这个原因还是得从闯军的内部去找，从史料上看闯军最后退出北京城实在是必然之势。
在李自成刚刚攻陷北京的时候，其实军纪尚可。《国榷》记载：“兵政府榜曰：“大师临城，秋毫无犯，敢掠民财者，即磔之。有二贼掠绢肆，磔于市。民闻，大喜传告，安堵如故”。一开始闯军的良好表现是让百姓有所期待的。
可是，闯军的良好表现只是保持了一小段时间。不久，就流寇本性发作，开始荼毒北京城中的百姓。关于这方面的的记载，不管是正史还是野史有很多，想来应该不是空穴来风。
首先我们来看看《明季北略》，在计六奇写的这本书中也写了闯军开始进城时是有良好表现的。可是，“四五日后，恣行杀掠，先令十家一保，如有一家逃亡者，十家同斩。十家之内有富户者，闯贼自行点取籍没；其中下之家，听各贼分掠。又民间马骡铜器，俱责令输营。于是满城百姓，家家倾竭”。
而《甲申传信录》里也记载道。李自成从山海关败归后，“大队入城，全无纪律，人马尽惫矣。贼众遍搜驴骡，无论蹇敝俱尽，益肆淫掠。夜劫妇女，哭声震天。西城妇女填井死者，不可胜计”。
而李自成军的大将刘宗敏的话也印证了闯军确实有劫掠行为。当李自成账下谋士牛金星和顾君恩告诉刘宗敏百姓因为抢劫行为怨声载道后，刘宗敏竟然说：“今但畏军变，不畏民变，我所恃以攻取者，军耳。少失意，则不为我用。若民则易制，稍有动摇，闭户分剿。不烦金鼓，一时可尽，且军兵日费万金，若不强取，从何而给？”刘宗敏这句话突出了他对百姓生命的漠视，北京的百姓只是他抢劫犒劳军队的来源，稍有反抗，即行屠戮。
对待百姓如此，对待前朝大臣更不用说了。崇祯十七年三月二十八日，对前明官员明码标价的派饷，“内阁十万，部院京堂锦衣七万、五万、三万，科道吏部五万、三万，翰林三万、一万，部属以下各以千计”。对这些人刘宗敏更是毫不客气，“一言分辩，即夹”。当然，据《国榷》记载，刘宗敏真可谓是成绩斐然，“宗敏进饷金千万，都督李岩、李牟征不及其半”。
而闯军将领们自进入北京以来便以为天下大定，安于享乐，似乎失去了曾经斗志，我看《甲申传信录》时，一则史料引起了我的注意，话说吴三桂决定反叛李自成后，李自成决定进行讨伐，这时不可思议的一幕出现了，“闯叩刘、李二将，求其出御。二将耽乐已深，无斗意，乃下令亲征”。李自成居然催不动刘宗敏、李过手下两员大将，两位将军由于享乐过甚，不想再去战场，李自成只得下令亲征。
所以，综上所述，李自成军这样的作为实在不能建立一个新兴政权，观其军入城之所为，完全是对百姓和士绅进行残酷之掠夺，满足其私欲。他的部队不是王者之师，而他更没有治国安邦的能力，最后，只能归于失败，正如，宋献策所说：“我主是马上天子，惜其多杀，尚有三年富贵。”言下之意，就是说李自成政权不会长久。
我觉得吴三桂最后选择了清廷和李自成在北京的作为是有很大关系的，以吴三桂这样的人不会为了一个女人而去决定自己的命运，他是极有可能看到了闯军不足以有为，才投靠清廷的。
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