辣椒的根系不如番茄、茄子的发达，移栽的辣椒由于主根被切断，生长受到抑制，深度一般在二十五到三十厘米，随着主根的生长，不断形成侧根，主要分布在五到二十厘米深处。所以便形成了，辣椒既不耐旱也不耐涝的特性。
七、八月份间，辣椒苗遇高温干旱，水涝，或突遇阵雨等，会造成凋萎花、果、叶脱落，直至死亡。发现有微调现象，若能及时使用植物生长刺激素abt生根粉进行喷洒，能使植株较快地恢复生长。
配制使用方法0.1克abt生根粉，用酒精化开加入水十五到二十斤，搅拌均匀进行全株喷洒。如有疫病添加64%杀毒矾M8 400倍液。
为了夺取高产，在辣椒苗恢复后应加强管理，遇高温干旱，应小水轻浇或隔行浇水，也叫‘偷浇’。不可大水漫灌，涝天要及时排水，避免阳光直射造成高温，烫死辣椒苗。最好提前间作套种玉米，以便遮荫。
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