隨著精準醫學時代的到來，二代測序技術（NGS）得以迅猛發展，並在臨床實踐中扮演著越來越重要的角色。腫瘤 NGS 技術中的液體活檢——ctDNA 檢測憑藉其樣本可及性、可持續性、可消除異質性等特點，正成為腫瘤組織 NGS 的重要補充，並有望取代組織活檢所無法實現的功能，如腫瘤動態監測。不過，要實現腫瘤動態監測，必須要求 ctDNA 檢測平臺具有極高的可靠性、特異性及靈敏度，同時要求平臺在數據分析階段具有獨到的生物信息學技術，從而才能把極其微弱的 ctDNA 信息從繁雜的背景噪音中呈現出來。AVENIO Surveillance ctDNA 檢測平臺自去年成功上市後，已在 ASCO、WCLC 等頂級學術舞臺上展現了其特有的動態監測技術，是目前唯一得到大型臨床研究數據驗證的商業化產品。在今年的 AACR 大會上，AVENIO Surveillance ctDNA 平臺再次將腫瘤動態監測演繹至新的高度，同時進一步降低了檢測成本，讓長期、連續監測成為可能，因此受到了業界的廣泛關注。
Poster 4574/1：採用 AVENIO ctDNA 檢測試劑盒從小於單細胞當量的液體活檢標本中檢測微小殘留病灶
對 cfDNA 中 MRD 進行超敏感性檢測的關鍵在於聯合利用多突變位點信息：如果僅對單個變異進行檢測，每個腫瘤細胞僅能貢獻 1 個分子；如果同時檢測 10 個變異，每個細胞則可以貢獻 10 個分子，理論上可以使得檢測效能增加 10 倍。基於這一理論，多基因檢測試劑盒的 LOD 顯著低於單基因檢測。
本研究採用羅氏診斷研發的 AVENIO ctDNA Surveillance Kit，該試劑盒專為腫瘤負荷監測而優化，以期改善從小於單細胞當量的液體活檢標本中檢測 ctDNA 的 LOD。本研究評估了 AVENIO ctDNA Surveillance Kit 在 95% 特異性下，檢測不同等位基因突變頻率（VAFs）的敏感性。
敏感性評估實驗設計
圖 1. 評估 AVENIO ctDNA Surveillance kit 檢測 MRD 的敏感性
敏感性分析結果
1. 常規檢測效能：當上樣量為 50ng，測序量為 100M Reads 時，對於 6 個突變位點的樣本（Surveillance Panel 中位可檢測出的突變數）可以以 95% 的敏感性檢測出低至 0.01% 的突變。
2. 低上樣量的檢測效能：當上樣量為 10ng，測序量為 40M Reads 時，對於 15 個突變位點的樣本可以以 70% 的敏感性檢測出低至 0.002% 的突變。
3. 最大檢測效能：上樣量為 50ng，測序量為 100M Reads，對於 20 個突變位點的樣本可以以 90% 的敏感性檢測出低至 0.002% 的突變。
如下圖 2 所示。
圖 2. AVENIO ctDNA Surveillance kit 檢測 MRD 的敏感性分析
此次 AACR 上，有關 AVENIO ctDNA 分析試劑盒的另外一篇 poster (Abstract 3648)顯示，除了所推薦的 NextSeq500 測序系統，同樣的文庫在 HiSeq4000 和 HiSeq2500 測序平臺上也表現了卓越的檢測性能，在 0.5% 的 SNV MAF 下的敏感度和陽性預測值（PPV）分別為 100% 和 >99.9%。AVENIO 在 HiSeq 平臺上的可靠性，可以大幅降低測序成本，使其規模性應用於臨床研究更為可及。
此外，在 2017 的 ASCO 大會上，一項研究報道了採用 AVENIO ctDNA Surveillance kit 檢測 145 例 II/III 期 R0 切除術後 CRC 患者的 MRD。這些患者在手術前，有 144 例患者的組織和血漿標本可以檢測到基因變異，在術後 10 天抽取外周血進行檢測。144 例術前檢測到基因變異的患者，11 例術後同樣檢測到基因變異，最低的 VAF 為 0.004%，如下表 1 所示。
表 1. 檢測到基因變異的 11 例患者
研究者進一步分析了術後 ctDNA 與患者預後的關係。結果顯示，術後檢測到 ctDNA 的患者相比於術後未發現 ctDNA 的患者，無復發生存期顯著更短。術後 ctDNA 陽性患者， 3 年內均出現復發，而陰性患者只有 13% 出現復發（P<0.001）。無復發生存對比如下圖 3 所示。
圖 3. 兩組患者的無復發生存對比（P<0.001）
臨床意義
參考文獻
- Performance of the AVENIO ctDNA assays across multiple high throughput next generation sequencing platforms. AACR 2018 abstract 3648.
- Detection of minimal residual disease from less than one cell equivalent in liquid biopsy samples using the AVENIO ctDNA Surveillance Kit. AACR 2018 abstract 4574/1.
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