公元1259年即蒙古憲宗九年也就是南宋開慶元年8月11日，憲宗蒙哥在四川合州釣魚山病逝。蒙哥的突然去世，引發了一個嚴重的問題，那邊是誰當繼承汗位成為蒙古第五位大汗？忽必烈？還是阿里不哥？請容小編慢慢道來。
汗位之爭
蒙哥死後，忽必烈的正妻察必派使者密報，和林眾臣謀立忽必烈之弟阿里不哥，而且阿里不哥已經派阿藍答兒在開平附近調兵，脫裡赤在燕京附近徵集民兵，使者催促忽必烈早日北還。
11月17日，儒臣郝經上《班師議》，陳述必須立即退兵的理由，堅定了忽必烈退兵北返的決心。忽必烈聲稱要進攻南宋首都臨安，留大將繼續對鄂州的圍攻，增加對南宋的軍事壓力，南宋丞相賈似道派使者請和，約定南宋割地，並且送歲幣，忽必烈於是在當日撤兵北返。
中統元年（南宋景定元年、1260年）1月4日，忽必烈率軍抵達燕京，解散了脫裡赤徵集的民兵，“民心大悅”。忽必烈率軍在燕京近郊駐紮，度過整個冬天，並積極和諸王聯絡，準備在中統元年（南宋景定元年、1260年）春天召開庫裡臺大會，舉行登基大典。
中統元年（南宋景定元年、1260年）5月5日，忽必烈登基成為大蒙古國皇帝即蒙古帝國大汗。
另一方面阿里不哥駐守在大蒙古國首都哈拉和林，素來反對忽必烈的漢化政策。1260年5月5日，忽必烈在精兵擁立下於中原開平自立為大汗；阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土貴族推舉為大蒙古國大汗。雙方遂展開激烈內戰，歷時達四年之久。
1261年，忽必烈佔領哈拉和林後再次發兵進攻，大敗阿里布哥軍於昔木土腦兒。1264年8月21日阿里不哥力竭投降，被忽必烈幽禁。
漢化的忽必烈
忽必烈與阿里不哥分別代表當時蒙古貴族的兩種傾向。阿里不哥堅持蒙古的古老傳統，忽必烈則開始適度漢化。
忽必烈還在潛邸時，就已結識中原文士，熟悉中原漢地的情況。在他的王府中，聚集了一大批以漢族為主的知識分子，成為忽必烈的幕僚。
早在窩闊臺大汗時期就已投靠蒙古貴族的漢族知識分子竇默和姚樞等先後被忽必烈招聘重用。竇默為忽必烈講解三綱五常、正心誠意之說；姚樞為忽必烈講解儒家治國平天下之道。
忽必烈在和林結識的僧人子聰（後賜名劉秉忠），是一個於書無所不讀、論天下事如指掌的人，由於他博學多能，善於出謀劃策，深受忽必烈重視。南宋淳佑十年（1250年），他向忽必烈上萬言策，提出：治亂之道，系乎天而由乎人，以馬上取天下，不可以馬上治。主張改革當時的弊政，減賦稅差役，勸農桑，興學校等。
蒙哥即位後不久即任命忽必烈負責總領漠南漢地事務 忽必烈在這段時間內任用了大批漢族幕僚和儒士，如劉秉忠、許衡、姚樞、郝經、張文謙、竇默、趙璧等等，並提出了“行漢法”的主張。
儒士元好問和張德輝還請求忽必烈接受“儒教大宗師”的稱號，忽必烈悅而受之。忽必烈尊崇儒學，“聖度優宏，開白炳烺，好儒術，喜衣冠，崇禮讓。”
忽必烈在總理漠南蒙古過程中，通過崇儒漢化，盡收漢族知識分子及漢地人心，使他在與阿里不哥之爭的過程中能調動更多的人力物力，資源優勢，並最終奪得汗位。
知識延伸：忽裡臺大會
1206年成吉思汗建立蒙古國後，忽裡臺大會成為蒙古國的最高國事會議，主要職能為推舉大汗。由於鐵木真是通過該會議被推舉為大汗的，以後歷朝大汗繼位，都按照這個傳統由忽裡臺大會推戴。
初期幾任大汗皆由該會議推舉產生或認可通過，直至忽必烈時期，蒙古黃金家族內部爭位鬥爭空前緊張，成功奪得汗位的忽必烈繼位後再也不曾召開忽裡臺大會。也正是對於忽必烈此舉的反對以及對其過分偏向中原政策的反感，大蒙古帝國趨於分裂，使得四大汗國雖名義上為元朝屬國，但已經基本與中原有分別主權。
從本質上來說，忽裡臺大會與不斷加強的帝國皇帝專制中央集權有巨大沖突從而導致其正統性於後世遭受嚴重挑戰。忽必烈以後，效仿中原的皇帝世襲逐漸成為正統，忽裡臺大會推舉最高統治者也成為蒙古國早期的傳統而逐漸淡出歷史。
戰爭影響
這次內戰導致了蒙古內部的巨大分裂。當時的蒙古各大汗國中，欽察汗國、察合臺汗國、窩闊臺汗國都支持阿里不哥，唯有伊爾汗國支持忽必烈。阿里不哥失敗後各大汗國紛紛獨立。
蒙古雖打下了巨大的土地面積，卻沒有了統一的政權。這次紛爭，客觀上為蒙古軍事貴族中主張“祖述變通”以“補偏救弊”的一派把統治中心從磧北移至漠南，從而更加便利於他們採納漢法，加強對中原的統治，提供了一個適逢其時的契機。
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