對於軍民融合的發展有著名的“兩隻手”理論，就是既要發揮國家主導作用，又要發揮市場運作的作用。這就是說軍民融合的發展，既是國家意志，又必須遵循市場規律。從前期我國的“軍民結合”到“寓軍於民”，再到“軍民融合”，歷史經驗表明，單純依靠政府主導，體制機制障礙、行業壁壘、融合堅冰等問題仍將繼續存在，軍民融合也將繼續停留表面，無法向深度發展。
所以，推進軍民融合深度發展，必須藉助政府和市場“兩隻手”的力量，讓政府的“有形之手”和市場的“無形之手”在各自領域扮演不同角色，發揮各自優勢，施展各自“才能”。那麼，在軍民融合實施過程中，政府和市場角色、職能等應該如何定位呢？
一、各歸其位、各司其職，誰的領域誰主導，誰的任務誰領走。
軍民融合事業不是政府一肩挑，不是通過行政手段就能“擺平”一切事務，政府的作用主要體現在對發展方向、體制創新、政策供給、法治保障、運行環境和服務保障等方面發揮主導作用。
即使在政府內部，不同部門也應有不同分工，比如發改委在項目用地、財政資金方面發揮職能，科技局在科技成果轉移轉化方面給予政策支持等。軍民融合不是單要素髮展的事業，涉及經濟與國防建設的多個領域與行業，不可避免會出現政府部門之間職責不清晰、溝通不順暢、落實不到位等情況出現，造成軍民融合事務推進不順暢的局面。
2017年1月22日，中央軍民融合發展委員會成立；2018年5月16日，中共湖北省委軍民融合發展委員會辦公室揭牌成立；2018年6月12日，中共浙江省委軍民融合發展委員會辦公室揭牌成立......作為軍民融合發展問題的決策和議事協調機構，它們的成立必將在政府一端給軍民融合發展打通“任督二脈”。
反觀市場，市場是連接軍事需求與社會供給的基本紐帶，軍民融合中的具體事務、具體工作，應交給市場去管，通過市場來引導社會主體在追求自身利益的同時實現國家期望的融合目的。
作為第三方服務機構的山東軍地集團在輔導企業軍工資質辦理和產品進軍工等方面發揮積極作用，像這樣的市場化手段在軍民融合上升為國家戰略後發揮著越來越重要的作用。
二、發揮各自優勢，開穩軍民融合大船。
軍民融合領域是軍與民的“結合地帶”，在重大基礎設施領域，政府不但應提出具體要求，而且還要強化支出責任，給予資金補償和投資補助。在專業化分工和社會協作方面，市場手段通過利用多元投資、多方技術、多種力量來搞好一般配套能力建設。
政府應該“抓大放小”，在宏觀層面發揮政策引導、資源支配的優勢；市場充分發揮市場資源配置的獨特優勢，通過這隻“無形的手”加速各要素、資源間的流通，提高融合效率。市場化手段運作的軍民科技融合網在科技成果對接、落地等方面起到“催化劑”、“潤滑劑”作用，加大提高了科技成果轉移轉化效率。
另外，國防基礎科研具有研發週期長、投資大、風險高、見效慢的特點，市場機制在此領域是“失靈”的，必須加大政府投入以形成持續穩定的支持。
三、找到政府與市場的最佳契合點，協同發力才能更省力。
比如，在“民參軍”等競爭性領域，政府僅需在市場準入、政策支持上保持一碗水端平，至於誰參軍、誰不參軍，由市場機制去決定。
實力達標的企業比比皆是，但是成功參軍的目前還是屈指可數，軍工資質和軍隊供應商庫等的嚴門檻，成為了部分企業的“硬傷”。但自從這個領域內市場手段的加入，出現了另一種局面。民參軍服務網從軍工資質輔導到軍隊供應商入庫，再到軍地需求對接，企業民參軍的整個流程變得通暢起來。
又比如，在投融資支持上，在純公共領域必須發揮政府投入主渠道作用，在混合領域則可通過政府引導性投入撬動社會資本進入。
只有政府“有形之手”與市場“無形之手”相互協調、形成合力，軍民融合發展才會獲得源源不斷的動力。
在軍民融合發展中，最好的局面就應該是“專業的人幹專業的事”，只有理清政府與市場的職能界限，才能避免各自發力，只有協力才能形成合力，拆壁壘、破堅冰的任務就能順利實現，軍民融合深度發展也將“水到渠成”。
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