
“不吃人就好，你走吧！”
“我不要走。”老虎說，“我要跟在你身邊，在你需要時幫助你，在你危難時保護你。”
“好吧，你先待在山林，我以後有事叫你，你來就是。”
於是老虎吃過草藥，拜謝離去。
這老虎重情重義，後來果然時常來到藥王身邊，藥王上山採藥，老虎為他銜藥鋤，藥王出門診病，老虎給他當坐騎。
話說又有一回，藥王孫思邈下海採藥，走到海邊，迎面走來一位白衣公子。公子衣飾華美，但是有氣無力，無精打采。白衣公子攔住藥王，問他說：“你這位採藥的先生，也為路人診病麼？”
“我是醫者，當然為路人診病。”藥王說，“請在這海邊礁石坐下，讓我把一把脈。”
那白衣公子在礁石坐下，伸出手來讓藥王把脈。藥王一摸脈門，這脈好奇怪啊！脈起時好像騰雲駕霧，脈落時又像翻江倒海，藥王大吃一驚：“你要讓我診治，就要說實話，你不是人類，對不對？”
“我不是人類，是什麼呢？”白衣公子冷汗直冒。
“你如果是人類，這個病我看不好；你如果不是人類，必須現出原身，我才能為你診治。”
“現出原身，我怕嚇著你啊。”白衣公子輕聲嘆息，空氣中響起風雷的聲音，晴朗的天空下起毛毛雨，藥王於是猜到他是一條龍。
“醫者對病患一視同仁，你只管現原身，我不害怕。”藥王說，“不過，這一帶的人都沒見過龍，我擔心你驚擾百姓。這樣吧，你先到我家去。”
“好的，我等會兒就來。”白衣公子化作一陣白煙，不見了。
藥王回到家，剛剛走進院子，突然聽得“通”一聲響，山壁上出現一個大洞，洞中伸出來一個巨大的龍頭。
龍說：“我看後山沒人，就從那邊穿山過來了。現在，我的龍身龍尾都藏在山肚子裡，這下不會驚擾到百姓了吧？”
藥王趕緊給龍診症，把了龍脈，看了龍舌，又聞了龍吟。龍說：“我這半年總覺得神氣痿頓不振，雖然還能變化，但總是使不上勁，肚子裡頭又隱隱作痛，不知是什麼緣故？”
藥王用大水桶裝了半桶藥，提到龍面前，對它說：“你喝了它，就知道緣故了。”
龍聞到那桶藥一股酸臭，搖頭說：“這藥氣味不好，真要喝嗎？”
“喝吧，良藥苦口利於病。”
龍咬一咬牙，一口氣把那半桶湯藥喝下肚，只聽得腹內“咕嘟嘟”一陣翻騰，喉頭忍耐不住，“哇”一聲吐了，吐出來滿滿一桶的汙穢物。
一吐完，龍頓時精神爽利，肚也不痛了，勁也有了。它低頭一看，只見那穢物中有一條長蛇。
龍抓起長蛇，一下把它拉成兩段：“原來是這長蛇作祟，使我不得安寧。藥王神醫果真名不虛傳，不知你用的是什麼靈丹妙藥？”
孫思邈“哈哈”大笑：“我這靈丹妙藥，只不過是陳醋拌蒜泥。陳醋加蒜泥，又酸又辣，一進腸道，那蛇自然待不住了。”
龍聽了這話，拜謝道：“藥王神醫你妙手回春，除我病痛，解我災劫，我沒什麼報答你，龍宮珍藏一部《龍宮奇方》，我自己也看不懂，送給你吧！”
藥王得到龍贈送的《龍宮奇方》，專心鑽研，醫術變得更為精湛。他又收集各種民間驗方，寫成一部著名的《千金方》，一直流傳到今天，為無數病患解除病苦。
這條龍也重情重義，常常跟隨藥王，為他尋藥引路。當他遠行出診，龍就飛來為他當坐騎。
藥王孫思邈醫龍治虎，一龍一虎就成了他的跟班。他喚“龍”，龍就來了；他喚“虎”，虎也來了，有了龍虎護持，藥王威風凜凜，各路神仙鬼神尊崇他，地下閻羅王頭痛腳疼也得求他，所以他活呀活，一直健康地活到140多歲。
孫思邈離世後，成了藥王菩薩。
人們在那穿龍洞前建了一座藥王廟，讓藥王菩薩坐在裡面，廟面前有個龍石墩，又有個虎石墩。
