2006年，CFDA的藥品不良反應信息通報已經針對利巴韋林的安全性問題進行了通報。
CFDA認為，鑑於利巴韋林臨床應用廣泛，使用量較大，在此提醒相關專業人員對其生殖毒性和溶血性貧血等安全性問題予以關注。
利巴韋林在臨床應用也有很多爭議備受關注，很多專家對此都有自己的看法。
一、育齡期女性，不推薦使用利巴韋林
對於育齡期的女性而言，這個藥確實弊嚴重大於利。如果在不知道自己懷孕的情況下，用了利巴韋林這個致畸風險很高的藥，結果很有可能就是遺憾。
致畸作用——非常明確
已經充分的動物研究證實利巴韋林有明顯的致突變和胚胎毒性，而且在低於人體用量的 1/20 時即可出現。
1987~2005年世界衛生組織的藥物不良反應監測報告數據庫檢索結果顯示，可能由於使用利巴韋林而引起機體不良反應的6649例病例報告中，出現胎兒異常者共有96例，其中死胎56 例，胎兒畸形21例（見下表），其餘19 例表現為軟骨、痣、腦積水、先天性疝等。
二、兒童感冒，慎用利巴韋林
普通感冒大部分是由病毒引起的，包括鼻病毒、冠狀病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等，其中鼻病毒是最常見的病原體。
利巴韋林，屬於抗病毒藥，“適用於呼吸道合胞病毒引起的病毒性肺炎與支氣管炎“，而且“不宜用於未經實驗室確診為呼吸道合胞病毒感染的患者”。——利巴韋林片、注射液藥品說明書。
“利巴韋林不治感冒！不治感冒！不治感冒！重要事情說三遍。”
三、手足口病，能否用利巴韋林？
石浩強藥師認為，利巴韋林並不適用於常規的感冒發熱、流行性感冒及普通病例表現的手足口病。但對於重症的手足口病，利巴韋林仍不失為一個可選的良藥，針對現在尚無特異性抗EV71病毒藥物，利巴韋林作為廣譜抗病毒藥物完全可以發揮其優勢，幫助患兒改善危重病證，儘早脫離危險。
四、男性也要採取避孕措施
利巴韋林有較強的致畸作用，禁用於孕婦和有可能懷孕的婦女，使用過利巴韋林的患者需要至少在停藥6個月內避免懷孕。美國藥品說明書還要求：禁用於妊娠期婦女的男性配偶。
雄性小鼠給予劑量範圍在35～150mg/kg時，可導致明顯的生精管萎縮，精子濃度降低和形態異常的精子數量增加。停藥後3～6個月，生精能力部分恢復。其它幾項毒性試驗也提示，成年大鼠經口給予本品劑量低至16mg/kg時，可引起睪丸損傷。
五、某些患者應拒絕利巴韋林
除妊娠期、哺乳期婦女、妊娠期婦女的男性配偶之外，下列患者也應避免使用利巴韋林：
1、嚴重貧血患者或有心臟病史的患者：有貧血患者用藥後可引起致命或非致命性心肌損害的報道。
2、有胰腺炎症狀或明確有胰腺炎患者不可使用利巴韋林。
3、活動結核患者不宜使用利巴韋林。
4、65歲以上的老人：老年人使用利巴韋林發生貧血的可能性大於年輕患者，因老年人腎功能多有下降，容易導致蓄積。
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