一，君教爭權
腓力四世
1285年腓力四世成為法蘭西國王，他加強中央集權，沒收教會財產，樹立國王的絕對權威，使得法國走向強盛。教宗波尼法爵八世對此不滿，聲稱教權高於王權，法國境內的教會財產屬於教會，不屬於法王，雙方因此爆發了激烈衝突。
克萊孟五世
1302年為了獲得國民的支持，腓力四世召開三級會議。1303年他派軍入侵羅馬，對波尼法爵八世嚴刑拷打，使其傷重身亡。1305年腓力四世扶持克萊孟五世當選教宗，1309年克萊孟五世將教廷由羅馬遷往阿維尼翁，淪為法國的傀儡。
二，傀儡教廷
阿維尼翁的教宗宮
1307年腓力四世為了消滅法國欠聖殿騎士團的債務，並奪取其鉅額財富，大肆逮捕並處決聖殿騎士團的成員，沒收其財產。1312年在他的壓力下，克萊孟五世宣佈解散聖殿騎士團。此後教宗一直為法國扶持，依附法國，成為“阿維尼翁之囚”。1377年趁法國忙於與英國進行百年戰爭，教宗額我略十一世將教廷遷回羅馬，結束了“阿維尼翁之囚”。1378年額我略十一世病逝，羅馬主教選舉烏爾巴諾六世為教宗。
三，教廷分裂
阿維尼翁分裂
法國樞機主教對烏爾巴諾六世當選教宗不滿，選舉克萊孟七世為教宗。烏爾巴諾六世十分憤怒，將克萊孟七世等人開除教籍，天主教會因此分裂為羅馬教廷與阿維尼翁教廷。1409年一些對教會分裂不滿的樞機在比薩推舉選舉亞歷山大五世為教宗，廢黜羅馬教宗與阿維尼翁教宗。1414年為了解決教廷分裂的問題，天主教會召開康士坦斯大公會議。1417年眾人達成一致協議，推舉瑪爾定五世為教宗，結束了天主教會的分裂。
四，宗教改革
馬丁·路德
1517年馬格德堡大主教阿爾布雷希特為了償還債務，以修建聖伯多祿大殿為名，在德意志地區大肆兜售贖罪券。馬丁·路德對此十分不滿，發表《九十五條論綱》，批判教會兜售的贖罪券是在斂財，教宗沒有免除任何罪孽的權力，只要真心悔過就能得到神的赦免。
《九十五條論綱》迅速傳遍德意志地區，掀起了轟轟烈烈的宗教改革運動，產生了許多新教派，許多人改信新教。宗教改革嚴重打擊了天主教會的權威，使得教宗在西歐的影響力大減。
五，拿破崙與教宗
拿破崙
1789年法國大革命爆發，法國沒收了教宗在阿維尼翁的領地。1796年法軍攻入意大利半島，吞併了教皇國北部，教宗庇護六世對此十分不滿。1798年庇護六世下令將拿破崙開除教籍，法軍於是佔領羅馬，推翻了教宗國，成立了羅馬共和國。庇護六世被法軍押往法國囚禁，不久病逝。
庇護七世
1799年法國廢除羅馬共和國，恢復教宗國。1800年庇護七世當選教宗，1804年拿破崙稱帝，庇護七世前往巴黎為拿破崙加冕。但在加冕時拿破崙從庇護七世手中奪走皇冠，自己給自己戴上，庇護七世十分不滿但又無可奈何。1809年拿破崙吞併教宗國下屬邦國，庇護七世大怒，將拿破崙開除教籍。法軍於是入侵羅馬，囚禁庇護七世。1814年拿破崙退位，反法聯軍救出庇護七世，教宗國恢復。
總的來說由於法國率先完成中央集權，實力強大，成為歐洲霸主。教宗只居於羅馬一地，實力弱小，無力與法國抗衡，使得法國能夠多次廢立教宗。
