据传法门寺始建于东汉明帝十一年（68年），周魏以前原名也叫“阿育王寺”，隋改称“成实道场”，唐初改名“法门寺”，被誉为“皇家寺庙”，因安置释迦牟尼佛指骨舍利而成为举国仰望的佛教圣地。
法门寺始建于东汉末年恒灵年间，法门寺因舍利而置塔，因塔而建寺，原名阿育王寺。释迦牟尼佛灭度后，遗体火化结成舍利。公元前三世纪，阿育王统一印度后，为弘扬佛法，将佛的舍利分成八万四千份，使诸鬼神于南阎浮提，分送世界各国建塔供奉。中国有十九处，法门寺为第五处。公元558年，北魏皇室后裔拓跋育曾扩建，并于元魏二年（494年）首次开塔瞻礼舍利。隋文帝开皇三年（583）改称“成实道场”，仁寿二年（602年）右内史李敏二次开塔瞻礼。 唐高祖李渊武德七年（625年）敕建并改名“法门寺”。唐贞观年间曾三次开塔就地瞻礼舍利。原塔俗名“圣冢”，后改建成四级木塔。高宗显庆年间修成瑰琳宫二十四院，建筑极为壮观。
唐代200多年间，先后有高宗、武后、中宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗和僖宗八位皇帝六迎二送供养佛指舍利。每次迎送声势浩大，朝野轰动，皇帝顶礼膜拜，等级之高，绝无仅有。据史载 “三十年一开，则岁丰人和”，可干戈平息，国泰民安，风调雨顺。咸通十五年（874）正月四日，唐僖宗李儇最后一次送还佛骨时，按照佛教仪轨，将佛指舍利及数千件稀世珍宝一同封入塔下地宫，用唐密曼荼罗结坛供养。唐代诸帝笃信佛法，对舍利虔诚供养，寺院大小乘并弘，显密圆融，使法门寺成为皇家寺院及举世仰望的佛教圣地。佛塔被誉为“护国真身宝塔”。
宋代法门寺承袭了唐代皇家寺院之宏阔气势，被恢复到最大规模，当时仅二十四院之一的“浴室院”即可日浴千人。宋徽宗曾手书“皇帝佛国”四字于山门之上。金元之际，法门寺仍是关中名刹，“藏经碑”中有寺僧抄写大藏经5000卷之记载。金人也刻“诗碑”盛赞其寺塔：“三级风檐压鲁地，九盘轮相壮秦川”。
明清以后，法门寺逐渐衰落。明隆庆三年（1569），历经数百年历史的唐代四级木塔崩塌。明神宗万历七年（1579），地方绅士杨禹臣、党万良等捐资修塔，历时30年建成八棱十三级砖塔，高四十七米，极为壮观。清顺治十一年（1654）因地震塔体倾斜裂缝。民国二十八年（1939）在爱国志士朱子桥先生的主持下，完成了晚明以来最大规模的维修。文革期间，红卫兵欲挖地开塔，良卿法师点火自焚，用自己的生命保护了塔下珍宝。
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