關於皇太極是如何繼位的問題，有不同的說法。
一些明清史專家認為，皇太極汗位是從其幼弟多爾袞手中篡奪來的。清人蔣良騏的《東華錄》順治八年（1651）二月己亥詔內載，多爾袞聲稱“太宗文皇帝（皇太極）之位原系奪立”，暗示皇太極篡奪汗位。據說，努爾哈赤生前已立多爾袞為嗣子，而皇太極用陰謀狡詐的手段從其幼弟手中奪取了汗位，為去除篡位障礙，還逼迫多爾袞生母大妃納喇氏死殉。
此說受到一些人懷疑，當時多爾袞才15歲，既無功業，亦無威望，故不可能立多爾袞為嗣。皇太極即位後，對多爾袞“特加愛重”，大力培養提拔，多爾袞對皇太極的恩育萬分感念，盡心盡力輔佐皇太極，勳勞卓著，成為皇太極最得力的助手。皇太極與多爾袞兄弟感情較好，皇太極對多爾袞幹下篡位、殺母的勾當是不太可能的。
有的則認為，皇太極的汗位是通過激烈爭鬥，力克競爭對手而得到的。努爾哈赤死後，皇太極與諸貝勒爭奪汗位的鬥爭白熱化，最後皇太極擊敗對手自立為汗。其間，皇太極與代善的爭鬥尤為激烈，代善有勳績、有聲望也有勢力，長期以來一直是汗位的有力競爭者，皇太極抓住一切機會打擊代善，如利用代善與大妃納喇氏的曖昧關係，推波助瀾，藉助輿論，促使努爾哈赤罷黜大妃，代善威望遭受損害。努爾哈赤死後，又逼大妃死殉，削弱代善的勢力，最後壓服代善，奪取汗位。
還有學者認為，皇太極汗位並非奪立的，而是由諸貝勒推舉產生的。太祖努爾哈赤生前未立嗣子，而是確立了八和碩貝勒共治國政的制度，為汗者須請貝勒推舉產生的。當時諸貝勒中，數皇太極實力最強，努爾哈赤死去當天，代善長子勸代善說：“四大貝勒（皇太極）才德冠世，深契先帝聖心，眾皆悅服，當速繼大位。”代善表示同意。次日，在諸貝勒大臣聚於朝時，代善提議舉皇太極為汗，諸貝勒“皆喜曰善。議遂定，乃合詞請上即位”。
按當時情況，民主推舉皇太極為汗還是有可能的。因為在政治識見、軍事才能和個人威望上，皇太極都高出諸貝勒一籌，推舉才能卓著的皇太極即位是不足為怪的。
明熹宗天啟六年（公元1626年），愛新覺羅·皇太極在諸多貝勒的商議下，被一致推舉、擁戴為皇位繼承人。35歲的愛新覺羅·皇太極在這一年的九月初一正式登上後金的汗位，並決定第二年改元為“天聰”。清太宗天聰十年（公元1636年）四月十一日，愛新覺羅·皇太極將國號改為“大清”，正式稱帝，並改元為“崇德”，女真也改為滿洲。愛新覺羅·皇太極成為了大清王朝的第一個皇帝。
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