《竹書紀年》如此重要的一部學術著作，在傳承了六百年之後，為何會在宋代又一次亡佚呢？完全可以想象的出來，當《竹書紀年》出土之後，給當時的思想學術界會帶來何等巨大的震動。儒學成為國學，宋朝二程、朱熹一派的理學居於正統。與儒家史學體系衝突極大的《竹書》理所當然地被宋儒視為異端邪說，必欲除之而後快，清代朱右曾所著的《汲冢紀年存真》序中一針見血地指出：“學者錮於所習，以與《太史公書》及漢世經師傳說乖牾，遂不復研尋，徒資異論。越六百餘歲而是書復亡。”與這一趨勢相吻合，《竹書紀年》在安史之亂到唐末五代傳抄本逐步開始散佚，宋代的《崇文總目》、《郡齋讀書志》、《直齋書錄解題》已不加著錄。可以說，《竹書》在宋代的亡佚絕非偶然。
原來《竹書紀年》相對於漢儒經典太異類了。實際情況是，《竹書紀年》衝破了儒家古代歷史體系。讓我們以禪讓為例來說明這一點。禪讓在儒家倫理道德治國體系中的作用十分重要，它是以禮以仁治國的典範。《竹書紀年》上說：“昔堯德衰，為舜所囚”，還說“后稷放帝朱于丹水”后稷就是棄，周人始祖，舜的親信，顯然是舜監禁了堯，流放了堯的兒子才登上王位的，哪裡有什麼禪讓？
關於商王朝重要輔臣伊尹，根據《竹書紀年》記載，伊尹放逐了商湯的長孫“太甲”自立，太甲在桐宮被關了兩年多，後來趁機從桐宮逃回王都，殺了伊尹，恢復了王位，還寬宏大量地對待伊尹的兩個兒子，讓他們分了伊尹的田宅。原文是：“伊尹放太甲於桐，尹乃自立，暨及位於太甲七年,太甲潛出自桐，殺伊尹，乃立其子伊陟、伊奮，命復其父之田宅而中分之。”
但在儒家的史料中，故事變成了這樣：太甲繼承王位後不聽伊尹的勸告，胡作非為起來，太甲被伊尹關在桐宮，深為悔恨，終於改邪歸正，有了良好的表現，於是伊尹又把他迎回都城。伊尹稱讚太甲悔過自新。太甲則回答：“過去我曾經違背您的教導，將來希望您繼續指導我走正路。上天製造的災禍，還可以躲避；我自己製造的災禍，就沒有辦法逃脫了（天作孽，可違也；自作孽，不可以逭，《尚書·商書·太甲》）。”由是，發動宮廷政變篡奪王位的伊尹一下子成了大公無私的聖人。以上對點，和正統是完全不同的。
歷史上的盜墓行為，有時也可以導致重要的文化發現。秦始皇焚書，真正產生滅絕性後果的是戰國時期除秦之外各國史記的被毀。歷代史學家對此痛心不已。然而西晉初年，這種損失居然出人意料地得到了些微小的彌補。相信考古不斷有新發現，竹書、帛書不斷問世，象銀雀山、睡虎地等，史學家開放的心態，一定可以還歷史一個真面目。
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