明代宦官的用事，起於成祖。最初，成祖利用京裡的太監刺探消息。尤其是在燕軍渡江時，許多太監逃入燕軍，對宮中情形、朝廷虛實，全部洩露，成祖頗得其力，因而一改前朝法度，開了重用太監的惡例。
在永樂初年，成祖即用太監辦“外交”，遣內官監李興奉敕宣慰暹羅國王；永樂三年（1405）命鄭和通使西洋。鄭和是雲南人，很早就在成祖身邊，即使精明強幹，但通使外國，又何至遣派閹人？可知通使其名，另有目的。
據傳，靖難之役，在燕軍馬上就要攻入皇宮時，朱允炆扮成僧人，神不知鬼不覺地消失在歷史的帷幕下。當時的情形究竟怎樣，數百年來始終是一個謎，因為沒有確實可靠的記載，只能根據各種跡象來推斷。朱允炆是生是死，他是否死在大火中，還是遠走他鄉？
朱允炆是怎麼扮成僧人跑的？其間過程，有不同的版本：一說系近臣為帝去發，相偕出“鬼門”逸去，這個傳說，時日分明，行跡清楚，有頭有尾，枝葉俱全，似乎不能令人不信；另一個說法是一位高僧名溥洽者，為帝剃度。成祖為絕天下人懷念故主之心，故意說他闔宮自焚，隨後“以他事”收捕溥洽下獄，嚴刑逼供。
根據當時的傳說，建文帝做了和尚，遁往西南，可能由雲南出境，轉往南洋。鄭和的使命，就是找這個和尚皇帝的下落。
建文帝做了和尚，或者說扮作和尚出亡，事無可疑。之所成為謎者，是他離京時的情況，以及此後數十年的行蹤。清初修《明史》時，因為“朱三太子”一案，又湮滅了若干真相，使得本來就不甚易解的謎，越發難解。康熙初年的“朱三太子”一案，以清朝的立場而言，“朱三太子”真也是假、假也是假，才可以絕明朝的遺民志士之望，而安定人心。所以在修《明史》時，主張朱允炆焚死之說。其時明史館曾為此事集議辯論，大部分迫於現實，主張“存疑”，以作為對新朝的讓步；小部分堅持出亡之說。而認定“焚死”者，大概僅有一個王鴻緒。王是江蘇松江人，康熙進士，官至工部尚書，曾進呈《明史稿》，即為今《明史》的藍本；《明史稿》原為一代大史筆萬斯同的原作，但在王鴻緒進呈時，為阿附清廷的意旨，改動原稿，成為建文焚死，並自撰《史例議》，力闢出亡之說為妄。錢大昕撰《萬先生斯同傳》，不知其中有此一番偷天換日的伎倆，誤以為萬斯同主焚死之說，而《清史稿·儒林傳》，又採錢說入傳。
到了乾隆年間，“朱三太子”一案早成陳跡，既無顧忌，遂復其真，乾隆四十二年（1777）詔改《明史》“本紀”，建文的“書法”，重定為“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍”，數百年之謎，至此始正式揭出謎底。但修改過的《明史》未有通行本，目前聽見，仍為乾隆四十二年的殿本。
建文帝之謎難解，原因之一是不僅為建文一個人的問題。當燕師入京之日，朝官不願投降的，多在當天夜裡從城上用繩子吊到城外，一夕之間失蹤的著名人士多達40餘人。其中有的列名於成祖的“奸臣榜”中，被抓了回去，有的從此不知所終。然後流言散出，這些人都跟著朱允炆逃跑了，據說有20餘人之多，這些人的下落無人知道。
懷念忠義，兼以好奇，各種各樣的八卦逸聞流傳開來。這些傳說，有一部分被收入《明史》，如“河西傭”“補鍋匠”“雲門僧”“若耶溪僧”“玉山樵者”等等。其中絕大多數為後人杜撰。
其時，在民間對於朱允炆及隨從，有許多神秘的傳說。好事者輯寫成書，最早的一部名為《忠賢奇秘錄》，所記還大致與傳說相符。到了萬曆以後，有兩本書先後出現，那更是在編造故事了。這兩本書，一本叫做《從亡隨筆》，一本叫做《致身錄》，內容大同小異。
後來民間還流傳這樣一個故事：在英宗正統六年（1441），有個老和尚突然去見廣西思恩州知州，大聲說道：“我就是建文帝。”州官大驚，面報藩司，飛章入奏，把這個和尚與其一干人等，解送到京，命御史審問。這和尚說自己九十多歲了，死後想歸葬在孝陵旁邊，所以自首。御史問他，朱允炆在洪武十年出生（1377），應該只有64歲，怎麼說是90餘？於是審出實情，這個和尚名叫楊應祥，自然論死下獄。而另有一說，曾找到一個伺候過朱允炆的大內管辨認過。“建文帝”問道：“你不是太監吳亮嗎？”吳亮不承認，於是又說：“我記得有一次御便殿進膳，是你‘尚食’，我正吃著鵝肉，丟了一片在地上，說賞你吃；你手上拿著酒壺，跪在地上，學狗的樣子，把那片鵝肉舐了吃掉了。你難道不記得這件事？”吳亮一聽這話，伏地大哭，但復旨既不能說真，又不忍說假，左右為難，只好上吊自殺。
這個說法被谷應泰收入《明史紀事本末》，描寫相當生動，而實為不經之談。
終明之世，對於朱允炆的出逃，殆成定論。而錢謙益於此在官史中顯有牴牾的一大事，更煞費苦心，於不悖事實的原則下，為成祖開脫。如“唯是文皇帝之心事，與讓皇帝之至德，三百年臣子，未有能揄揚萬一者”，因而他表而出之，“讓皇帝”為南明對建文所上的尊號，肯定其“遜國”，他的“至德”不需贅述。所謂“文皇帝之心事”，照錢謙益的說法：“明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝於黔而夕於楚也。胡濙之訪張邋遢，舍人而求諸仙，迂其詞以寬之也；鄭和之下西洋，舍近而求諸遠，廣其途以安之也。”意思是說故意放朱允炆一條生路，但又怕朱允炆不明白這個叔叔的意圖，徒事倉皇，未能安居，所以特派鄭和“舍人求仙”“舍近就遠”，作為暗示。問題是成祖有那麼仁厚嗎？
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