一、鄧萃英
任職時間：1920.12—1921.05
鄧萃英為廈門大學首任校長，學術上被推崇為"當代儒宗"和"新聞學"的代表人物，提倡辦大學目的有三：一研究學術，二培養人才，三指導社會。
擔任廈大校長期間管理學校理念同陳嘉庚存在分歧，且不願辭去教育部的公職，掛職校長不足半年，匆忙辭職返回北京。
二、林文慶
任職時間：1921.06—1937.07
林文慶為奠定廈大發展基石的真正"首任校長"，他是一代名醫，又是勇於開拓的企業家；是雄辯滔滔的立法議員，也是移風易俗的社會改革家和教育家；是忠實的新加坡國民，不知疲倦地為僑居地華人請命，又是赤誠的民族主義者，始終心繫故國。
林文慶提出用"止於至善"作為廈大校訓，在廈大任職16年，在廈門島上荒涼的一角，建立起一座規模宏大的學府，校內設施，院系組織、課程設置以及教授的延聘，都參照歐美大學而改進，使廈大成為全國聞名的立案私立大學。
林文慶對廈門大學的貢獻是有爭議的，在他的任內，發生了師生出走到上海成立大夏大學的事件，這在中國大學發展史上也算是重要的大事，因為和有些教授不和，魯迅、林語堂的離走都與他的辦學管理有關。
三、薩本棟
任職時間：1937.07—1945.08
國立廈門大學第一任校長，物理學家、電機工程專家、教育家，曾創造性地將並矢方法和數學中復矢量應用於解決三相電路問題，得到當時國際電工界的高度評價。
薩本棟，也是民族危機中的優秀大學校長，抗戰期間為建設廈門大學作出了重要貢獻，特別是廈門大學內遷到閩粵贛交界的山城長汀時，他言傳身教，慘淡經營，廈門大學在長汀時期形成了勤奮、樸實、嚴謹、和睦的好風氣，校務蒸蒸日上，學生的學業成績顯著提高。廈門大學不僅成為祖國東南區唯一最高學府，且為國內最完備大學之一。
四、汪德耀
任職時間：1945.09—1949.10
汪德耀，關於動植物細胞在某些分化過程中主要細胞器——高爾基體、線粒體、微管系統的變化規律及其功能以及核質相互關係的研究等成果，引起國內外同行專家的關注。
汪德耀的治校思想：大學之大必須有多科系、文理工法商等滲透的大學。大學之大必須有一批學術帶頭人，兼容各種學派，對學生而言，必須使學生活躍於大學海洋創造性思維，從而追求自強不息，止於至善。在其任內，廈大增設航空工程學系，海洋學系、外文系和國際貿易系等等，廈大成為全新的綜合性大學。
五、王亞南
任職時間：1950.05—1969.11
王亞南，現代中國著名的經濟學家和教育家，把畢生精力都投入到經濟學的研究中，在著述中，他創造性地應用馬克思主義的基本原理研究中國的歷史和現狀，倡導建立"中國經濟學"，在理論上反對按圖索驥似地套用現成公式，在實踐中反對削足適履似地去應用。為馬克思主義經濟學在中國的運用和發展作出了重要貢獻。
任廈大校長期間，主張辦學應該：一、教學為主，兼顧科研；二、文科理科，不可偏廢；三、發揚優勢，辦出特色，主張廈大應該從校情出發，根據自己的傳統優勢，因地制宜地創建富有特色的大學。
六、曾鳴
任職時間：1978.04—1982.02
曾鳴，1937年加入中國共產黨。曾任中共廣東省南山邊區委書記、鹽阜地委黨校校委書記、鹽城縣委書記。建國後，歷任中共福建省委黨校副校長、黨委書記，福建師範學院黨委書記，廈門大學黨委書記、校長，中共福建省委宣傳部副部長，福建省第六屆人大常委會副主任，未有影響性的著作或辦學主張傳世。
七、田昭武
任職時間：1982.02—1989.09
田昭武，物理化學家，廈門大學教授，中國科學院院士，第三世界科學院院士，固體表面物理化學國家重點實驗室名譽主任，國際電化學學會副主席。
田昭武擔任廈門大學校長期間，興辦了研究生院、固體表面物理化學國家重點實驗室、廈門大學出版社、政法學院、經濟學院、技術科學學院、藝術教育學院和國際教育中心等。他努力發展國家四化需要的學科，加強外語和計算機教學，培養並破格提拔優秀年青教師，培養了一支優秀的年輕教師隊伍，為提高廈門大學學術水平而努力。
八、林祖賡
任職時間：1990.07—1999.04
林祖賡歷任廈門大學副教授、教授、科研處處長、教務長、副校長、校長，中國宇航學會空間能源委員會第三屆副主任委員，專於電化學，參加完成電極過程和等效電路理論研究。
林祖賡擔任廈門大學校長期間，十分重視密切學校與地方政府的關係，加強學校為地方經濟和社會發展服務，促成了廈門市政府、福建省政府先後與國家教委簽訂共建廈門大學協議書，與廈門市合辦廈門大學工學院，聯辦醫學院，與福建省共建海洋與環境學院，與廈門太古飛機維修公司合辦飛機維修專業等，使廈門大學成為國內學科門類最為齊全的高校之一，帶動了一批面向21世紀的新興學科的形成。他十分重視人才，制定了一系列人才引進與中青年培養的優惠政策，近幾年來新增了國內外博士160多人。他積極推行辦學體制、校內管理體制等各項改革，大力開展學科建設和師資隊伍建設，為廈門大學各項事業的蓬勃發展做出了突出的貢獻。
九、陳傳鴻
任職時間：1999.04—2003.05
陳傳鴻為廈門大學第九任校長，曾擔任福建物理學會理事，廈門物理學會副理事、福建省留學生同學會副會長，福建省第八屆政協委員，廈門市第十二屆人大代表，廈門市科學技術協會原主席、名譽主席等職務。
陳傳鴻在任期間，他積極推進學校發展，確定了廈門大學建設為世界知名大學的目標，並規劃了廈門大學漳州校區的建設。
十、朱崇實
2003.05—2017.07
朱崇實為廈門大學第十任校長，兼任廈門市社會科學聯合會主席、福建省社科聯副主席、中國法學會經濟法研究會副會長和廈門大學漢語國際推廣南方基地理事長等。
朱崇實在任期間，主張本科教學工作的基礎性地位，堅持教學與科研相統一；主張堅持以學生為本的教育觀，努力推進人才培養的多樣化；主張堅持正確的教育質量觀，確立多元的精英教育質量標準；主張堅持以學生為本的教育觀，構建靈活彈性的人才培養機制；主張堅持以教師為主導的師生觀，推進教學運行機制改革。
十一、張榮
任職時間：2017.07—至今
略。
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