燕京大学创建于新文化运动时期，在其存在的30多年间为中国培养了大批卓越人才，推动了高等教育的发展。新中国成立初期，中共对教会学校的态度是不加干涉，燕京大学发展相对平稳。1950年朝鲜战争爆发，教会大学在中国的处境发生变化。1951年2月12日，人民政府正式接管燕京大学，燕京大学成为公立学校。随着高等教育改革序幕的拉开，燕京大学最终在1952年全国高等院校院系调整中被撤销。
一．解放初期的燕京大学
1949年1月31日，北平和平解放。中共着手于对经济、政治秩序进行恢复和重组，为新中国的成立做准备，对教会学校一般采取“暂听其照旧办法，不多加干涉”的原则。1949年4月1日，《北平市军事管制委员会文化接管委员会关于接管清华、北大，维持燕大的专题报告》详细说明了北平解放初期党对燕京大学的政策，并就解放初期党对燕大的工作进行了总结:“对燕京的维持在经济上是做了不少工作，但对政治上的帮助可以说做得不多，我们始终没有去公开做过报告”。
燕京大学师生对和平解放北平表示积极拥护，热切期盼新中国的成立。1949年1月24日，清华、燕京一些教授发表宣言表达对共产党的支持与期待，“在获得了久已丧失的自由和安全之后，我们深切地体会到一种新气象的开展。我们为中华民族的光明前途而鼓舞，我们为中国人民新生曙光而欢腾”，“我们愿意和全国文教界人士共同为人民的教育而努力，为中国的全而解放而奋斗”。在此份宣言上签名的燕京大学教授有张东荪、严景耀、雷洁琼、林耀华、赵承信等。1949年10月1日，燕京大学师生参加开国大典，队伍进入三座门时全体高呼，“中华人民共和国万岁”、“中国共产党万岁”，毛泽东也回应“学生同志们万岁”、“燕京大学的同学们万岁”。
二、对燕京大学的正式接管
新中国成立后，随着国际形势的变化，中美关系日趋紧张，中共开始考虑收回对教会大学的教育主权，发展适合新中国国情的高等教育，对包括燕京大学在内的教会大学进行接管和改造被提上日程。
朝鲜战争的爆发，使教会大学的师生逐渐看清了美帝国主义的真实面目，他们纷纷要求脱离美国教会扶持。在这种形势下，燕京大学师生开展了各种形式的反美活动。12月17日，美国政府冻结中国在美国的一切则产。12月19日，中共中央发布《中央对教会学校外籍教职员处理办法的指示》，制定了尽快送回外籍教职员的处理办法。12月28日，中央人民政府政务院发布清查、管制美国则产，冻结美国在中国的公私存款的命令。燕京大学师生出于对美帝国主义的愤怒和失望，一致支持燕京大学改为公立学校。
1950年7月28日，政务院第43次政务会议批准了《高等学校暂行规程》《私立高等学校管理暂行办法》，规定“私立高等学校的行政权、则政权及则产所有权均应由中国人掌握”，并指出任何私立高等学校都需重新申请立案，“不得以宗教科目为必修课或强迫学生参加宗教仪式与活动”。8月19日，《中共中央关于大主教、基督教问题的指示》发布，“教会学校应遵守政府法令设政治课为必修课，同时在教会办的高等学校中亦得设宗教课为选修课’。12月29日，政务院第65次政务会议通过了《中央人民政府政务院关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的决定》，指出要完全肃清美帝国主义对中国进行文化侵略的影响。在会上，郭沫若提出了政府对于一切接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的处理方针，指出“政府应计划并协助人民使现有接受美国津贴的文化教育救济机关和宗教团体实行完全自办”，“接受美国津贴之文化教育医疗机关，应分别情况或由政府予以接办改为国家事业，或由私人团体继续经营改为中国人民完全自办之事业”。1951年1月11日，《教育部关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》发布，提出了对燕京大学等接受美国津贴的教会学校的处理原则及步骤，指出“1951年将所有接受美国津贴的各级学校处理完毕”，“美籍董事一律解职”，“高等学校中的宗教学院或神学院，暂维现状，或由中央研究处理办法，另行通知”。
1951年1月16日至22日，教育部在北京召开处理接受外国津贴的高等学校会议，决定对燕京大学、津沽大学、协和医学院等11所高校进行接管并改为公办。1951年1月29日，《中共北京市委关于北京市接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的处理意见向中央、华北局的报告》提到，“燕京大学月内即可接收，根据辅仁大学的经历，估计不会有问题”。1951年2月12日，燕京大学正式成为公立大学，2月20日，毛泽东亲自签署陆志韦的校长任命书，随后又为燕京大学题写了校名。
三、对燕京大学的改造
伴随着“三反”、“五反”运动和知识分子思想改造运动的开展，燕京大学在课程设置、办学宗旨、人员任用等方面与新中国教育方针的矛盾日渐显现，燕京大学自身做出了相应的调整，教育部门也对其进行了一系列改造。
首先，燕京大学积极响应中共的号召进行课程改革，特别是在思想政治课程设置方面。其次，燕京大学对教师进行思想改造，竭力消除资产阶级文化对教师的消极影响。此外，燕京大学举办了“控诉美帝文化侵略展览会”，使全校师生对美帝国主义的文化侵略行径形成更直观、深刻的认识。当然，在思想改造运动中，也存在一定的过激倾向和行为。
四、燕京大学的院系调整和最终撤销
为适应新形势下中国经济的发展需求，进一步提高新中国的高等教育质量.人民政府开始对高等学校进行院系调整以解决教育资源分配不高等教育发展目标与中国实际相脱离等问题。正是在这一过程中.燕京大学各院系分别并入其他院校，燕京大学最终撤销。
1951年11月3日，全国工学院院长会议召开。会议拟定了高等院校院系调整的方案，其中涉及到燕京大学:“将北京大学工学院、燕京大学工科方而各系并入清华大学。清华大学改为多科性的工业高等学校，校名不变，清华大学的文、理、法三学院
及燕京大学的文、理、法方面各系并入北京大学。北京大学成为综合性的大学，燕京大学校名撤销”。1952年5月，教育部正式发行《教育部关于全国高等学校1952年的调整设置方案》，在该方案的指导下，燕京大学进行了相应的调整。调整结果如下表:
为保证燕京大学院系调整工作顺利进行部对燕京大学的领导班子进行了重组。1952教育年5月28日，燕京大学正式成立了由翁独健、蒋荫恩、褚圣麟、剪伯赞等十人组成的校务委员会，翁独健任代理校长并主持校政。
师生的安置办法也是燕京大学调整过程中需要慎重考虑并妥善处理的问题。燕京大学对外籍教师的处理较早，朝鲜战争爆发后，以及“三反”、“五反”运动开始时，许多美籍教授纷纷回国。1952年进行院系调整时，燕京大学已没有外籍教师。在燕京大学进行院系调整过程中，大部分教师留北京大学任教，少数教师被派往其他院校或新成立的机构工作，学生也跟随院系进入相应的高校继续学习或提前毕业。1952年10月4日，燕京大学的院系调整工作顺利完成，燕京大学正式撤销。
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