从16世纪开始至20世纪发生的近代，现代科学的创立和发展是人类历史的伟大壮举。它标志着人类认知和改造世界能力的巨大飞跃。许多人问这个问题，为什么现代科学在西方出现而不是在世界的其他地方？在2006年9月12日的一个演讲中，教皇十六世给出了一个简单的答案，那是因为基督教强调理性（推理或辩论）的重要性。基督教对科学的巨大影响令人敬畏。事实上，许多历史学家、科学家都承认，天主教会是 “构成我们称之为西方文明的价值观、思想、科学、法律和制度发展的核心”。
科学上的重大突破很多是来自基督徒的工作。根据1901年至2000年颁发的诺贝尔奖100年得主的统计(2005年)，65.4%的诺贝尔奖获得者认为基督教是他们的宗教取向 (423个奖项)。总的来说，基督教徒总共获得了78.3%的诺贝尔和平奖、72.5%的化学奖、65.3%的物理学奖、62%的医学奖、54%的经济学奖和49.5%的文学奖。在美国，根据科学精英组织的一篇对1901年至1972年美国诺贝尔奖获得者的回顾，72%的美国诺贝尔奖获得者是基督教新教徒。基督教新教徒总共获得了84.2%的诺贝尔化学奖，60%的医学奖，58.6%的物理学奖。
不可否认基督教的世界观是近代科学在西方社会兴起的关键因素。但为什么基督教如此注重理性（逻辑，推理或自由辩论）呢？它又是如何支持和培育出我们称之为现代（自然和人文）科学的庞大知识体系的？它使用什么样的方法来达到这一结果的呢？这些都是巨大的问题。本文试图给出一些简单的回答。
归根结底，基督教从世俗和神学的三个角度对现代科学的发展做出了贡献。任何其它思想体系，宗教，文化与基督教相比都十分欠缺。使它们无法孕育出现代科学。
1)基督教根本的批判思维模式，实验主义方法论，自由辩论的氛围成为现代科学发生和发展的工具；
2)基督教的根本学说和教义为现代科学的发展建立了学科框架；
3)基督教极力鼓励和支持西方国家学校、大学，研究机构的形成，为现代科学的繁荣奠定了物质基础。
1. 基督教根本的批判思维模式，实验主义方法论，自由辩论的氛围成为现代科学发生和发展的工具
基督教教会对西方知识和学习的影响是广泛和深刻的。知识积累涉及的领域非常复杂的，不仅包括生活、文化、艺术、音乐、文学、国家治理、法制法律，而且还包括自然科学。而正是批判性思维，为现代科学各学科的蓬勃发展奠定了基础。这种思维模式在世界许多其他文化中，如中国孔子为主的儒家文化，都没有形成，不是欠缺就是没有成为主流或系统化。
批判性思维指的是对事实证据进行理性的、怀疑论的、不偏倚的分析或评估以形成一个认知。它包括不断提出问题，审查信息和证据，并道出结论。所有这些行为构成科学方法论的基础。
与犹太教和伊斯兰教不同，基督教不是一种法律（law）宗教，而是一种信仰（creeds）宗教。它一直痴迷于教义（doctrines），即关于人与上帝之间关系的信仰。与此相关的是各种各样的教义，如上帝的创造、三位一体说、人、子、圣灵、教会、人性起源、地狱、天堂、罪恶、死亡、邪恶等。基督教神学家倾尽全力运用理性和批判性思维通过信仰以发现和破译上帝的道。这种思维方式也培养了教会内部的理性文化和批判性思维心态。由此心态也十分容易孕育出一个敞开的胸襟，在可接受的核心教义范围之内展开自由的宗教辩论。
Coney (2015，“Critical Thinking in its Contexts and in Itself” in Journal of Educational Philosophy and Theory, Vol 47 (5)) 描述了批判性思维和其它三种思维方式在知识积累过程中的重要性：1)科技和技术的使用思维；2)日常人类社会交往中的实践思维；3)用来发现神学、数学和自然科学中永恒真理的冥想思维；4)用来解决危机和作出重大判断的批判性思维。
除了冥想思维，批判性思维是基督徒特别感兴趣的领域。耶稣本身就是批判性思维的大师。福音书贡献了大量的篇幅，描述耶稣是如何用批判性思维作为他的主要工具之一，与一世纪犹太教最优秀的头脑进行辩论。
耶稣也是个逻辑大师。他的论证运用各种各样的论据和非凡的技巧和神的智慧。例如，法利赛人不断地试图用不同的论据为耶稣下圈套使耶稣进入哲学所说的进退两难境地。在耶稣传道的过程中发生了很多次，但是都没有成功。
在马太福音22：15-22中，马太警告 “那时，法利赛人出去策划怎样从耶稣的话里找把柄陷害祂”然后他们找到耶稣对他说 “老师，我们知道你诚实无伪，按真理传上帝的道，你不徇情面，不以貌取人。 那么请告诉我们，纳税给凯撒对不对呢？” 这是一个进退两难的问题，如果耶稣回答合法，那他就承认凯撒拥有比他更高的权威。如果耶稣回答不合法，他就等于宣称自己是凯撒的敌人。耶稣的回应充满智慧，他提出了第三种选择 “那么，属于凯撒的东西应该给凯撒，属于上帝的东西应该给上帝”（马可福音 12:17）。
圣经中的另一个重要人物是使徒保罗。一般人注意他的信仰但是忽略他智力，保罗其实是个学术的天才。他是犹太教长老的最高人物之一，从小就开始严格的旧约学习，他戏剧性地成为耶稣最伟大的使徒之一。“新约”中27本书中，有13本被认为是保罗所写。他是一位批判性思维和推理的大师。保罗为批判性思维的重要性做了铺垫，他在哥林多后书 10:4-5中写道：“我们争战的兵器不是属血气的，乃是从上帝而来的能力，可以摧毁坚固的营垒， 击破一切的谬论和阻碍人们认识上帝的骄傲言论，夺回被掳去的心思意念，使其顺服基督。”
早期基督教团体极其需要批判性思维。他们当时处于风雨飘摇，内忧外患的境地。基督教的教义没有形成体系，所面临的问题巨大，包括良心问题，如何解释圣经，不同意见的冲突，耶稣的生命和复活、三位一体的教义、洗礼形式、教会的形式和特征，食物允许性、教会纪律、神学原则和应用，对政府当局的服从等问题，从地方教会到教会领袖问题比比皆是。使徒保罗在写给教会的信中谈到了这些问题。他的许多信件都是具有说服力，神学辩论和批判性分析的杰作。
虽然基督教认为信仰是一种独特而优越的世界观，但圣经中所运用的推理和批判性思维，经验性观察和实验，甚至一些测试性行为和主张，在欧洲中世纪逐渐扩展开来。16世纪的前期科学家们继承了中世纪以来未解的问题和观念，融入了更多的受控实验、系统观测和数学规律应用于自然现象研究中。所研究的对象不仅是信仰和启示也包括更多自然领域的问题。这种经验思维的能力激发了教会在启蒙运动时期的科学发展，以及之后在世俗和基督教神学研究领域的进步。牛津大学(Oxford University)方济会主教罗伯特·格罗斯泰特(Robert Grosseteste)当时提出，通过归纳和实验的方法可以积累知识。几个世纪后，弗朗西斯·培根 (Francis Bacon)，写了关于圣经“诗篇“的祈祷词和专著论文，并用归纳的方法记录实验结果。他被认为是 “发明的发明者(inventor of invention)”。他对圣经的研究，不仅有助于现代科学本身的发展，而且有助于现代科学方法论的形成。
中世纪方法论的形成对现代科学的发生和发展至关重要。科学的方法论在中世纪迅速成型。之前的12世纪和13世纪，经验观察还不成熟，分析自然现象的唯一有力工具是信仰（faith），批判分析（critical thinking）以及冥想分析（contemplative thinking）。科学方法论的逐渐形成，逐渐融入了这些关键要素，包括知识库、演绎、经验、实验、经验思维和实验等经验观察、断言、检验等现代经验科学方法。并融入数学、系统观察、批判性思维和推理思维。“科学方法论（scientific method）”一词最终是在19世纪出现的。科学一词的拉丁文（scientia）意为知识、知识、专家或经验。 科学术语的出现确立科学与非科学之间明确界限。19世纪末和20世纪初，对于知识生成方法的争论注重围绕在“归纳(induction)”和“事实(facts)”、现实主义与反现实主义、假设-演绎主义(hypothetico-deductivism）、理性主义(rationalism)、经验主义(empiricism) 等强大的科学理论体系上。各路思想家及其追随者包括勒内·笛卡尔、弗朗西斯·培根、艾萨克·牛顿等在内各抒己见，形成百花齐放，百家争鸣的局面。
中世纪的神学研究，方法论的形成，配套环境的建立，研究领域和问题的显现，使现代科学呈蓄势待发之势。
2. 基督教的根本学说和教义为现代科学的发展建立了学科框架
基督教神学研究不仅启动科学方法论的形成，也激励了科学研究课题的扩展。在现代科学出现之前的启蒙时代，“自然哲学（natural philosophy ）“区别于形而上学和数学，涵盖了简单的科学的雏形领域，是科学好奇心的聚焦地。主要代表思想是亚里士多德和柏拉图思想。另一种思维体系被称为为希腊-阿拉伯学术体系。
正如上一节所评论的那样，基督教信仰并没有那么多地侵蚀自然科学的领域，而是为其形成提供了方法论的辅助。 反之，“自然哲学“又对“圣经”的理解提供了补充说明，使其更加圆满。加入亚里士多德、柏拉图、方济各教和其他学说的争论的是圣经的创世记、宇宙起源、人的起源以及其它重大教义的争论。这些争论点又称为自然哲学理论发张的框架。对教义的批判性思维同时也孕育了一个思想开放自由辩论的沃土。
在基督教教义的框架内，“自然哲学”思想被重新审视，审核和构建，取其精华，去其糟粕。两种世界观不断融合，形成更圆满的知识体系。很多理论也被纳入了神学校，大学的课程中。在自由辩论的沃土中，“自然哲学“ 研究的深度和广度在不断扩充。现代科学作为一个庞大的知识体系开始了与方法论的发展齐头并进，蓬勃发展的新时代。
中世纪的教会绝不是科学的敌人，而像是个博导和博士研究生的关系。从结果也不难发现，最受基督教信仰支配的时代，中世纪，是人类最伟大的发明时代之一。机械钟、眼镜、印刷和会计像雨后春笋般在中世纪晚期不断涌现。在物理学领域，学者们在哥白尼和伽利略的著作中发现了关于加速运动、地球自转和惯性的中世纪理论。即使是所谓的“黑暗时代”（从公元500年到1000年），即继罗马陷落后的低谷时期，科学的进步也没有停歇。随着重型犁、马项圈、水车、风车，作物轮作和水磨机的使用，农业生产力取得突飞猛进。修道院试验农业技术与大学新的理论和实验研究之间，欧洲发展了一种新的认识自然并使之符合人类目的的方式。所有这些都把学习、农业生产和贸易提升到了一个新的水平。这也导致欧洲人口的迅速增加。
文艺复兴时期，是“自然哲学“的极大繁荣扩展期（这个时期本身的出现也与基督教的思维模式密不可分）。基督教国家为科学的探究和理论的形成提供了多方面的支持。神学大学研究机构的成立和赞助，在大学、圣经学校里的不固步自封，抱残守缺的自由研讨辩论的氛围，以及技术和思维探索的方法论的发展，使得对科学兴趣，领域和研究方法的发展生根发芽。在这一时期，科学与宗教还没有完全区分开来。 与神学宗旨相符，自然哲学家们在专心地完成他们的事业，即探究上帝的意图，研究他的创造。这些领域包括我们现在所承认的知识领域如自然哲学，自然史，宗教学，炼金术，占星学和魔术。现代科学的雏形与非亚里士多德主义、新柏拉图主义、以及魔法炼金术、怀疑主义，等伪科学牛骥同皁，鱼龙混杂。像牛顿这样的科学先驱们还没有把自己看成是科学家。从16世纪末开始，“自然哲学“逐渐转向近代和之后的现代科学。在大学里传统的亚里士多德体系或标准大学课程扩展了新的内容、新的课题和学习方式。“自然哲学”也渐渐摆脱神学的框架，
中世纪的许多神职人员成为现代科学的先驱被称为“牧师-科学家“。他们一直是天文学、遗传学、地磁学、气象学、地震学和太阳物理学的领军人物之一，很多人成为这些”学科之父“。比如数学家和哲学家约翰·布里丹、尼科尔·奥雷斯梅和罗杰·培根，基因学的先驱奥古斯丁修道院院长格雷戈·孟德尔，第一个提出前期”大爆炸理论“的比利时牧师乔治·莱马特尔等等。
最值得一提的是天主教耶稣会对于科学的贡献。耶稣会（The Society of Jesus）是天主教会的一个宗教团体。这些成员被称为耶稣会士（Jesuits）。耶稣会在世界上许多国家从事教育、研究、医院和文化方面的工作。有很多成员也到过中国。最著名的是利玛窦，郎世宁，汤若望、南怀仁等。到1556年耶稣会创始人伊格纳修斯去世时，耶稣会士已经在世界三大洲经营着74所学院。
他们中的许多人对现代科学的发展作出了重大贡献。例如，耶稣会士对地震有专注的研究，所以有时地震学被称为“耶稣会科学”。耶稣会士被形容为“17世纪实验室物理学最重要的贡献者”。截止到18世纪，耶稣会士为钟摆钟、受电弓、气压计、反射望远镜和显微镜，磁性、光学和电等科学领域做出了贡献。他们对血液的循环、飞行的理论可能性、月球影响潮汐的方式以及光波一样的性质有深刻的研究。在文化上，耶稣会士将拉丁文、希腊文、古典文学、诗歌和哲学以及非欧洲语言、科学和艺术的研究标准化。此外，耶稣会学校鼓励学习白话文学和修辞学，从而成为培训律师和公职人员的重要中心。今天，耶稣会学院和大学遍布世界一百多个国家。
更多的是涉及科学的天主教之外的非教职人员。比如发现放射性物质的亨利·贝克勒尔；电力和电信的先驱加尔瓦尼、伏尔塔、安培、马可尼；“现代化学之父”拉瓦西；现代人体解剖学创始人维萨利乌斯；奠定微积分严格基础的数学家之一柯西； 国际法之父弗朗西斯科·德维托利亚；科学经济学的“奠基人“约瑟夫·熊彼特。另外还有许多承认自己为基督徒的中世纪著名的历史人物和影响西方科学的科学家，如哥白尼、伽利略、开普勒、牛顿和博伊尔。
3. 基督教极力鼓励和支持西方国家学校、大学，研究机构的形成为现代科学的繁荣奠定了物质基础。
中世纪欧洲大学的创立，对现代科学的发展起着至关重要的作用。最初，僧侣们在修道院里工作。这是欧洲唯一研究、保存和传播知识的机构。之后教会开始建造学校，首先是小学，然后是中学。最终，基督教学校演变成大学，和高等研究学府。教会对宗教研究机构的支持有几种形式。其中一个是经济上的。在法国大革命之前，天主教会一直是科学研究的主要赞助者。从中世纪开始，它支付了牧师、僧侣和修士在大学学习的费用。教会坚持认为科学和数学应该是教学大纲的一个必修课。希腊-阿拉伯“自然哲学”也被加入作为是辅助信仰研究的基本工具。
11，12世纪欧洲最早大学在天主教会的赞助下迅速成长。这些大学或教堂学校的研究项目是早期的修道院研究的延续。教堂学校成为现代大学的前身。欧洲最早的大学是以公司行会结构出现的，包括意大利波伦亚大学（1088）， 巴黎大学（1150）和牛津大学（1167）。它们开始于教会附属机构，之后逐渐独立出来形成自我经营管理的研究学院。
在这些机构中，研究范围广泛包括基督教的神学思想、哲学、法律、人类学、社会学、数学、物理学、历史、医学、自然哲学、数学、音乐、历史和艺术、医护学、医学、炼金术、天文学、化学、人类学、音乐和艺术等学科。这些学科也是现代科学的前身。
在其悠久的历史中，除了教育，基督教的教会也是社会服务的主要提供者。包括儿童收容，贫苦和病人的救济， 医疗，艺术、文化和哲学等。对社会有深远影响的政治和宗教领导人物也多出自教会。在现代社会，新教徒教派也积极参与进来，以基督教的名义在世界各地建立了大量的医院、大学、孤儿院、施舍所和学校。现在西方国家，政府越来越多地为穷人和弱势群体提供资助，但教会的影响仍然在世界各地持续，维持着庞大的慈善卫生保健网络。这些机构在由牧师、修女和教徒们管理了几个世纪之后，越来越多地由非教职人员管理了。
4. 总结
在西方，阅读、理解圣经在某种程度就如中国的四书五经，是识字的开始，也是儿童认识世界的起点。基督教传统认为理性与信仰是和谐的，基督教批判性思维的能力来自理性地分析圣经教义的传统。圣经人物，作者很多都是批判性思维的大师。基督教批判性思维为西方文化中出现现代的科学的思维体系奠定了基础。而这些都来自圣经。圣经是西方认识论的中心，是西方文明的开始，也是最终带动整个世界进步的火车头。而对基督徒来说，这是圣灵的启示。批判性思维的目的是辨别和区分上帝的旨意，而不仅仅是为了获得知识或取悦自己。对于圣经批判性的研究，为基督教神学研究以及在神学基础上建立的世界观打开了眼界，形成了基督教开放性文化。
在基督教世界观的框架下，辩论和质疑，思维自由的大环境中，以古典的希腊-阿拉伯思想体系为主的“自然哲学”与基督教的教义不断融合，汰劣留良，为现代科学的发展，领域的延伸，经验检验体系的科学的方法论的形成奠定了基础。以神学研究为起点，在中世纪的欧洲，尤其是文艺复兴期间，研究机构，大学，科学技术，农业生产力都取得了突飞猛进的发展。一个以往十分荒凉的大陆，变得充满生计，到处都是研究院，学校、大学、农场、商店。
这种批判性思维的心态，以及宽容，自由辩论质疑的开放性文化，是现代科学诞生在西方的原因。在世界其他文化，包括中国的孔子文化中都非常欠缺。由于思维的局限性，孔子文化的研究的对象几个世纪以来仍然局限于哲学、教育、治国、社会和文化的主题。对于自然科学的研究在中国历史的长河中足迹罕见。只有近代，在西方势力的推动下才开始发展起来。圣经对我们生活和整个世界的深远影响，不仅使中国文化，也足以使世界任何文化相形见绌。
