《竹书纪年》如此重要的一部学术著作，在传承了六百年之后，为何会在宋代又一次亡佚呢？完全可以想象的出来，当《竹书纪年》出土之后，给当时的思想学术界会带来何等巨大的震动。儒学成为国学，宋朝二程、朱熹一派的理学居于正统。与儒家史学体系冲突极大的《竹书》理所当然地被宋儒视为异端邪说，必欲除之而后快，清代朱右曾所著的《汲冢纪年存真》序中一针见血地指出：“学者锢于所习，以与《太史公书》及汉世经师传说乖牾，遂不复研寻，徒资异论。越六百余岁而是书复亡。”与这一趋势相吻合，《竹书纪年》在安史之乱到唐末五代传抄本逐步开始散佚，宋代的《崇文总目》、《郡斋读书志》、《直斋书录解题》已不加著录。可以说，《竹书》在宋代的亡佚绝非偶然。
原来《竹书纪年》相对于汉儒经典太异类了。实际情况是，《竹书纪年》冲破了儒家古代历史体系。让我们以禅让为例来说明这一点。禅让在儒家伦理道德治国体系中的作用十分重要，它是以礼以仁治国的典范。《竹书纪年》上说：“昔尧德衰，为舜所囚”，还说“后稷放帝朱于丹水”后稷就是弃，周人始祖，舜的亲信，显然是舜监禁了尧，流放了尧的儿子才登上王位的，哪里有什么禅让？
关于商王朝重要辅臣伊尹，根据《竹书纪年》记载，伊尹放逐了商汤的长孙“太甲”自立，太甲在桐宫被关了两年多，后来趁机从桐宫逃回王都，杀了伊尹，恢复了王位，还宽宏大量地对待伊尹的两个儿子，让他们分了伊尹的田宅。原文是：“伊尹放太甲于桐，尹乃自立，暨及位于太甲七年,太甲潜出自桐，杀伊尹，乃立其子伊陟、伊奋，命复其父之田宅而中分之。”
但在儒家的史料中，故事变成了这样：太甲继承王位后不听伊尹的劝告，胡作非为起来，太甲被伊尹关在桐宫，深为悔恨，终于改邪归正，有了良好的表现，于是伊尹又把他迎回都城。伊尹称赞太甲悔过自新。太甲则回答：“过去我曾经违背您的教导，将来希望您继续指导我走正路。上天制造的灾祸，还可以躲避；我自己制造的灾祸，就没有办法逃脱了（天作孽，可违也；自作孽，不可以逭，《尚书·商书·太甲》）。”由是，发动宫廷政变篡夺王位的伊尹一下子成了大公无私的圣人。以上对点，和正统是完全不同的。
历史上的盗墓行为，有时也可以导致重要的文化发现。秦始皇焚书，真正产生灭绝性后果的是战国时期除秦之外各国史记的被毁。历代史学家对此痛心不已。然而西晋初年，这种损失居然出人意料地得到了些微小的弥补。相信考古不断有新发现，竹书、帛书不断问世，象银雀山、睡虎地等，史学家开放的心态，一定可以还历史一个真面目。
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